西汉元鼎六年（前111）建越崔郡，郡下设会无等县，宁南属会无县辖。至宁南建县的两千年间，其历史沿革随会理（古称会无）县演变。1931年建宁南县。以地当宁远府之南而得名。
1996年，宁南县辖5个镇、19个乡：披砂镇、松新镇、竹寿镇、华弹镇、六城镇、景星乡、俱乐乡、新村乡、幸福乡、海子乡、六铁乡、新建乡、稻谷乡、新华乡、石梨乡、松林乡、杉树乡、梁子乡、大同乡、西瑶乡、红星乡、骑骡沟乡、倮格乡、跑马乡。县政府驻披沙镇。
1997年8月设立葫芦口镇。2003年5月21日，省政府（川府民政〔2003〕15号）批复同意六城镇更名为白鹤滩镇。调整后，宁南县辖6个镇（披砂、松新、竹寿、华弹、葫芦口、白鹤滩）、19个乡（景星、俱乐、新村、幸福、新华、松林、石梨、大同、西瑶、红星、倮洛、跑马、稻谷、六铁、海子、新建、杉树、骑骡沟、梁子）。
2015年，撤销西瑶乡，设立西瑶镇（川府民政〔2015〕18号）。调整后，全县辖7个镇、18个乡。
2017年，省政府（川府民政〔2017〕1号）批复同意：撤销景星乡，设立景星镇，以原景星乡的行政区域为景星镇的行政区域；撤销大同乡，设立大同镇，以原大同乡的行政区域为大同镇的行政区域；撤销骑骡沟乡，设立骑骡沟镇，以原骑骡沟乡的行政区域为骑骡沟镇的行政区域；撤销跑马乡，设立跑马镇，以原跑马乡的行政区域为跑马镇的行政区域；撤销幸福乡，设立幸福镇，以原幸福乡的行政区域为幸福镇的行政区域。调整后，全县辖12个镇、13个乡。
2017年，省政府（川府民政〔2017〕14号）批准同意宁南县撤销石梨、六铁、松林、新华4个乡，设立石梨、六铁、松林、新华4个镇。调整后，全县辖16个镇、9个乡。
2019年12月13日，《四川省人民政府关于同意凉山州调整西昌市等6县（市）部分乡镇行政区划的批复》（川府民政〔2019〕18号）：……五、关于宁南县部分乡镇行政区划调整 （三十）撤销披砂镇和景星镇，设立宁远镇，以原披砂镇和原景星镇所属行政区域为宁远镇的行政区域，宁远镇人民政府驻惠通路50号。 （三十一）撤销俱乐乡、杉树乡和稻谷乡，设立俱乐镇，以原俱乐乡、原杉树乡和原稻谷乡大梁村1、2、4、6、7、8、9、10组所属行政区域为俱乐镇的行政区域，俱乐镇人民政府驻中心路168号。 将原稻谷乡笋子村、花椒村、大梁村3、5组所属行政区域划归幸福镇管辖，幸福镇人民政府驻月塘路27号。 （三十二）撤销新建乡、新村乡和海子乡，将原新建乡、原新村乡和六铁镇增建村、子各村以及树基村7组热水塘避让搬迁点51户所属行政区域划归松新镇管辖，松新镇人民政府驻三岔河街88号；将原海子乡所属行政区域划归六铁镇管辖，六铁镇人民政府驻树基路55号。 （三十三）撤销新华镇、松林镇和梁子乡，将原新华镇、原松林镇和原梁子乡元宝村1至3组所属行政区域划归竹寿镇管辖，竹寿镇人民政府驻竹府街47号；将原梁子乡梁子村、垮山村、水子树村、元宝村4至6组所属行政区域划归石梨镇管辖，石梨镇人民政府驻砖房路65号。 （三十四）撤销红星乡，将其所属行政区域划归西瑶镇管辖，西瑶镇人民政府驻拉银街2号。 （三十五）撤销葫芦口镇，将原葫芦口镇支鲁村、武星村、大兴村所属行政区域划归华弹镇管辖，华弹镇人民政府驻洼乌街8号；将原葫芦口镇银厂村所属行政区域划归大同镇管辖，大同镇人民政府驻新场路66号。 （三十六）撤销倮格乡，将原倮格乡拉堡村、友谊村、梨树村、杉木箐村所属行政区域划归白鹤滩镇管辖，白鹤滩镇人民政府驻白鹤街68号；将原倮格乡红梁村所属行政区域划归骑骡沟镇管辖，骑骡沟镇人民政府驻正坝路8号。
2019年末，全县辖13个镇：松新镇、竹寿镇、华弹镇、白鹤滩镇、西瑶镇、大同镇、骑骡沟镇、跑马镇、幸福镇、石梨镇、六铁镇、宁远镇、俱乐镇。共有9个居委会、125个村委会。县政府驻宁远镇政通路115号。