截至2020年3月，石嘴山市惠农区辖6个街道、3个镇、3个乡（共12个乡级单位）：育才路街道、南街街道、中街街道、北街街道、河滨街街道、火车站街道、红果子镇、尾闸镇、园艺镇、庙台乡、礼和乡、燕子墩乡。区政府驻中街街道北大街394号）。
2020年5月7日，《惠农区人民政府办公室关于调整惠农区部分乡镇街道行政区域的通知》（惠政办发〔2020〕19号）：经区人民政府研究，决定将惠农区部分乡镇街道行政区域调整如下： 1.将火车站街道与南街街道之间，面积为2.3691平方公里的区域，以中间道路为界，划分为南北两部分，以北划归南街街道管辖，以南划归育才路街道管辖。 2.将育才路街道西侧，位于110国道以东、银善路以南、京藏高速公路以西，面积为2.7613平方公里的三角形区域，划归尾闸镇管辖。 3.将110国道以西、西郑路以南，面积为18.7130平方公里的区域，以申银特钢厂区北侧的道路为界，划分为南北两部分，以北划归火车站街道管辖，以南划归红果子镇管辖。 4.将育才路街道与尾闸镇之间，石大公路南侧的银善湖划归尾闸镇管辖。 5.将育才路街道与尾闸镇之间，位于石大公路以北、同城化干道以东，面积为0.31平方公里的区域，划归育才路街道管辖。 6.将火车站街道与北街街道之间，面积为2.71平方公里的区域，划归北街街道管辖。 7.将惠农区贺兰山自然保护区北端，贺兰山自然保护区界线以东，与河滨街道之间的区域，划归河滨街街道管辖。 8.园艺镇与尾闸镇以典农河、田埂、沈阳路为界。 9.将简泉农场划归燕子墩乡管辖。 10.将农林牧场、良种繁殖场、惠农监狱一、二、三、四站（含黄金水岸）划归尾闸镇管辖。 11.将贺兰山自然保护区惠农段，以红果子沟（白虎洞）为界，划分为南北两部分，以南划归燕子墩乡管辖，以北划归红果子镇管辖。【注：统计用区划代码及城乡分类代码（2020年）待更新】
【统计用区划代码及城乡分类代码（2019年）】
640205000惠农区
640205001育才路街道: 640205001001 111庆安居委会, 640205001003 111桥西居委会, 640205001004 111育才路居委会, 640205001006 111新建路居委会, 640205001007 111银河苑社区
640205002南街街道: 640205002001 111春晖居委会, 640205002004 111矿务局居委会, 640205002005 111广西居委会, 640205002006 111憩园居委会, 640205002007 111乐新居委会, 640205002008 111矿中居委会, 640205002009 111新村居委会
640205003中街街道: 640205003001 111金融居委会, 640205003004 111中街居委会, 640205003005 111陶瓷居委会, 640205003006 111星火居委会
640205004北街街道: 640205004003 111公园居委会, 640205004006 111朝阳居委会
640205005河滨街道: 640205005002 111电厂居委会, 640205005004 111钢花居委会, 640205005005 111红旗居委会, 640205005007 111滨园居委会, 640205005009 111荷花居委会, 640205005011 111屯园社区
640205006火车站街道: 640205006002 111花园居委会, 640205006006 111火车站居委会, 640205006008 111矿安路居委会
640205100红果子镇: 640205100001 121惠东居委会, 640205100002 122惠西居委会, 640205100003 220红果子居委会, 640205100004 220长城居委会, 640205100200 122马家湾村, 640205100205 122下营子村, 640205100206 220上营子村, 640205100207 220宝马村, 640205100208 220五渠村
640205101尾闸镇: 640205101001 220佳苑社区, 640205101002 123水城民生社区, 640205101200 121尾闸村, 640205101201 220和平村, 640205101202 122团结村, 640205101203 220下庄子村, 640205101204 220聚宝村, 640205101205 220西河桥村
640205102园艺镇: 640205102001 111桥东居委会, 640205102002 111吉运居委会, 640205102003 111静宁社区, 640205102004 111静安社区, 640205102005 111惠民社区, 640205102006 111水韵名都居委会, 640205102200 111安乐桥村, 640205102201 111园艺村, 640205102202 112底埂村
640205200庙台乡: 640205200200 210省悟村, 640205200201 210寇家桥村, 640205200202 220静安村, 640205200203 220李岗村, 640205200204 220东永固村, 640205200205 122通丰村, 640205200206 220乐土岭村
640205201礼和乡: 640205201200 210永平村, 640205201201 220星火村, 640205201202 220银河村, 640205201203 220红柳岗村, 640205201204 220红柴梁村, 640205201205 220礼和村, 640205201206 220沿河村
640205202燕子墩乡: 640205202200 210燕子墩村, 640205202201 220外西河村, 640205202202 220汪家庄村, 640205202203 220上宝闸村, 640205202204 220路家营村, 640205202205 220简泉村, 640205202206 220黄渠拐子村, 640205202207 220蛟龙口村, 640205202208 220西永固村, 640205202209 220雁窝池村, 640205202210 220海燕村
640205401简泉农场: 640205401001 123简泉社区
640205402国营农林牧场
640205403良种繁殖场