秦设青衣县属蜀郡，东汉置汉嘉县，三国改置阳嘉县，隋置芦山县。据《元和郡县志》：“芦山在县西北九里，县以此名。”一说因卢奴山为名。民国时期曾属四川省第十七行政督察区，1939年属西康省第二行政督察区。1950年属西康省雅安专区，1955年属四川省雅安专区（1970年改称雅安地区，2000年改地级雅安市）。
1996年，芦山县面积1364平方千米，人口约11.9万人。辖6个镇、9个乡：芦阳镇、飞仙关镇、双石镇、太平镇、大川镇、沫东镇、凤禾乡、升隆乡、隆兴乡、龙门乡、思延乡、清源乡、仁加乡、中林乡、宝盛乡。县政府驻芦阳镇。
2000年第五次人口普查，芦山县常住总人口121520人，其中：芦阳镇14530人，飞仙关镇4347人，双石镇8280人，太平镇7312人，大川镇6670人，沫东镇9930人，凤禾乡6197人，升隆乡7227人，隆兴乡5008人，龙门乡8098人，思延乡10556人，清源乡6561人，仁加乡6405人，中林乡4668人，宝盛乡6212人，川西监狱9519人。
2004年7月21日，省政府（川府民政[2004]22号）批复同意撤销沫东镇及凤禾、清源、隆兴、升隆、中林5个乡；仁加乡更名为清仁乡。将原沫东镇所属行政区域并入芦阳镇；芦阳镇政府驻杨家坝。将原凤禾乡所属行政区域并入飞仙关镇；飞仙关镇政府驻飞仙关。将原中林乡所属行政区域并入太平镇；太平镇政府驻太平场。将原隆兴、升隆2个乡所属行政区域并入龙门乡；龙门乡政府驻青龙场。将原清源乡所属行政区域并入清仁乡；清仁乡政府驻仁家坝。
2004年末，芦山县辖芦阳、飞仙关、双石、大川、太平5个镇和龙门、思延、宝盛、清仁4个乡。
2010年第六次人口普查，芦山县常住总人口109027人，其中：芦阳镇28218人，飞仙关镇9629人，双石镇7253人，太平镇11006人，大川镇6029人，思延乡9455人，清仁乡12198人，龙门乡19713人，宝盛乡5526人。
2011年07月13日，《四川省人民政府关于同意芦山县人民政府机关办公驻地迁移的批复》（川府函[2011]148号）同意芦山县人民政府机关办公驻地由芦阳镇平安路1号迁至芦阳镇迎宾大道9号。同年，省政府批复同意清仁乡政府驻地由仁加村前坝组迁移至大板村大板组。