1996年1月22日，省政府批复同意撤销东岗乡，设立东岗镇；8月1日，省政府批复同意撤销三堂乡和横山乡，合并设立长兴岛镇。1997年9月22日，省政府批复同意撤销李官乡、华铜镇、合并设立李官镇。1998年4月24日，省政府（辽政[1998]61号）批复同意撤销市胜利乡，设立仙浴湾镇。1999年10月21日，省政府（辽政[1999]219号）批复同意撤销邓屯乡、炮台镇，合并设立炮台镇（合并后炮台镇区域面积248.8平方千米，镇政府驻地三家）。至此，瓦房店市辖7个街道、15个镇、10个乡。
2000年第五次人口普查，瓦房店市常住总人口956063人，其中：新华街道51077人，文兰街道63100人，岭东街道18578人，共济街道40139人，铁东街道38175人，祝华街道38235人，岗店街道31967人，复州城镇48058人，复州湾镇35614人，松树镇31513人，李官镇26610人，得利寺镇23358人，万家岭镇23136人，许屯镇34867人，永宁镇34121人，谢屯镇24597人，炮台镇46848人，李店镇28018人，老虎屯满族镇25102人，长兴岛镇38043人，东岗镇15206人，仙浴湾镇11084人，赵屯乡31322人，土城乡19923人，闫店乡23806人，西杨乡27739人，驼山乡20893人，三台满族乡22608人，空流岛乡16288人，泡崖乡17285人，杨家满族乡21614人，太阳升乡27139人。
2002年6月，瓦房店市总面积3790.55平方千米。人口约102.21万人，辖7个街道（岗店、共济、岭东、铁东、文兰、新华、祝华）、15个镇（长兴岛、复州城、复州湾、松树、炮台、得利寺、老虎屯满族、东岗、万家岭、李店、永宁、谢屯、许屯、仙浴湾、李官）、8个乡（交流岛、泡崖、太阳、土城、驼山、西杨、赵屯、闫店）、2个民族乡（三台满族乡、杨家满族乡），54个社区、387个行政村，市政府驻世纪广场1号。2003年末，全市总人口1030460人；市内7个街道人口297872人，占总人口的28.9%；25个乡镇人口732588人，占71.1%；农业人口705991人，占68.5%；非农业人口324469人，占31.5%。
2005年8月15日，大连市政府（大政[2005]103号）批复同意撤销太阳升乡，设立太阳街道；9月5日，太阳街道办事处正式挂牌成立。2005年8月初，大连市政府批准设立大连长兴岛临港工业区，以长兴岛镇为其管理区域；11月26日正式成立。2006年，撤销长兴岛镇，设立长兴岛街道。2006年末，全市总人口为1025805人，其中：农业人口688448人，占总人口的67.1%；非农业人口337357人，占总人口的32.9%。
2007年5月22日，省政府（辽政[2007]99号）批复同意撤销李店镇，设立九龙街道。2007年5月24日，大连市政府决定将交流岛乡管辖的西中岛、凤鸣岛、交流岛、骆驼岛纳入长兴岛临港工业区统一开发建设。2007年12月26日，经省、市政府批准，撤销交流岛乡，设立交流岛街道（2008年1月2日，大连长兴岛临港工业区交流岛街道办事处正式挂牌成立）。2009年4月10日，省政府（辽政[2009]69号）批复同意将东岗镇更名为红沿河镇（6月正式更名）。
2009年末，全市辖11个街道、13个镇、6个乡、2个民族乡：新华街道、文兰街道、岭东街道、共济街道、铁东街道、祝华街道、岗店街道、太阳街道、长兴岛街道、九龙街道、交流岛街道、复州城镇、复州湾镇、松树镇、得利寺镇、万家岭镇、许屯镇、永宁镇、谢屯镇、炮台镇、老虎屯镇、红沿河镇、李官镇、仙浴湾镇、赵屯乡、土城乡、阎店乡、西杨乡、驼山乡、三台满族乡、泡崖乡、杨家满族乡（其中，长兴岛街道、交流岛街道由大连长兴岛临港工业区代管）。市政府驻文兰街道。
2010年第六次人口普查，瓦房店市常住总人口942197人，其中：新华街道52774人，文兰街道73966人，岭东街道16581人，共济街道49490人，铁东街道35144人，祝华街道33124人，岗店街道29913人，太阳街道26023人，长兴岛街道65922人，九龙街道26075人，交流岛街道14682人，复州城镇50970人，复州湾镇29398人，松树镇23745人，得利寺镇19396人，万家岭镇23636人，许屯镇27227人，永宁镇31071人，谢屯镇22457人，炮台镇45589人，老虎屯镇24091人，红沿河镇15711人，李官镇23741人，仙浴湾镇9915人，赵屯乡32655人，土城乡20072人，阎店乡23306人，西杨乡23627人，驼山乡18073人，三台满族乡22239人，泡崖乡14203人，杨家满族乡17381人。
2012年，将普兰店市的元台镇和瓦窝镇划归瓦房店市管辖，将瓦房店市炮台镇、复州湾镇划归普兰店市管辖（辽政[2012]169号）【注：2010年已划归普湾新区（普兰店市）】。