历史上多为少数民族政权辖领。清属呼伦贝尔副都统辖地。1908年设吉拉林设治局。1920年改奇乾设治局，1921年改奇乾县。1933年设额尔古纳右旗，因额尔古纳河而得名。额尔古纳，系蒙古语，意为呈递、奉献。蒙古语称西为右。1948年合并左、右两翼旗为额尔古纳旗。1966年左、右两旗分设，位于西部的称额尔古纳右旗。1994年撤右旗改设额尔古纳市。
1996年?，额尔古纳市面积2.8万平方千米，人口7.7万人。辖6镇4乡：拉布大林镇、莫尔道嘎镇、室韦镇、三河镇、黑山头镇、恩和哈达镇、奇乾乡、上库力乡、苏沁回民乡、恩和俄罗斯族民族乡。市政府驻拉布大林镇。
2000年第五次人口普查，额尔古纳市常住总人口87829人，其中（5个镇、3个乡），拉布大林镇37005人，莫尔道嘎镇24761人，三河镇7772人，黑山头镇2286人，室韦镇1367人，上库力乡7391人，苏沁回民乡4542人，恩和俄罗斯民族乡2705人。
2000年末，全市总人口80358人，其中：汉族62224人，蒙古族4839人，回族6616人，满族2713人，朝鲜族182人，达斡尔族763人，鄂伦春族63人，鄂温克族156人，苗族55人，锡伯族3人，土家族29人，彝族2人，俄罗斯族2713人。
2001年，全市辖1个街道、2个镇、3个乡（其中2个民族乡）：新城街道、莫尔道嘎镇、黑山头镇、三河回族乡、上库力乡、室韦俄罗斯族民族乡。
2006年，撤销上库力乡，设立上库力街道；新城街道更名为拉布大林街道。
2006年末，全市总面积2.84万平方千米，总人口85162人。辖2个街道、2个镇、2个民族乡：拉布大林街道、上库力街道、莫尔道嘎镇、黑山头镇、三河回族乡、室韦俄罗斯族民族乡。市政府驻拉布大林街道。辖区内建有6个国有农牧场，1个国有森林工业公司和1个原始林区管护局，2个国家一类陆路口岸。
2010年第六次人口普查，额尔古纳市常住总人口76667人，其中，拉布达林街道35727人，上库力街道6708人，莫尔道嘎镇17970人，黑山头镇2029人，三河回族乡10648人，室韦俄罗斯族民族乡3585人。
2011年，设立恩和哈达镇；撤销室韦俄罗斯族民族乡，设立恩和俄罗斯族民族乡、蒙兀室韦苏木。调整后，全市辖2个街道、3个镇、2个民族乡、1个苏木：拉布大林街道、上库力街道、莫尔道嘎镇、黑山头镇、恩和哈达镇、三河回族乡、恩和俄罗斯族民族乡、蒙兀室韦苏木。
2013年，恢复奇乾乡（内民政批[2013]4号）。