“玛多”藏语意为“黄河上游”。古为羌地，唐属羁縻州辖地，后属吐蕃，明属朵甘行都指挥使司，明末清初属和硕特蒙古政权辖地，清属上郭罗克百户辖地，隶四川松潘镇漳腊管辖，民国三十年（1941年）置哈姜设治局，民三十二年（1943年）并入星川设治局。1950年解放后分属达日县和甘德县辖。1957年由达日县、甘德县析置玛多县。1959年划归海南藏族自治州管辖，1962年复归果洛藏族自治州。
1999年末，玛多县面积25253平方千米，人口10717人（根据青海省志），辖6个乡。县政府驻玛查里（黑河乡境内）。
2000年第五次人口普查，玛多县总人口10890人，其中：黄河乡1900人，黑河乡1642人，扎陵湖乡1564人，花石峡乡1868人，黑海乡1068人，清水乡765人，玛查理未批镇2083人。
2001年3月5日，青海省政府青政函[2001]14号文批复：撤销清水、花石峡、黑海3乡，合并设立花石峡镇（镇政府驻地设在原花石峡乡）。调整后，玛多县辖1个镇、3个乡：花石峡镇、黄河乡、黑河乡、扎陵湖乡。
2001年末，玛多县辖1个镇、3个乡、1个国营牧场，共有34个牧委会。花石峡镇驻花石峡，辖措柔、卓兰、东泽、造日埂、日谢、日榜、吉日迈、加木恩、豆措、那尔扎、维日埂、扎地、哲合迈、斗地、斗纳、加果16个牧委会。黄河乡驻热江坎多，辖江旁、热曲、阿映、白玛纳、唐格玛、哲合理6个牧委会。黑河乡驻作维隆哇，辖江多、隆埂、尕拉、坎木青、赫拉、江措6个牧委会。扎陵湖乡驻哈美茶卡，辖尕泽、多涌、擦泽、鄂陵、勒那、阿涌6个牧委会。国营牧场驻玛查里。
2006年8月，撤销黑河乡，设立玛查里镇（镇政府迁驻玛查里）。调整后，玛多县辖2个镇、2个乡：玛查里镇、花石峡镇、黄河乡、扎陵湖乡。
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