清宣统元年设石渠设治委员会，次年置石渠县。一名色许。系藏语，意为浅而多石的河流（指雅砻江）。1978年撤销邓柯县后，将真达、奔达、洛须、麻呷、正科5乡划入。
1996年，石渠县面积25141平方千米，人口6.2万人，以藏族为多。辖2个镇、20个乡：尼呷镇、洛须镇、虾扎乡、起坞乡、宜牛乡、新荣乡、蒙宜乡、温波乡、瓦须乡、长须干马乡、长须贡马乡、阿日扎乡、长沙干马乡、真达乡、奔达乡、正科乡、麻呷乡、德荣马乡、格孟乡、呷衣乡、长沙贡马乡、俄多马乡。县政府驻尼呷镇。
2000年第五次人口普查，石渠县常住总人口63489人，其中：尼呷镇4476人，洛须镇2743人，真达乡2251人，奔达乡1308人，正科乡2979人，麻呷乡2092人，德荣马乡2408人，俄多马乡5662人，长沙贡马乡2874人，呷衣乡4402人，格孟乡2662人，蒙宜乡3033人，新荣乡2473人，宜牛乡2612人，虾扎乡2651人，起坞乡2799人，阿日扎乡2769人，长须贡马乡2598人，长沙干马乡2369人，长须干马乡2338人，温波乡3064人，瓦须乡2926人。
2004年，石渠县辖尼呷、洛须2个镇和虾扎、起坞、宜牛、新荣、蒙宜、温波、瓦须、长须干马、长须贡马、阿日扎、格孟、呷衣、真达、奔达、正科、麻呷、德荣马、俄多马、长沙贡马、长沙干马20个乡。
2010年第六次人口普查，石渠县常住总人口80834人，其中：尼呷镇6971人，洛须镇4056人，真达乡2390人，奔达乡1476人，正科乡2800人，麻呷乡1788人，德荣马乡3769人，俄多马乡7201人，长沙贡马乡3732人，呷衣乡5169人，格孟乡3628人，蒙宜乡3762人，新荣乡3252人，宜牛乡2225人，虾扎乡3753人，起坞乡3845人，阿日扎乡4930人，长须贡马乡3112人，长沙干马乡3084人，长须干马乡2968人，温波乡3556人，瓦须乡3367人。
2012年，省政府批复同意撤销俄多玛乡，设立色须镇，镇政府驻色洞村，辖原俄多玛乡所属行政区域。2013年，省政府（川府民政[2013]33号）批复同意撤销虾扎乡，设立虾扎镇，辖原虾扎乡所属行政区域。2014年，省政府（川府民政[2014]3号）批复同意撤销温波乡，设立温波镇。
至此，全县辖5个镇、17个乡：尼呷镇、洛须镇、色须镇、虾扎镇、温波镇、真达乡、奔达乡、正科乡、麻呷乡、德荣马乡、长沙贡马乡、呷衣乡、格孟乡、蒙宜乡、新荣乡、宜牛乡、起坞乡、阿日扎乡、长须贡马乡、长沙干马乡、长须干马乡、瓦须乡。