古为羌地，汉时为河关县辖地，隋隶达化县，唐隶米川县，元为积石军、镇西军地，五代时为土蕃地，宋属吐蕃?厮?政权辖地，金、夏设积石州，元代仍为积石州，隶属吐蕃等处宣尉司元帅府，明为千户所辖地，清设循化厅。民国二年（1913）年改为循化县，隶甘肃西宁道。1929年青海建省为省直辖县。
1949年循化解放。1953年改设循化撒拉族自治区，1955年改为自治县，1978年划归海东地区。循化县的行政归属几经变动：解放初至1958年由省直辖；1959年至1961年划归黄南藏族自治州代管；1962年归省直辖；1978年起，归海东地区行政公署管辖。2013年属地级海东市管辖。
1966年以前循化县行政区划更异十分频繁。1958年，实行人民公社化以后，全县划分为城关公社、黄河公社、红旗公社、永丰公社、东风公社、岗察公社（一说：9月，全县除国营红旗牧场外，合并为4个公社）。
1961年，划小公社规模，全县设11个公社。1966年合并为9个公社。1981年，清水公社分设为清水、孟达两个公社，全县设有10个公社。
1984年，改公社为乡、镇，生产大队为行政村，生产队为农、牧业生产合作社。重新确定道帏、文都、尕楞、岗察4个乡为藏族乡。全县共设1镇9乡，即积石镇、白庄乡、清水乡、孟达乡、街子乡、查汗都斯乡、道帏藏族乡、文都藏族乡、尕楞藏族乡、岗察藏族（牧业）乡。
1996年末，全县辖1个镇、9个乡（其中4个藏族乡）：积石镇、街子乡、清水乡、孟达乡、白庄乡、查汗都斯乡、尕楞藏族乡、文都藏族乡、岗察藏族乡、道帏藏族乡，154个行政村。（面积2100平方千米，人口10.3万人，撒拉族占总人口的60％，藏族占24％。根据《政区大典》整理，1996年左右资料）
1999年末，循化撒拉族自治县面积1750平方千米，人口107549人（根据青海省志）。辖1个镇、9个乡（其中4个民族乡）：积石镇、尕楞藏族乡、街子乡、查汗都斯乡、文都藏族乡、清水乡、岗察藏族乡、孟达乡、道帏藏族乡、白庄乡。
2000年第五次人口普查，全县总人口104452人，其中：积石镇24647人、道帏藏族乡11481人、白庄乡16801人、清水乡7488人、孟达乡2274人、街子乡15694人、查汗都斯乡11381人、文都藏族乡7960人、尕楞藏族乡5082人、岗察藏族乡1644人。
2001年末，循化撒拉族自治县辖1个镇、9个乡（其中4个民族乡）：积石镇、道帏藏族乡、白庄乡、清水乡、孟达乡、街子乡、查汗都斯乡、文都藏族乡、尕楞藏族乡、岗察藏族乡共有1个居委会、154个行政村。
2006年8月，撤销孟达乡，并入清水乡。调整后，全县辖1个镇、8个乡（其中4个民族乡）：积石镇、道帏藏族乡、白庄乡、清水乡、街子乡、查汗都斯乡、文都藏族乡、尕楞藏族乡、岗察藏族乡。
2007年6月，撤销街子乡、白庄乡，设立街子镇、白庄镇。2009年末，全县辖3镇6乡（其中4个民族乡），154个行政村，674个生产合作社。