【县名由来】一说，“美姑”即彝语“莫古”的谐音，意译为“中心”、“腹心”。相传，彝族先民古侯、曲涅两大氏族自云南分道迁来凉山时会合于“莫古”（今洛俄依甘乡境内），建县时“莫古”转写为“美姑”作县名。二说，因境内美姑河而得名。美姑河古称卑水，西汉时期在卑水河畔置卑水县时，就以河（水）名县。卑水更名为美姑河始于何时无考（清末民初资料已以“美姑”二字记此河流）。原洪溪县名因境内大山“惹夫洪基”有“洪基”二字，初拟译转为“红旗”，经讨论上报批准，定译为“洪溪”，故以此命名。（根据《县志》）
西汉武帝元鼎六年（公元前111年）置卑水县，属越巂郡。齐建元元年至建元四年（479-482）改越巂郡为越巂僚郡，废卑水县。隋唐属越巂县。咸通二年（861）属南诏建昌府。咸通十四年（873）至宋末，属彝族阿都部和沙马部管辖。元至元十二年（1275）属建昌路里州。明洪武二十七年（1394）属“凉山夷部”。清雍正六年（1728）属宁远府西昌县。宣统二年（1910），今县境大部分地区隶属昭觉县，部分地区分属雷波、马边县管辖（实际由各黑彝家支分割统治）。
1952年4月30日，政务院批准设置美姑县，县治所牛牛坝（以大凉山为中心，东至西、南至北各约三百华里地区设美姑县）。1956年，美姑县驻地由甲谷区牛牛坝迁至巴普乡；凉山彝族自治州的益各脚地区设置洪溪县，驻益各脚（一说“依果觉”）。1960年（一说1959年），撤销洪溪县，将原洪溪县的行政区域划归美姑县。
1974年，全县“公社化”，共有8个区、45个公社。1984年7月，全县撤销人民公社，恢复乡建制；8月1日，改巴普乡为巴普镇。1990年底，全县共有8个区、1个镇，44个乡，291个村，1475个村民小组。
1996年，美姑县辖1个镇、35个乡：巴普镇、觉洛乡、巴古乡、农作乡、合姑洛乡、井叶特西乡、牛牛坝乡、佐戈依达乡、候古莫乡、尔合乡、竹库乡、典补乡、哈洛乡、九口乡、子威乡、依洛拉达乡、洛俄依甘乡、拉木阿觉乡、洛莫依达乡、柳洪乡、乐约乡、瓦古乡、尔其乡、候播乃拖乡、采红乡、苏洛乡、峨曲古乡、龙门乡、拖木乡、尼哈乡、炳途乡、依果觉乡、洒库乡、瓦西乡、龙窝乡、树窝乡。县政府驻巴普镇。
2004年，美姑县辖1个镇（巴普）、35个乡（觉洛、巴古、农作、瓦古、尔其、拖木、炳途、瓦西、采红、苏洛、竹库、典补、龙门、洒库、九口、柳洪、龙窝、子威、尔合、哈洛、尼哈、乐约、树窝、合姑洛、候古莫、牛牛坝、依果觉、峨曲古、佐戈依达、拉木阿觉、洛莫依达、井叶特西、依洛拉达、候播乃拖、洛俄依甘）。
2019年末，全县辖1个镇、35个乡（合计36个乡级行政区划单位）：巴普镇、觉洛乡、井叶特西乡、合姑洛乡、巴古乡、农作乡、佐戈依达乡、子威乡、依洛拉达乡、典补乡、哈洛乡、牛牛坝乡、尔合乡、竹库乡、候古莫乡、候播乃拖乡、采红乡、苏洛乡、九口乡、洛俄依甘乡、拉木阿觉乡、洛莫依达乡、柳洪乡、乐约乡、尔其乡、瓦古乡、峨曲古乡、炳途乡、拖木乡、尼哈乡、龙门乡、依果觉乡、洒库乡、瓦西乡、树窝乡、龙窝乡。共有3个居委会、292个村委会。县政府驻巴普镇美东路41号。