因县北有雷番山为名。一说因县西有池名雷波荡，水澈常青，因夏口雷震波光相激，呼为磨箕，汉译雷波，以之名县。一说彝族称“莫波”，译为雷波。相传城内有一水池，夏天打雷，电光与波光相激，故名莫波。
古为西南夷地。汉武帝建元六年（公元前135年）置螳螂县（今黄琅镇）。汉末改为潜街县（水从街面下潜流而出之意，现黄琅小海子的水从街下潜流而过），隶属于犍为郡。蜀汉建兴三年改置马湖县。元、明时代，在今黄琅及周边设马湖府治。
清代在今县城处设雷波厅（卫）。1914年（民国二年）改厅为县，置雷波县知事公署。1950年8月置雷波县人民政府，隶属四川省乐山专区。1956年从乐山专区划属凉山彝族自治州至今。1960年4月，撤销瓦岗县并入雷波县。
1996年，雷波县辖4个镇、45个乡：锦城镇、汶水镇、黄琅镇、西宁镇、南田乡、海湾乡、帕哈乡、杉树堡乡、箐口乡、永盛乡、顺河乡、回龙场乡、溪洛米乡、白铁坝乡、渡口乡、马湖乡、中田乡、谷米乡、柑子乡、双河口乡、罗山溪乡、桂花乡、沙沱乡、烂坝子乡、八寨乡、松树乡、拉咪乡、千万贯乡、五官乡、曲依乡、卡哈洛乡、元宝山乡、大岩洞乡、岩脚乡、莫红乡、坪头乡、克觉乡、上田坝乡、簸箕梁子乡、大坪子乡、小沟乡、雷池乡、咪姑乡、一车乡、巴姑乡、斯古溪乡、山棱岗乡、长河乡、谷堆乡。县政府驻锦城镇。
2004年，雷波县辖锦城、西宁、黄琅、汶水4个镇和南田、帕哈、海湾、箐口、永盛、顺河、渡口、沙沱、桂花、长河、谷堆、八寨、五官、曲依、松树、拉咪、马湖、谷米、中田、柑子、小沟、莫红、克觉、坪头、雷池、咪姑、巴姑、一车、岩脚、杉树堡、溪洛米、白铁坝、回龙场、罗山溪、烂坝子、山棱岗、千万贯、上田坝、双河口、大坪子、斯古溪、卡哈洛、元宝山、大岩洞、簸箕梁子45个乡。
2013年，省政府（川府民政〔2013〕29号）批复同意撤销南田乡、白铁坝乡，设立金沙镇，镇政府驻金沙村黄桷堡，辖原南田乡和白铁坝乡所属行政区域。调整后，雷波县辖锦城、西宁、黄琅、汶水、金沙5个镇和帕哈、海湾、箐口、永盛、顺河、渡口、沙沱、桂花、长河、谷堆、八寨、五官、曲依、松树、拉咪、马湖、谷米、中田、柑子、小沟、莫红、克觉、坪头、雷池、咪姑、巴姑、一车、岩脚、杉树堡、溪洛米、回龙场、罗山溪、烂坝子、山棱岗、千万贯、上田坝、双河口、大坪子、斯古溪、卡哈洛、元宝山、大岩洞、簸箕梁子43个乡。
2015年末，全县辖5个镇、43个乡，9个社区、281个村委会，1230个村民小组。
2019年末，全县辖5个镇、43个乡（合计48个乡级行政区划单位）：锦城镇、西宁镇、汶水镇、黄琅镇、金沙镇、海湾乡、杉树堡乡、箐口乡、帕哈乡、永盛乡、溪洛米乡、顺河乡、渡口乡、回龙场乡、马湖乡、中田乡、谷米乡、柑子乡、双河口乡、罗山溪乡、桂花乡、烂坝子乡、沙沱乡、山棱岗乡、长河乡、谷堆乡、八寨乡、拉咪乡、松树乡、曲依乡、千万贯乡、五官乡、上田坝乡、大坪子乡、簸箕梁子乡、小沟乡、莫红乡、克觉乡、坪头乡、雷池乡、巴姑乡、咪姑乡、一车乡、斯古溪乡、卡哈洛乡、元宝山乡、大岩洞乡、岩脚乡。共有9个居委会、272个村委会。县政府驻锦城镇老街82号。
2020年6月12日，省政府（川府民政〔2020〕7号）批复同意雷波县部分乡镇行政区划调整： （二十）撤销永盛乡、溪洛米乡和回龙场乡，设立永盛镇，以原溪洛米乡、原永盛乡和原回龙场乡砖房村、高峰村、小湾村、中河村、大堰村、寨堡村、欧家山村所属行政区域为永盛镇的行政区域，永盛镇人民政府驻新建村永盛街133号。 （二十一）撤销渡口乡、谷米乡和顺河乡，设立渡口镇，以原渡口乡、原谷米乡、原顺河乡和原回龙场乡陆银沟村、顺河村所属行政区域为渡口镇的行政区域，渡口镇人民政府驻糖房村沙场路1号。 （二十二）撤销元宝山乡、岩脚乡和大岩洞乡，设立宝山镇，以原元宝山乡、原岩脚乡和原大岩洞乡所属行政区域为宝山镇的行政区域，宝山镇人民政府驻跑马坪村新村路98号。 （二十三）撤销八寨乡、曲依乡和松树乡，设立马颈子镇，以原八寨乡、原曲依乡和原松树乡所属行政区域为马颈子镇的行政区域，马颈子镇人民政府驻安寨坪村曲依路5号。 （二十四）撤销咪姑乡、雷池乡和一车乡，设立瓦岗镇，以原咪姑乡、原雷池乡和原一车乡马尔洪村所属行政区域为瓦岗镇的行政区域，瓦岗镇人民政府驻嘎窝村瓦岗解嘎街98号。 （二十五）撤销坪头乡、克觉乡，将原坪头乡、原克觉乡和原一车乡踏清村、塔古村、瓦古村、恩阿洛村所属行政区域划归莫红乡管辖，莫红乡人民政府驻觉吉村1组77号。 （二十六）撤销上田坝乡、大坪子乡、小沟乡和簸箕梁子乡，设立上田坝镇，以原上田坝乡、原大坪子乡、原小沟乡和原簸箕梁子乡所属行政区域为上田坝镇的行政区域，上田坝镇人民政府驻上田坝村上田坝路29号。 （二十七）撤销杉树堡乡、海湾乡，将原杉树堡乡和原海湾乡所属行政区域划归锦城镇管辖，锦城镇人民政府驻一社区水巷街34号。 （二十八）撤销帕哈乡，将其所属行政区域划归金沙镇管辖，金沙镇人民政府驻金堰村对外交通路黄桷堡1号。 （二十九）撤销马湖乡、中田乡，将原马湖乡和原中田乡所属行政区域划归黄琅镇管辖，黄琅镇人民政府驻太平村横街子街63号。 （三十）撤销沙沱乡、罗山溪乡，将原沙沱乡和原罗山溪乡所属行政区域划归西宁镇管辖，西宁镇人民政府驻西宁社区通城路289号 （三十一）撤销斯古溪乡，将其所属行政区域划归巴姑乡管辖，巴姑乡人民政府驻巴姑村罗丰组1号。 （三十二）撤销双河口乡，将其所属行政区域划归柑子乡管辖，柑子乡人民政府驻柑子村1组53号。 （三十三）撤销烂坝子乡，将其所属行政区域划归桂花乡管辖，桂花乡人民政府驻大坪村1组101号。 （三十四）撤销长河乡，将其所属行政区域划归谷堆乡管辖，谷堆乡人民政府驻大谷堆村1组98号。 （三十五）撤销五官乡，将其所属行政区域划归千万贯乡管辖，千万贯乡人民政府驻石板村1组6号。
至此，全县辖11个镇、10个乡（合计21个乡级行政区划单位）：锦城镇、西宁镇、汶水镇、黄琅镇、金沙镇、永盛镇、渡口镇、宝山镇、马颈子镇、瓦岗镇、上田坝镇、箐口乡、柑子乡、桂花乡、山棱岗乡、谷堆乡、拉咪乡、千万贯乡、莫红乡、巴姑乡、卡哈洛乡。