1993年7月5日，国务院批准（国函[1993]98号）：设立巴中地区。巴中地区辖达县地区的巴中市、通江县、南江县、平昌县，巴中地区行政公署驻巴中市。
1996年，巴中地区面积12325平方千米，人口约327万人，以汉族为多，有回、满、藏、蒙古等7个少数民族。辖巴中市和通江、南江、平昌3县。行政公署驻巴中市。
2000年6月14日，国务院批准：（1）撤销巴中地区和县级巴中市，设立地级巴中市。市人民政府驻新设立的巴州区。（2）巴中市设立巴州区，以原县级巴中市的行政区域为巴州区的行政区域。区人民政府驻巴州镇。（3）巴中市辖原巴中地区的南江县、平昌县、通江县和新设立的巴州区。
2000年第五次全国人口普查，巴中市常住总人口3289246人。其中：巴州区1185862人、通江县676370人、南江县593720人、平昌县833294人。
2004年，全市辖65个镇、185个乡。
2010年第六次人口普查，巴中市常住总人口3283148人，其中：巴州区1126167人，通江县687369人，南江县606992人，平昌县862620人。
2013年1月18日，《国务院关于同意四川省调整巴中市部分行政区划的批复》（国函[2013]16号）：同意设立巴中市恩阳区。将巴中市巴州区的恩阳、玉山、茶坝、观音井、花丛、柳林、下八庙、渔溪、青木、三河场、三汇、上八庙12个镇，石城、兴隆场、关公、三星、舞凤、双胜、群乐、万安、尹家、九镇、玉井、义兴12个乡划归恩阳区管辖。以恩阳、玉山、茶坝、观音井、花丛、柳林、下八庙、渔溪、青木、三河场、三汇、上八庙12个镇，石城、兴隆场、关公、三星、舞凤、双胜、群乐、万安、尹家、九镇、玉井、义兴12个乡的行政区域为恩阳区的行政区域。恩阳区人民政府驻恩阳镇恩阳大道88号。【1月31日《四川省人民政府关于同意调整巴中市部分行政区划的批复》（川府函[2013]40号）】
至此，巴中市辖2区3县，即巴州区、恩阳区、通江县、南江县、平昌县。