准格尔为蒙语，汉意为“左翼”。明为榆林左卫地，1649年建鄂尔多斯左翼前旗，清末改准格尔旗。
1950年1月17日，准格尔旗隶属绥远省伊克昭自治区。1950年4月17日，末代札萨克奇福海向准格尔旗自治政务委员会交印，旗政实现统一。1950年8月，准格尔旗人民政府成立，驻沙圪堵镇，达庆改为区，达尔古改建乡、镇。1950年6月1日，山西省河曲县第四区划为伊克昭自治区直属“十里长滩区”，9月划为准格尔旗第十三区，全旗辖13个区、83个乡、镇。
1950年11月6日，中共准格尔旗委员会成立。1954年6月19日，隶属内蒙古自治区伊克昭盟。1954年5月31日，黄河北岸2个区14个乡划归平地泉行政区萨拉齐县。1955年9月，准格尔旗人民政府改称准格尔旗人民委员会，全旗辖12个区、63个乡、镇。1956年撤并为9个区，38个乡、镇。1958年11月，撤销区，乡、镇建制，全旗组建8个公社，下设31个管理区、132个生产队。
1961年4月，公社调整为25个，管理区改建为254个生产大队，下设1686个生产小队。1968年4月13日成立准格尔旗革命委员会。1969年12月19日至1972年6月25日，北京军区对内蒙古自治区实行分区全面军管，准格尔旗实行军事管制。1971年4月，恢复中共准格尔旗委员会。1981年1月，准格尔旗革命委员会改称准格尔旗人民政府。1983年，公社改为乡、镇，生产大队改称村，生产小队改称农业生产合作社。
1996年?，准格尔旗面积7535平方千米，人口25.3万人，其中蒙古族占8%。辖3镇25乡：沙圪堵镇、榆树湾镇、薛家湾镇、马栅乡、魏家峁乡、长滩乡、哈岱高勒乡、海子塔乡、巴润哈岱乡、窑沟乡、准混兑乡、大路乡、十二连城乡、蓿亥图乡、布尔陶亥乡、德胜西乡、纳林乡、暖水乡、乌兰哈达乡、四道柳乡、准格尔召乡、羊市塔乡、乌日图高勒乡、大路峁乡、敖斯润陶亥乡、布尔墩高勒乡、西营子乡、沙圪堵乡。旗政府驻沙圪堵镇。
1998年，全旗辖23个乡、4个镇，256个村、22个居委会，1660个农业生产合作社。1999年8月，准格尔旗人民政府由沙圪堵镇移驻薛家湾镇。1999年10月，设立自治区级开发区准格尔旗沙圪堵经济技术开发区。
2000年第五次人口普查，准格尔旗常住总人口271298人，其中，薛家湾镇57251人，沙圪堵镇20307人，马栅镇21920人，东孔兑镇11028人，魏家峁镇10991人，纳林镇10579人，神山镇5383人，长滩乡6835人，海子塔乡7182人，巴润哈岱乡3265人，哈岱高勒乡14985人，窑沟乡10466人，大路乡6936人，十二连城乡6242人，蓿亥图乡13065人，布尔陶亥乡7854人，德胜西乡4334人，暖水乡5758人，四道柳乡2447人，准格尔召乡4278人，羊市塔乡7219人，乌日图高勒乡6366人，大路峁乡3889人，敖斯润陶亥乡3513人，布尔敦高勒乡3693人，西营子乡4351人，沙圪堵乡11161人。
2000年，准格尔旗辖7个镇、20个乡。2001年9月28日，撤伊克昭盟，设鄂尔多斯市，准格尔旗隶属内蒙古自治区鄂尔多斯市。2001年10月，乡镇撤并情况（本站整理，还需核对）：撤销沙圪堵乡，并入沙圪堵镇；撤销海子塔乡、巴润哈岱乡，设立海子塔镇；撤销暖水乡、德胜西乡，设立暖水镇；撤销乌日图高勒乡、大路峁乡，设立川掌镇；撤销西营子乡、布尔敦高勒乡，设立西营子镇；撤销羊市塔乡，设立羊市塔镇；撤销敖斯润陶亥乡，五字湾、石塔子、三道敖包、二道敖包、石板梁5村并入沙圪堵镇，石同梁、常青、二长渠、大沙日沟、老荒地、小沙日沟6村并入羊市塔镇；撤销四道柳乡，张家圪台、哈沙图、呼吉日图等村并入神山镇，二道柳、五圪图等村并入川掌镇。调整后，全旗辖12个镇、8个乡：薛家湾镇、沙圪堵镇、马栅镇、东孔兑镇、魏家峁镇、纳林镇、神山镇、海子塔镇、暖水镇、川掌镇、西营子镇、羊市塔镇、长滩乡、哈岱高勒乡、窑沟乡、大路乡、十二连城乡、蓿亥图乡、布尔陶亥乡、准格尔召乡。