本溪县战国时期至秦、汉、魏、晋先后属辽东郡、玄竞郡管辖。北魏、北齐至隋时被高句丽割据。唐初收复辽东，属安东都护府。辽金时属辽阳县、石城县辖区。元时属辽阳路。明时置草河千户所。洪武十九年（1386年）改置东宁卫。清光绪三十二年（1906年）十月始设本溪县。1945年8月，成立本溪县人民政府。1946年国民党进驻。1948年10月获第二次解放。1952年本溪县撤销，并入本溪市。1956年恢复本溪县，县政府驻本溪市。1960年8月起，县政府迁驻小市镇。1989年6月29日，撤销本溪县，设立本溪满族自治县。
1997年，本溪满族自治县面积3362平方千米，人口31万人。辖12个镇、4个乡：小市镇、泉水镇、田师傅镇、草河口镇、连山关镇、南甸镇、碱厂镇、清河城镇、草河城镇、草河掌镇、偏岭镇、山城子镇、高官乡、东营坊乡、兰河峪乡、富家楼子乡。县政府驻小市镇。
2000年第五次全国人口普查，本溪满族自治县总人口293834人，其中（12个镇、3个乡）：小市镇85035人，草河掌镇11257人，草河城镇13020人，草河口镇26077人，连山关镇14763人，偏岭镇14973人，清河城镇11896人，山城子镇10748人，泉水镇10177人，田师傅镇33000人，南甸镇16557人，碱厂镇20557人，高官乡7634人，东营房乡9389人，兰河峪乡8751人。
2002年1月10日，辽宁省人民政府（辽政[2002]15号）批复同意撤销小市镇、山城子镇，合并设立小市镇；撤销清河城镇、富家楼子乡，合并设立清河城镇。
2005年底，本溪满族自治县辖11个镇、3个乡：小市镇、草河掌镇、草河城镇、草河口镇、连山关镇、偏岭镇、清河城镇、泉水镇、田师傅镇、南甸镇、碱厂镇、高官乡、东营坊乡、兰河峪乡。
2006年5月8日，辽宁省人民政府《关于同意调整本溪市部分乡镇行政区划的批复》（辽政[2006]94号）批准，（1）撤销高官乡、偏岭镇，合并设立高官镇。区划调整后，高官镇区域面积433平方千米，辖14个村委会，1个社区，镇政府驻地偏岭村。（2）撤销泉水镇、小市镇，合并设立小市镇，将原泉水镇富城峪村民组划归清河城镇城西村。区划调整后，小市镇区域面积618平方千米，辖21个村委会，11个社区，镇政府驻地小市村。（3）撤销兰河峪乡，将原兰河峪乡兰河峪村、城门村划归碱厂镇；原兰河峪乡新城子村、南营坊村划归东营坊乡。区划调整后，碱厂镇区域面积355平方千米，辖11个村委会，镇政府驻地不变；东营坊乡区域面积377平方千米，辖8个村委会，乡政府驻地不变。
至此，全县辖10个镇、1个乡：小市镇、草河掌镇、草河城镇、草河口镇、连山关镇、高官镇、清河城镇、田师傅镇、南甸镇、碱厂镇、东营坊乡。
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