巴林，系蒙古族部落名，意为阵地，“要塞”，“哨所”、“军寨”。蒙古语称东为左。汉代为匈奴左地，唐代隶属松漠都督府。契丹建立政权后，选定当时“负山背海，天险足以为固”的现林东镇南郊建都，称上京临潢府，从公元918年到1125年辽亡的200多年历史上，这里是辽代政治、经济、文化、交通中心。金灭辽后，先为临潢总管府，后并入北京路。
元代先属应昌路，后归全宁路，隶属于中书省，是特薛禅后裔鲁王世袭领地。明初属全宁卫，后为兀良哈境，属朵颜卫。明代嘉靖年间苏巴海（元太祖十八世孙）始创巴林部。后金天聪八年（1634年）分封诸之蕃牧地时定旗地域为巴林左翼旗、巴林右翼二旗。清顺治五年（1648年）设治所，定名为巴林左翼旗。 清顺治五年（1648年），巴林部分为左右两旗，始置巴林左旗归属昭乌达盟。
民国时期，属热河特别行政区。1924年建林东设治局，1932年建林东县，辖巴林左右二旗农区。1933年本旗沦陷，建伪巴林左翼旗公署。1945年8月，本旗解放。1948年6月建立林东行政委员会，同巴林左旗政府并存，实行蒙汉分治。1947年，蒙汉政权合并，建巴林左翼旗人民政府。新中国建立后更名为巴林左旗。
1996年?，巴林左旗面积6459平方千米，人口34.4万人，其中蒙古族9.8万，占28.5%。辖4镇3苏木16乡：林东镇、隆昌镇、杨家营子镇、白音诺尔镇、白音乌拉苏木、查干哈达苏木、乌兰达坝苏木、白音沟乡、白音敖包乡、野猪沟乡、毛宝力格乡、福山地乡、哈拉哈达乡、罕吐柏乡、十三敖包乡、宝力罕吐乡、花加拉嘎乡、丰水山乡、碧流台乡、四方城乡、浩尔吐乡、三山乡、哈达英格乡。
2000年第五次人口普查，巴林左旗总人口332550人，其中：林东镇43379人，隆昌镇18230人，丰水山镇14988人，杨家营子镇17372人，白音诺尔镇7995人，乌兰达坝苏木5773人，白音乌拉苏木5181人，查干哈达苏木5421人，福山地乡12456人，毛宝力格乡9491人，白音敖包乡16628人，白音沟乡12752人，野猪沟乡7339人，哈达英格乡16157人，哈拉哈达乡15318人，罕吐柏乡10888人，十三敖包乡19952人，花加拉嘎乡18307人，宝力罕吐乡11021人，碧流台乡21531人，四方城乡7979人，浩尔吐乡22907人，三山乡11545人。
2000年，巴林左旗辖5个镇、15个乡、3个苏木，11个居民区、31个嘎查、238个村。2001年，撤销福山地乡、宝力罕吐乡、罕吐伯乡，将三乡并入林东镇；撤销四方城乡、碧流台乡，设立碧流台镇。2001年，全旗辖6个镇、3个苏木、10个乡，总人口35.5万人。2002年末，全旗总人口35.8万人。
2006年，巴林左旗将现有的19个苏木乡镇（3个苏木、10个乡、6个镇）调整为9个苏木镇（2个苏木、7个镇）：撤销哈达英格乡、白音沟乡，并入林东镇，总面积887.8平方千米，总人口114400人，辖35个行政村、6个居委会，镇政府驻地设在原林东镇政府所在地林东；撤销白音敖包乡、毛宝力格乡，并入隆昌镇，总面积705平方千米，总人口46900人，辖26个行政村，镇政府驻地设在原隆昌镇政府所在地隆昌；撤销杨家营子镇，并入碧流台镇，总面积775平方千米，总人口52500人，辖21个行政村，镇政府驻地设在原碧流台镇政府所在地五香营子；撤销白音勿拉苏木，并入白音诺尔镇，总面积896平方千米，总人口17000人，辖5个嘎查、4个居委会，镇政府驻地设在原白音勿拉苏木政府所在地乃力珠；撤销十三敖包乡、花加拉嘎乡、丰水山镇，合并设立十三敖包镇，总面积836平方千米，总人口57500人，辖33个行政村，镇政府驻地设在原丰水山镇政府所在地洞山；撤销野猪沟乡，并入查干哈达苏木，总面积520平方千米，总人口15700人，辖8个嘎查、6个行政村，苏木政府驻地设在原查干哈达苏木所在地红光嘎查；撤销三山乡，并入乌兰达坝苏木，总面积809平方千米，总人口17700人，辖6个嘎查、7个行政村，苏木政府驻地设在原三山乡政府所在地新农；撤销浩尔吐乡，改设富河镇，总面积863平方千米，总人口25800人，辖10个行政村，镇政府驻地设在原浩尔吐乡政府所在地加拉嘎；撤销哈拉哈达乡，改设哈拉哈达镇，总面积338平方千米，总人口17100人，辖8个行政村，镇政府驻地设在原哈拉哈达乡政府所在地小城子；巴林左旗苏木乡镇行政区划调整后，辖林东镇、隆昌镇、碧流河镇、白音诺尔镇、十三敖包镇、富河镇、哈拉哈达镇、查干哈达苏木、乌兰达坝苏木。
2006年末，全旗总面积6644平方千米。总人口35.69万人，其中非农业人口52678人；少数民族141056人。辖9个乡（镇、苏木、办事处），173个行政村（居委会）。
2009年末，全旗总面积6644平方千米。总人口35.96万人，其中非农业人口5.65万人；少数民族13.76万人。辖11个乡（镇、苏木、办事处），165个行政村（居委会）。
2012年?，恢复三山乡、花加拉嘎乡。调整后，全旗辖2个街道、7个镇、2个苏木、2个乡：林东西城街道、林东东城街道、林东镇、隆昌镇、十三敖包镇、碧流台镇、富河镇、白音诺尔镇、哈拉哈达镇、查干哈达苏木、乌兰达坝苏木、三山乡、花加拉嘎乡。