会通河流经县东，以川原并会为其所理而得名。汉朝置会无县，唐朝为会川县，宋朝为会川府，清朝为州，民国二年（1914）置会理县。
1996年，会理县辖6个镇、44个乡：城关镇、鹿厂镇、黎溪镇、通安镇、太平镇、益门镇、果元乡、老街乡、南阁乡、内东乡、外北乡、彰冠乡、爱民乡、爱国乡、凤营乡、白鸡乡、矮郎乡、小黑箐乡、河口乡、中厂乡、关河乡、鱼鲊乡、绿水乡、黎洪乡、金雨乡、树堡乡、江竹乡、新安乡、普隆乡、竹箐乡、新发乡、木古乡、富乐乡、海潮乡、芭蕉乡、杨家坝乡、江普乡、横山乡、马宗乡、槽元乡、法坪乡、黄柏乡、云甸乡、仓田乡、白果湾乡、下村乡、龙泉乡、六华乡、三地乡、六民乡。县政府驻城关镇。
2012年，省政府（川府民政〔2012〕14号）批复同意撤销绿水乡，设立绿水镇，镇政府驻坪庄村；撤销云甸乡，设立云甸镇，镇政府驻沙元村；撤销新发乡，设立新发镇，镇政府驻新铺子村。调整后，全县辖9个镇、41个乡（其中1个民族乡）。
2013年，省政府（川府民政〔2013〕29号）批复同意撤销关河乡，设立关河镇，镇政府驻关河村一组；撤销富乐乡，设立富乐镇，镇政府驻富乐村二组；撤销彰冠乡，设立彰冠镇，镇政府驻金星村二组；撤销木古乡，设立木古镇，镇政府驻建政村三组。
2014年，省政府（川府民政〔2014〕30号）批复同意会理县调整部分行政区划。具体为：撤销城关镇、老街乡，划入外北乡云岩村、清水村、光荣村和果元乡南郊村、东升村，设立城北街道，街道办事处驻公园路社区；撤销果元乡、南阁乡，划入内东乡谭溪河村，设立城南街道，街道办事处驻果元社区。撤销仓田乡、六华乡、三地乡，合并设立六华镇，镇政府驻仓田村三组。撤销横山乡，将马颈、磨房、石坝、老村、麂子5村划入内东乡，将茅草、岩峰、马庄3村划入外北乡。
2014年末，会理县辖城北、城南2个街道，鹿厂、黎溪、益门、通安、太平、绿水、云甸、新发、关河、富乐、彰冠、木古、六华13个镇和内东、外北、爱民、爱国、凤营、白鸡、矮郎、河口、中厂、鱼鲊、黎洪、树堡、普隆、金雨、海潮、芭蕉、江普、马宗、法坪、槽元、黄柏、下村、龙泉、六民、江竹、竹箐、小黑箐、新安傣族、杨家坝、白果湾30个乡（其中1个民族乡）。县政府驻城北街道。
2019年12月13日，《四川省人民政府关于同意凉山州调整西昌市等6县（市）部分乡镇行政区划的批复》（川府民政〔2019〕18号）：……三、关于会理县部分乡镇行政区划调整 （十九）设立古城街道，将城北街道东关社区、西关社区、民主巷社区、公园路社区、广场路社区、西街社区、老街村、东升村、南郊村、毛溪村所属行政区域划归古城街道管辖，古城街道办事处驻迎宾大道54号。 （二十）撤销外北乡、白果湾乡和下村乡，将原外北乡和原白果湾乡龙肘村所属行政区域划归城北街道管辖，城北街道办事处驻前兴街1号。 将原白果湾乡白果村、双河村、龙泉村、笆笆村、齐合村和原下村乡所属行政区域划归益门镇管辖，益门镇人民政府驻益门街1号。 将原白果湾乡大水村、新马村、天宝村、前马村所属行政区域划归云甸镇管辖，云甸镇人民政府驻沙元村88号。 （二十一）撤销竹箐乡，将其所属行政区域划归通安镇管辖，通安镇人民政府驻通安街298号。 （二十二）撤销富乐镇和爱民乡，将其所属行政区域划归彰冠镇管辖，彰冠镇人民政府驻彰冠街1号。 （二十三）撤销黎洪乡，将其所属行政区域划归绿水镇管辖，绿水镇人民政府驻坪庄村6组。 （二十四）撤销杨家坝乡，将原杨家坝乡崃龙村、新桂村、绿林村、海龙村、干海子村、庄房村所属行政区域划归木古镇管辖，木古镇人民政府驻建政村17号。 将原杨家坝乡二坪村、坪镇村所属行政区域划归新发镇管辖，新发镇人民政府驻新铺子村104号。 （二十五）将关河镇新海村、中厂村划归黎溪镇管辖，黎溪镇人民政府驻新光村8组。
2019年末，全县辖3个街道、13个镇、3个乡、1个自治乡（合计20个乡级行政区划单位）：城南街道、城北街道、古城街道、鹿厂镇、黎溪镇、通安镇、太平镇、益门镇、绿水镇、云甸镇、新发镇、关河镇、彰冠镇、木古镇、六华镇、小黑箐镇、内东乡、树堡乡、新安傣族乡、槽元乡。共有8个居委会、303个村委会。县政府驻古城街道县府街50号。