春秋时为古嘏国地。东汉永元三年设置汉昌县。齐置巴州，明为巴县，地居三巴之中，有中巴之号，故名。巴江源出大巴山，经县东南。一说巴江（今南江）环绕，县在其中，故名。或谓取古巴国为名。民国二年改州为巴中县，1993年7月撤县设市。
1996年，巴中市面积2562平方千米，人口118万人。辖21镇47乡：巴州镇、清江镇、水宁寺镇、兴文镇、曾口镇、梁永镇、鼎山镇、大罗镇、玉山镇、茶坝镇、观音井镇、花丛镇、柳林镇、下八庙镇、渔溪镇、青木镇、三河场镇、恩阳镇、化成镇、三汇镇、上八庙镇、光辉乡、花溪乡、大和乡、中兴乡、白庙乡、关渡乡、三江乡、金碑乡、店子乡、甘泉乡、白云乡、果敢乡、独柏乡、羊凤乡、关公乡、舞凤乡、双胜乡、群乐乡、万安乡、乐丰乡、来龙乡、镇庙乡、尹家乡、磨子乡、和平场乡、九镇乡、石城乡、兴隆场乡、明扬乡、平梁乡、东兴场乡、福星乡、青山乡、枣林乡、凌云乡、寺岭乡、南阳乡、柳岗乡、梓童庙乡、玉井乡、义兴乡、凤溪乡、龙背乡、双凤乡、三星乡、同乐乡、天官乡。市政府驻巴州镇。
2000年6月14日，国务院批准同意撤销巴中地区和县级巴中市，设立地级巴中市。市政府驻新设立的巴州区。巴中市设立巴州区，以原县级巴中市的行政区域为巴州区的行政区域。区政府驻巴州镇。
2000年第五次人口普查，巴州区总人口1185862人，其中（21个镇、55个乡）：巴州镇146684人，清江镇21620人，兴文镇21056人，水宁寺镇21944人，恩阳镇46282人，曾口镇17471人，梁永镇22772人，渔溪镇15862人，三河场镇15194人，青木镇20452人，鼎山镇16541人，大罗镇16995人，玉山镇15318人，茶坝镇19483人，观音井镇11101人，花丛镇20230人，柳林镇18636人，下八庙镇12719人，化成镇17434人，三汇镇15219人，上八庙镇17429人，玉堂乡11730人，光辉乡14903人，花溪乡12857人，大和乡12074人，中兴乡11988人，白庙乡9177人，关渡乡9023人，奇章乡11322人，三江乡17979人，白云乡8840人，金碑乡11429人，店子乡11211人，甘泉乡11186人，芦山乡8359人，果敢乡12719人，羊风乡11813人，风溪乡17495人，龙背乡9020人，独柏乡5855人，三星乡12060人，同乐乡9251人，天官乡9930人，关公乡13178人，舞凤乡7767人，双凤乡11099人，金山乡8013人，双胜乡18682人，群乐乡14774人，万安乡13964人，乐丰乡11702人，来龙乡13620人，镇庙乡15262人，尹家乡12004人，磨子乡8999人，和平场乡10833人，九镇乡11920人，酒店乡12765人，明扬乡13373人，兴隆场乡16742人，石城乡18358人，司城乡13876人，福星乡10532人，青山乡11411人，枣林乡15884人，平粱乡13686人，东兴场乡10846人，凌云乡10596人，寺岭乡6928人，南阳乡4661人，柳岗乡7552人，石门乡8348人，金光乡9524人，梓桐庙乡7843人，玉井乡10176人，义兴乡13131人，江北管蚕会17150人。
2004年，巴州区辖巴州、清江、曾口、渔溪、恩阳、化成、梁永、鼎山、大罗、玉山、茶坝、花丛、柳林、青木、三汇、兴文、三江、枣林、水宁寺、观音井、下八庙、三河场、上八庙23个镇和石城、光辉、花溪、中兴、白庙、关渡、金碑、店子、甘泉、果敢、羊凤、三星、同乐、天官、凤溪、龙背、关公、来龙、镇庙、尹家、双胜、群乐、万安、大和、福星、青山、凌云、寺岭、南阳、柳岗、玉井、独柏、乐丰、九镇、磨子、双凤、明扬、舞凤、玉堂、奇章、芦山、金山、酒店、司城、金光、石门、义兴、平梁、白云、兴隆场、和平场、梓橦庙、东兴场53个乡。
2005年3月25日，省政府（川府民政[2005]4号）批复：撤销清江、曾口、鼎山、玉山、茶坝、花丛、渔溪、恩阳、平梁、化成、雪山11个片区工委办事处及巴州镇东城、西城、宕梁、江北、城守5个办事处，玉堂、奇章、中兴、白云、甘泉、店子、芦山、果敢、金山、独柏、同乐、天官、双凤、乐丰、镇庙、来龙、磨子、和平场、酒店、司城、明扬、青山、福星、东兴场、金光、柳岗、石门、南阳28个乡镇。将巴州镇所辖的大东等13个社区和西华等10个行政村划出设立4个街道；巴州镇所辖剩余部分行政区域以及原石门、白云和玉堂3个乡；将原奇章、中兴2个乡并入清江镇；将原店子、芦山、甘泉3个乡并入曾口镇；将原独柏乡并入梁永镇；将原果敢乡并入鼎山镇；将原同乐、金山、双凤3个乡并入玉山镇；将原天官乡并入关公乡；将原乐丰乡并入观音井镇；将原镇庙乡并入花丛镇；将原来龙乡并入柳林镇；将原磨子乡并入下八庙镇；将原和平场、酒店2个乡并入渔溪镇；将原明扬、司城2个乡并入恩阳镇；将原青山、福星、东兴场3个乡并入平梁乡；将原金光乡并入化成镇；将南阳乡并入寺岭乡；将原柳岗乡并入梓橦庙乡。