土默特，系蒙古族部落名，意为数万。蒙古语称西为右。战国时，为赵国云中郡西部地。西汉时，境内置咸阳县、犊和县。明嘉靖年间，阿勒坦汗率土默特部驻牧丰州滩，旗境为西土默特牧地。清顺治、康熙之后，境内始推行“移民定边”，山西、陕西等地居民来此经商、做工、务农，并由流动逐渐变为定居。雍正元年（1723年），口外设置归化厅，开始实行蒙汉分治的旗、县并存制度，一直持续到建国后的1954年始告结束。
雍正十二年（1734年）设萨拉齐协理笔贴式。乾隆四年（1739年）设萨拉齐协里通判，尔后，相继改为理事通判、理事同知厅、抚民同知厅。其时所辖地域极为辽阔，故有“萨县的官，管的宽”的谚语。民国元年（1911年）改县设知事。
1950年成立萨拉齐县人民政府，1958年将萨拉齐县并入土默特旗。1969年元月，撤销土默特旗建制，分设土默特左、右旗，由原土默特旗西部地区置土默特右旗。1971年，将乌兰察布盟所属土默特右旗划归包头市，旗人民政府驻地迁至萨拉齐镇。
1996年?，土默特右旗面积2356平方千米，人口34.1万人，其中蒙古族占2.3%。辖3个镇、18个乡：双龙镇 萨拉齐镇 美岱召镇 吴坝乡、沟门乡、大城西乡、苏卜盖乡、海子乡、三间房乡、毛岱乡、沙海子乡、三道河乡、发彦申乡、明沙淖乡、二十四顷地乡、党三尧乡、将军尧乡、小召子乡、程奎海子乡、耳沁尧乡、公山湾乡。旗政府驻萨拉齐镇。 （24个居委会、298个村委会）
2000年第五次人口普查，土默特右旗总人口314290人，其中：萨拉齐镇65087人，双龙镇14713人，美岱召镇20646人，吴坝乡15653人，大城西乡12847人，明沙淖乡16252人，海子乡10824人，发彦申乡7437人，二十四顷地乡12344人，党三尧乡13355人，将军尧乡16214人，小召子乡11001人，程奎海乡5730人，三道河乡11793人，沙海子乡9081人，毛岱乡12092人，三间房乡8554人，苏波盖乡18518人，沟门乡25123人，耳沁尧乡4397人，公山湾乡2629人。
2000年末，全旗总面积2356平方千米。总人口97121户346626人，其中：蒙古族8344人，回族2496人，满族712人，朝鲜族9人。
2001年，土默特右旗实施撤并乡镇工作：撤销公山湾乡、耳沁尧乡，成立九峰山生态管理委员会；撤销程奎海乡，并入小召子乡；撤销发彦申乡，并入海子乡；撤销沟门乡，设立沟门镇。调整后，土默特右旗辖4个镇、13个乡、1个管委会：萨拉齐镇、双龙镇、美岱召镇、沟门镇、吴坝乡、大城西乡、明沙淖乡、海子乡、二十四顷地乡、党三尧乡、将军尧乡、小召子乡、三道河乡、沙海子乡、毛岱乡、三间房乡、苏波盖乡、九峰山生态管理委员会。
2006年，撤销吴坝乡，将其原管辖的行政区域整建制井入萨拉齐镇。坝乡政府所在地吴坝村。撤销毛岱乡，将其原管辖的行政区域整建制并入美岱召镇。撤销将军尧乡、党三尧乡、小召子乡，将3个乡原管辖的行政区域整建制合并设立将军尧镇。撤销沙海子乡、三道河乡，将2个乡原管辖的行政区域整建制并入双龙镇。撤销三间房乡，将其原管辖的行政区域整建制并入苏波盖乡。撤销二十四顷地乡，将其原管辖的行政区域整建制并入海子乡。撤销大城西乡，将其原管辖的行政区域整建制并入明沙淖乡。调整后，全旗辖5个镇、3个乡：萨拉齐镇、双龙镇、美岱召镇、沟门镇、将军尧镇、海子乡、明沙淖乡、苏波盖乡。
2006年，土右旗总面积2369平方千米。总人口35.16万人，其中汉族340018人，蒙古族8402人，回族2271人，满族675人，其他少数民族共397人。辖5个镇、3个乡、3个管委会。
2009年，土右旗总面积2369平方千米。总人口35.91万人。辖5个镇、3个乡、3个管委会，17个居委会、298个村委会，292个自然村。