赣州之名，始自宋绍兴二十三年（1153年）改虔州为赣州。历有二说：一因州治赣县而得名；另说章、贡二江在州治合流之故。赣州在春秋战国时，先后为楚地、吴地、越地。秦时属九江郡。汉时先属豫章郡（赣、雩都、南壄县地），后属庐陵郡。三国东吴嘉禾五年（236年）析庐陵郡置庐陵南部都尉，治雩都，属扬州。西晋太康三年（282年）改为南康郡，移治赣（今章贡区年），属江州。隋开皇九年废南康郡置虔州，大业初复为南康郡。唐置虔州，贞观元年（627年）属江南道，开元二十一年属江南西道。五代梁属百胜军，五代南唐改称昭信军。
宋初复称虔州；淳化元年（990年年）析虔州之南康、大庾、上犹3县别置南安军。绍兴二十三年改为赣州，属江南西路。元为南安、赣州路，属江西行中书省。明为南安、赣州府，属江西承宣布政使司。清沿明制，增设宁都直隶州。民国时置赣南道，分为赣南、宁都两专区。1949年8月赣州各县先后解放，设赣西南行署区，辖赣州、瑞金、吉安3专区：赣州专区辖赣州市和赣、大庾、安远、虔南、崇义、龙南、定南、南康、上犹、信丰10县；瑞金专区辖广昌、雩都、石城、会昌、瑞金、宁都、兴国、寻邬8县。
1949年11月撤销赣州专区，所属市、县直隶赣西南行署区；瑞金专区更名为宁都专区。1951年6月17日撤销西南行署区，恢复赣州专区，今赣州各县分属赣州专区、宁都专区。1952年8月29日，宁都专区并入赣州专区，广昌县划归抚州专区。1954年5月改称赣南行政区，广昌县来属。1957年雩都、寻邬、虔南、大庾县分别更名为于都、寻乌、全南、大余县。1964年5月赣南行政区复名赣州专区。1971年1月改称赣州地区。1978年8月设立赣州地区行政公署。1983年10月广昌县划归抚州地区。1994年瑞金撤县设市。1995年南康撤县设市。
1998年12月24日，《国务院关于同意江西省撤销赣州地区设立地级赣州市的批复》（国函字〔1998〕114号）：一、同意撤销赣州地区和县级赣州市，设立地级赣州市。市人民政府驻新设立的章贡区。二、赣州市设立章贡区，以原县级赣州市的行政区域为章贡区的行政区域。区人民政府驻阳明路。三、赣州市辖原赣州地区的赣县、兴国县、于都县、宁都县、会宁县、石城县、信丰县、大余县、上犹县、崇义县、安远县、龙南县、定南县、全南县、寻乌县和新设立的章贡区。原赣州地区所辖的南康市、瑞金市由省直辖。1999年7月1日，地级赣州市正式挂牌成立。县级南康市、瑞金市由地级赣州市代管。
2003年末，全市总人口806.9万人，其中非农业人口157.4万人。2004年末，全市总人口812.6万人，其中非农业人口164.9万人。
2005年末，赣州市辖1个市辖区、15个县，代管2个县级市，共有7个街道、138个镇、144个乡、1个民族乡。（另一资料：138镇、145乡、8街道，另有5个管理区，10个营林林场）
2010年第六次人口普查，赣州市常住总人口8368447人，其中，章贡区642653人，赣县546964人，信丰县664047人，大余县289378人，上犹县257464人，崇义县187234人，安远县340740人，龙南县300301人，定南县172771人，全南县180691人，宁都县794806人，于都县853457人，兴国县719830人，会昌县445137人，寻乌县288207人，石城县278246人，瑞金市618885人，南康市787636人。
2013年10月18日，《国务院关于同意江西省调整赣州市部分行政区划的批复》（国函〔2013〕114号）：一、同意撤销县级南康市，设立赣州市南康区，以原南康市（不含潭东镇、潭口镇）的行政区域为南康区的行政区域。南康区人民政府驻蓉江街道金赣大道1号。二、将原县级南康市的潭东镇、潭口镇划归赣州市章贡区管辖。2014年2月25日，赣州市南康区正式挂牌成立。此次调整之后，赣州市辖区面积为2323平方千米。
2015年末，全市共有7个街道、142个镇、141个乡（其中1个民族乡）。
2016年，《国务院关于同意江西省调整赣州市部分行政区划的批复》（国函〔2016〕156号）：同意撤销赣县，设立赣州市赣县区，以原赣县的行政区域为赣县区的行政区域，赣县区人民政府驻梅林镇梅林大街5号。至此，赣州市辖3个市辖区、14个县，代管1个县级市。市辖区总面积5416平方千米，总人口约218万人。