九寨沟县原名南坪县，古称羊峒。殷商以前至秦均属氐羌。西汉元始二年（公元二年）为益州广汉郡甸氐道（治今南坪镇下安乐村）。北周天和元年（566年）属扶州（治今松潘县黄龙乡），隋开皇七年（587年）扶州治所迁至今九寨沟县下安乐村（旧称水扶州）。
清雍正三年设立松潘厅南坪营，因扶州城毁坏，于是另选城址于扶州之南、西山之麓的南坪坝，至雍正七年筑成，“南坪”之称自此见诸史端。1953年设南坪县。1960年与松潘并县，南坪为中心区。1963年复置县。
1996年，南坪县面积5290平方千米，人口约5.5万人。辖2个镇、15个乡：永乐镇、九寨沟镇、安乐乡、永丰乡、永和乡、玉瓦乡、大录乡、黑河乡、陵江乡、白河乡、双河乡、保华乡、罗依乡、马家乡、勿角乡、郭元乡、草地乡。县政府驻永乐镇。
1997年12月15日，民政部（民行批[1997]27号）批复同意南坪县更名为九寨沟县；1998年2月13日，四川省政府（川府民政[1998]2号）批复同意更名。
2000年第五次人口普查，九寨沟县常住总人口62157人，其中：永乐镇12740人，漳扎镇11270人，永丰乡4305人，永和乡3067人，安乐乡2834人，白河乡2198人，双河乡3828人，保华乡2268人，罗依乡2536人，勿角乡2168人，马家乡1119人，郭元乡3620人，草地乡1153人，陵江乡1609人，黑河乡2923人，玉瓦乡2051人，大录乡2468人。
2004年，九寨沟县辖永乐、漳扎2个镇和永丰、安乐、永和、白河、陵江、黑河、玉瓦、大录、双河、保华、罗依、勿角、马家、郭元、草地15个乡。
2010年第六次人口普查，九寨沟县常住总人口81394人，其中：永乐镇23080人，漳扎镇14946人，永丰乡4997人，永和乡3479人，安乐乡3294人，白河乡2486人，双河乡4255人，保华乡3223人，罗依乡2261人，勿角乡2240人，马家乡1170人，郭元乡3992人，草地乡1188人，陵江乡1452人，黑河乡2855人，玉瓦乡2049人，大录乡3575人，九寨沟国营牧场28人，九寨沟风景名胜管理局824人。
2012年末，全县总面积5290平方千米。户籍人口67039人，其中农业人口46816人，少数民族人口25578人；总户数22867户；常住人口81419人，其中城镇人口37452人。辖2个镇、15个乡，8个社区、120个行政村，177个村民小组。
2013年，省政府（川府民政[2013]28号）批复同意九寨沟县调整部分行政区划：撤销双河乡，设立双河镇，辖原双河乡所属行政区域，镇政府驻中和村；撤销永乐镇、永丰乡、安乐乡，设立南坪镇，镇政府驻南坪镇滨河路，辖原永乐镇、永丰乡、安乐乡所属行政区域。
全县现辖3个镇、12个乡：南坪镇、漳扎镇、双河镇、永和乡、白河乡、保华乡、罗依乡、勿角乡、马家乡、郭元乡、草地乡、陵江乡、黑河乡、玉瓦乡、大录乡。县政府驻南坪镇。