因境内阿伦河而得名。阿伦与阿荣为同词异译，系达斡尔语，意为“干净”、“清洁”，因此河水洁净，故名。一说系蒙古语，意为“清洁”。明永乐十年（1420年）在阿伦河流域置阿伦卫。清为索伦部狩猎地，隶属布特哈总管。民国时期，属黑龙江省龙江道。1918年属布西县。1919年以阿伦河为界，东属布西县，西属雅鲁县。东北沦陷后，1933年3月，于红花梁子设置阿荣旗（析布西县五区、雅鲁县三区和甘南县境金界壕外育和屯一部分置），隶属兴安东分省管辖。之后，伪旗公署迁至那吉屯。1943年10月，改隶兴安总省管辖。
1945年“九三”抗日战争胜利后，隶属兴安省纳文慕仁盟。1949年5月，改隶呼纳盟。1953年4月，隶属内蒙古自治区东部行政公署。1954年5月，改隶呼伦贝尔盟。1969年7月，随同呼伦贝尔盟一并划归黑龙江省管辖。1979年7月，划归内蒙古自治区管辖，隶属呼伦贝尔盟。2001年，隶属地级呼伦贝尔市。
1996年?，阿荣旗面积11069.3平方千米，人口34.0万人，其中蒙古族0.6万人，辖8镇11乡：那吉镇、红花梁子镇、太平庄镇、亚东镇、孤山镇、霍尔奇镇、复兴镇、三岔河镇、那克塔乡、音河达斡尔鄂温克民族乡、查巴奇鄂温克民族乡、得力其尔鄂温克民族乡、新发朝鲜民族乡、兴安乡、六合乡、自来井乡、三道沟乡、向阳峪乡、长安乡。旗政府驻那吉镇。
2000年第五次人口普查，阿荣旗总人口304210人，其中：那吉镇49064人，孤山镇10821人，太平庄镇17577人，亚东镇23331人，三岔河镇18307人，霍尔奇镇21840人，那克塔镇10941人，红花梁子镇10693人，复兴镇18899人，兴安乡9850人，六合乡9151人，自来井乡6349人，长安乡9897人，得力其尔鄂温克民族乡14098人，查巴奇鄂温克民族乡13196人，音河达斡尔民族乡13646人，向阳峪乡6723人，三道沟乡12565人，新发朝鲜民族乡10694人，那吉屯农场16568人。
2000年末，阿荣旗总人口311550人，其中：农业人口253729人，非农业人口57821人；汉族281607人，蒙古族6878人，回族206人，满族16468人，朝鲜族2058人，达斡尔族2081人，鄂温克族1947人，鄂伦春族100人，其它民族185人，外国人加入中国国籍20人。全旗辖9个镇、4个乡、6个民族乡。
2005年，全旗撤并6个镇。撤并后乡镇总数由15个精简为9个（5个镇、4个民族乡）。设向阳峪镇，由原红花梁子镇、三道沟镇合并组建，镇政府设在原三道沟镇向阳峪村；设霍尔奇镇，由原那克塔镇、复兴镇、霍尔奇镇合并组建，镇政府设在原霍尔奇镇政府所在地；设亚东镇，由原太平庄镇、三岔河镇、亚东镇合并组建，镇政府设在原亚东镇政府所在地；设六合镇，由原孤山镇、六合镇合并组建，镇政府设在原孤山镇政府所在地。保留那吉镇、得力其尔鄂温克族乡、查巴奇鄂温克族乡、音河达斡尔鄂温克族乡、新发朝鲜族乡。
2006年，全旗总面积13641平方千米。总人口327517人，其中，农业人口232509人，非农业人口95008人；少数民族33200人。辖5个镇、4个民族乡：那吉镇、六合镇、亚东镇、霍尔奇镇、向阳峪镇、得力其尔鄂温克族乡、查巴奇鄂温克族乡、音河达斡尔鄂温克族乡、新发朝鲜族乡。
2009年，全旗总人口331762人，其中，汉族296569人，蒙古族8683人，回族208人，满族18867人，朝鲜族1985人，达斡尔族2270人，鄂温克族2619人，鄂伦春族198人，其他民族363人。辖9个乡镇，148个行政村，7个地方林场、2个国有农场。
2011年，恢复三岔河镇、复兴镇。调整后，全旗辖7个镇、4个民族乡：那吉镇、六合镇、亚东镇、霍尔奇镇、向阳峪镇、三岔河镇、复兴镇、得力其尔鄂温克族乡、查巴奇鄂温克族乡、音河达斡尔鄂温克族乡、新发朝鲜族乡。