宋雍熙元年（984年），析庐陵地置吉水县。至和二年（1055年），析吉水县置永丰县，以永丰乡得名，皆属吉州。元元贞元年（1295年）升州，属吉安路。明复降为县，属吉安府。清属吉安府。
北洋政府时期，吉水县属庐陵道。国民政府时期，1932年属第九行政区，1939年属第三行政区。解放后先后属属吉安专区、井冈山地区（1968年5月）、吉安地区（1979年7月）、地级吉安市（2000年）。
1979年，白水公社并入白水垦殖场（赣革发[1979]148号）。1986年2月15日，撤销埠田乡、水南乡、八都乡，设置埠田镇、水南镇、八都镇（赣府厅字[1986]64号批复）。1993年，撤销白沙乡、白水乡、金滩乡、枫江乡，设立白沙镇、白水镇、金滩镇、枫江镇（赣民字[1993]53号批复）。1997年，全县面积2709平方千米，人口46万，辖8镇16乡，县政府驻文峰镇。
1999年12月6日，撤销醪桥乡、乌江乡、丁江乡、双村乡、富滩乡、盘谷乡，设立醪桥镇、乌江镇、丁江镇、双村镇、富滩镇、盘谷镇（赣民字[1999]260号批复）。2000年5月11日，将吉水县富滩镇划归青原区（国函[2000]40号批复）。2000年6月27日，撤销住歧乡，划归八都镇（赣民字[2000]146号批复）。至此，全县辖13个镇、9个乡。
2000年第五次人口普查，全县总人口437081人；其中：文峰镇66169人、阜田镇35354人、枫江镇32870人、盘谷镇27206人、金滩镇30056人、八都镇33832人、双村镇9978人、醪桥镇19624人、白沙镇17936人、白水镇11064人、丁江镇12002人、乌江镇19269人、水南镇20096人、尚贤乡20283人、黄桥乡17910人、西沙乡7587人、水田乡13038人、新和乡8085人、螺田乡11508人、冠山乡8828人、邱陂乡6274人、葛山乡8112人。
2001年12月3日，撤销葛山乡，划归文峰镇，镇政府驻地迁至水南背；撤销邱陂乡，划归水南镇，镇政府驻地迁至水北；撤销西沙乡、黄桥乡，合并设立黄桥镇；撤销新和乡（除庄口、长埠行政村）、螺田乡，合并设立螺田镇；庄口、长埠行政村划归白沙镇（赣民字[2001]569号批复）。
2002年底，吉水县辖15个镇、3个乡，17个居委会、314个行政村。2003年底，全县总人口47.1万人。2005年末总人口47.91万人，其中城镇人口11.87万人。
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