昔格系彝语，意为“山垭口下的草甸子”。清设普格寨，1912年置普格县佐，1925年改建为普格设治局。1952年设普格县。1960年初与布拖县合并，县政府驻布拖，1962年底分县，重建普格县，县政府驻普格场（今普基镇）。
1996年，普格县辖2个镇、32个乡：普基镇、荞窝镇、永安乡、文坪乡、黎安乡、向阳乡、花山乡、东山乡、大坪乡、辉隆乡、洛乌沟乡、雨水乡、甘天地乡、洛乌乡、孟甘乡、特兹乡、吉乐乡、特口乡、耶底乡、夹铁乡、瓦洛乡、哈力洛乡、菜子乡、祝联乡、采乃乡、月吾乡、德育乡、特补乡、五道箐乡、特尔果乡、大槽乡、马洪乡、洛甘乡、红菲依达乡。县政府驻普基镇。
1999年，撤销德育乡，设立螺髻山镇。调整后，全县3个镇、31个乡。
2003年7月24日，省政府（川府民政〔2003〕23号）批复同意雨水乡政府驻地由大坪村地俄各迁至西普中队。
2004年9月24日，省政府（川府民政〔2004〕46号）批复同意：采乃乡更名为刘家坪乡。刘家坪乡政府驻地由采乃村迁至原荞窝农场刘家坪中队。花山乡的刘家坪村、向阳乡的新建村、雨水乡的二胡村所属行政区域划归刘家坪乡管辖；调整后刘家坪乡辖长河、刘家坪、新建和二胡4个村。将原采乃乡的钢铁村、跃进村所属行政区域划归月吾乡管辖；将原采乃乡的采乃村、洛都村所属行政区域划归菜子乡管辖。
2004年，普格县辖3个镇（普基、荞窝、螺髻山）、31个乡（永安、文坪、黎安、孟甘、洛乌、特兹、菜子、花山、东山、大坪、辉隆、马洪、洛甘、夹铁、瓦洛、祝联、月吾、特口、耶底、吉乐、特补、大槽、雨水、向阳、哈力洛、甘天地、洛乌沟、刘家坪、特尔果、五道箐、红莫依达）。
2019年末，全县辖3个镇、31个乡（合计34个乡级行政区划单位）：普基镇、荞窝镇、螺髻山镇、永安乡、向阳乡、文坪乡、黎安乡、花山乡、东山乡、大坪乡、辉隆乡、洛乌沟乡、雨水乡、甘天地乡、洛乌乡、孟甘乡、特兹乡、吉乐乡、特口乡、耶底乡、夹铁乡、瓦洛乡、哈力洛乡、菜子乡、祝联乡、刘家坪乡、月吾乡、特补乡、五道箐乡、特尔果乡、大槽乡、马洪乡、洛甘乡、红莫依达乡。共有8个居委会、153个村委会。县政府驻普基镇政文西路19号。