因县南有盐井河，故名。一说因县有盐井，盐源丰盛为名。清代《盐源县志》对县名的诠释为：“盐之云者，于食货重富民之政；源之云者，为若绳（“若”指若水，今雅砻江；“绳”指绳水，今金沙江）”。
汉建元六年（公元前135年）置越西郡定笮县。历代县名几经变异。唐初为昆明县，唐中为香城郡。宋时为大理地方政权所据，名贺头甸。元为润盐州、柏兴府，明为盐井卫。清雍正六年（1728年，一说雍正七年）改盐井卫为盐源县。民国初属四川十八行政督察区，1939年属西康省第三行政督察区。
1950年属西昌地区。1952年将盐源县的原木里宣抚司辖地划出成立木里藏族自治县，盐中区划归西昌市管辖。1964年改盐源县为盐源彝族自治县，1978年复名盐源县。
1996年，盐源县辖8个镇、25个乡：盐井镇、卫城镇、梅雨镇、平川镇、黄草镇、白乌镇、泸沽湖镇、树河镇、双河乡、干海乡、下海乡、棉桠乡、博大乡、桃子乡、前所乡、梅子坪乡、巴折乡、阿萨乡、右所乡、大坡蒙古族乡、长柏乡、洼里乡、沃底乡、金河乡、盖租乡、大河乡、盐塘乡、田湾乡、藤桥乡、大草乡、甘塘乡、马鹿乡、德石乡。县政府驻盐井镇。
2004年，盐源县辖8个镇（盐井、平川、卫城、梅雨、黄草、白乌、泸沽湖、树河）、25个乡（双河、干海、下海、棉垭、博大、桃子、前所、巴折、阿萨、右所、长柏、洼里、沃底、金河、盖租、大河、盐塘、田湾、藤桥、大草、甘塘、马鹿、德石、巫木、梅子坪）、1个民族乡（大坡蒙古族）。
2016年，四川省政府（川府民政〔2016〕6号）批复同意：撤销巴折乡、阿萨乡，设立官地镇，以原巴折乡、阿萨乡的行政区域为官地镇的行政区域，镇人民政府驻篾丝萝村；撤销德石乡，将原德石乡所属行政区域划归田湾乡管辖，田湾乡人民政府驻沿江村；撤销马鹿乡，将原马鹿乡所属行政区域划归藤桥乡管辖，藤桥乡人民政府驻荞地村；撤销干海乡，将原干海乡鱼脊、蔡家坪、盐河、拦河4个村所属行政区域划归盐井镇管辖，盐井镇人民政府驻太平村，将原干海乡龙塘、滑泥、十五股、马场、柳树5个村所属行政区域划归下海乡管辖，下海乡人民政府驻下海村。
2017年12月25日，四川省政府（川府民政〔2017〕27号）批复同意：撤销梅子坪乡，设立梅子坪镇，并将洼里乡手爬村、官地镇马丝骡村和巴折村所属行政区域划归梅子坪镇管辖，梅子坪镇政府驻甘家沟村；将平川镇灰折村所属行政区域划归官地镇管辖。
2019年末，全县辖10个镇、19个乡、1个自治乡（合计30个乡级行政区划单位）：盐井镇、卫城镇、梅雨镇、白乌镇、树河镇、黄草镇、平川镇、泸沽湖镇、宜地镇、梅子坪镇、双河乡、下海乡、棉垭乡、甘塘乡、藤桥乡、田湾乡、大河乡、盐塘乡、大草乡、博大乡、金河乡、右所乡、长柏乡、桃子乡、盖租乡、前所乡、沃底乡、大坡蒙古族乡、洼里乡、巫木乡。共有18个居委会、251个村委会。县政府驻盐井镇政府街56号。
2020年6月12日，省政府（川府民政〔2020〕7号）批复同意盐源县部分乡镇行政区划调整： （一）撤销盐井镇、双河乡，设立盐井街道，以原盐井镇太平街社区、政府街社区、润盐东街社区、水草坝村、菜园子村、盐灶村、太安村、太平村、鱼脊梁村和原双河乡潘家坝村、黄沙沟村、凤凰山村（3、4、5、6、7、8、10组）、五洞桥村（1至6组）所属行政区域为盐井街道的行政区域，盐井街道办事处驻润盐东街社区金州路63号。 （二）撤销大河乡，设立润盐镇，以原大河乡和原双河乡杨柳桥村、凤凰山村（1、2、9组）、五洞桥村（7至11组）、小堡子村、古柏村、杨柳塘村及原盐井镇花碉村、三根桥村，蔡家坪村、盐河村、拦河村、大槽村、公母山村、刘家坪村、泡尔湾村、龙口河村所属行政区域为润盐镇的行政区域，润盐镇人民政府驻杨柳塘村双河路1号附1号。 （三）撤销长柏乡、盖租乡，设立长柏镇，以原长柏乡和原盖租乡格洼村、碧基村、三家村所属行政区域为长柏镇的行政区域，长柏镇人民政府驻长柏村长柏路117号。 （四）撤销前所乡，将原前所乡和原盖租乡盖租村、阿石村、回项村、马扎村所属行政区域划归泸沽湖镇管辖，泸沽湖镇人民政府驻多舍村喇达街99号。 （五）撤销桃子乡、大草乡，设立甲米镇，以原桃子乡和原大草乡挤瓜瓜村、水简坪村、大草坝村、沙拉地村、麦架坪村所属行政区域为甲米镇行政区域，甲米镇人民政府驻简坪村上甲米路2号。 （六）撤销棉桠乡，设立棉桠镇，以原棉桠乡和原大草乡白杨坪村、石花村、牦牛山牧场所属行政区域为棉桠镇的行政区域，棉桠镇人民政府驻木邦营村奋进路1号。 （七）撤销盐塘乡、博大乡，设立盐塘镇，以原盐塘乡和原博大乡几波村、马道子村、甘生村、砖楼村、西沟村所属行政区域为盐塘镇的行政区域，盐塘镇人民政府驻砖楼村政府路1号。 将原博大乡红岩子村所属行政区域划归梅雨镇管辖，梅雨镇人民政府驻梅雨社区政府街15号。 （八）撤销金河乡，设立金河镇，以原金河乡所属行政区域为金河镇的行政区域，金河镇人民政府驻温泉村金河路1号。 （九）撤销下海乡，设立龙塘镇和兴隆镇，以原下海乡上海村、龙泉村、下海村、沙坝村、清水村、二道沟村、龚家沟村、龙塘村、滑泥村、马场村、十五股村所属行政区域为龙塘镇的行政区域，龙塘镇人民政府驻下海村兴隆路1号。 以原下海乡兴隆社区、焦桐社区、龙洞湾社区、果场社区、金竹林社区、青苹果社区、百果园社区、索玛花社区、安康社区、语录塔社区所属行政区域为兴隆镇的行政区域，兴隆镇人民政府驻焦桐社区银杏街1号。 将原下海乡柳树湾村所属行政区域划归梅雨镇管辖，梅雨镇人民政府驻梅雨社区政府街15号。 （十）撤销巫木乡，将原巫木乡所属行政区域划归黄草镇管辖，黄草镇人民政府驻黄草坝村政府路1号。 （十一）撤销甘塘乡，将原甘塘乡所属行政区域划归树河镇管辖，树河镇人民政府驻白岭岗村树河中街66号。
至此，全县辖1个街道、17个镇、5个乡、1个自治乡（合计24个乡级行政区划单位）：盐井街道、卫城镇、梅雨镇、白乌镇、树河镇、黄草镇、平川镇、泸沽湖镇、宜地镇、梅子坪镇、润盐镇、长柏镇、甲米镇、棉桠镇、盐塘镇、金河镇、龙塘镇、兴隆镇、藤桥乡、田湾乡、右所乡、沃底乡、大坡蒙古族乡、洼里乡。县政府驻盐井街道政府街56号。