东汉建安年间，吴析馀汗县地置上饶县。因上饶江得名。唐乾元元年（758）后历为县、州、路及府治。1932年为第六行政区治，名上饶镇，1938年更名广平镇，1949年5月析上饶县治广平镇置上饶市，隶于上饶专署；1950年改为县级镇，1951年2月经政务院批准复称上饶市。
1960年4月，上饶县、市合并为上饶市；1964年5月，上饶县划出。2000年6月23日，国务院批准同意撤销上饶地区和县级上饶市，设立地级上饶市；原县级上饶市改为信州区，以元代曾设信州路为名；同年10月1日，上饶市信州区政府正式挂牌成立。
1993年，上饶市（县级）扩大行政区域，将上饶县沙溪镇、灵溪乡、朝阳乡、秦峰乡、罗桥乡和石狮乡的王家坝村委会划归上饶市；其中罗桥乡铁路以南的前山等五个自然村仍留上饶县（赣民字[1993]63号批复）。1998年8月5日，将上饶市罗桥乡铁路以北区域和石狮乡王家坝行政村复归上饶县管辖（赣民字[1998]131号批复）。
1999年6月25日，撤销灵溪乡，设立灵溪镇（赣民字[1999]157号批复）。2000年，全区辖2个街道、2个镇、5个乡：东市街道、西市街道、沙溪镇、灵溪镇、秦峰乡、北门乡、常青乡、朝阳乡、茅家岭乡。
2000年第五次人口普查，信州区常住总人口327703人，其中，东市街道87042人、西市街道70881人、沙溪镇36282人、灵溪镇23742人、常青乡10956人、北门乡15182人、茅家岭乡25653人、秦峰乡26264人、朝阳乡31701人。
2001年12月3日，将常青乡的车头行政村划归茅家岭乡；东门行政村划归东市街道办事处；庆丰行政村划归西市街道办事处；撤销常青乡建制，设立水南街道办事处（赣民字[2001]570号批复）。
2002年末，信州区面积308平方千米，人口35.1万人，其中非农业人口18.2万人。辖3个街道、2个镇、4个乡，61个居委会、75个行政村。区政府驻三江大道。
2003年9月28日，撤销北门乡，改设街道办事处（赣民字[2003]252号批复）。2003年末，全区辖4个街道、2个镇、3个乡，总人口36.12万人。
2005年1月6日，江西省民政厅《关于同意上饶市信州区撤销茅家岭乡改设街道办事处的批复》（赣民字[2005]3号）：同意撤销茅家岭乡，改设街道办事处。设立街道办事处具体事宜由上饶市人民政府审批。11月16日，上饶市政府《关于同意信州区设立茅家岭街道办事处的批复》（饶民字[2005]123号）：同意设立茅家岭街道办事处，以原茅家岭乡和水南街道办事处的世纪花园居委会为其行政区域，辖世纪花园、畴口、汪家园、湖潭头4个居委会和解放、同心、塔水、周田、车头、茅家岭6个行政村。办事处驻陵园路。
2006年1月20日，撤销灵溪镇，改设街道办事处（赣民字[2006]5号批复）。至此，全区辖6个街道、1个镇、2个乡：水南街道、东市街道、西市街道、北门街道、茅家岭街道、灵溪街道、沙溪镇、秦峰乡、朝阳乡。
2010年第六次人口普查，信州区常住总人口416219人，其中，水南街道43904人，东市街道69117人，西市街道66836人，北门街道53871人，茅家岭街道49403人，沙溪镇42973人，灵溪镇29710人，秦峰乡29378人，朝阳乡31027人。
2011年2月28日，正式撤销朝阳乡，设立朝阳镇。2014年，撤销秦峰乡，设立秦峰镇（赣民字〔2014〕57号）。至此，全区辖6个街道、3个镇：东市街道、西市街道、水南街道、灵溪街道、北门街道、茅家岭街道、沙溪镇、朝阳镇、秦峰镇。