商称艾侯国。春秋战国称艾邑，先后属吴、越、楚。西汉高祖六年（公元前201年）置艾县。新莽称治翰。东汉中平年间（公元185－188年）置西平县，建安四年（公元199年）置西安县，此时艾、西平、西安三县并存。晋太康元年（280）改西安为豫章郡。隋开皇九年（589）三县废，属建昌地。大业三年（607年）置豫章县，唐武德五年（622）析置西平县。长安四年（704）改豫章为武宁县，属豫章郡。贞元十六年（800）析置分宁县（从武宁分出故名），驻今义宁镇，属洪州。开成三年（838）复置西平县。
宋开宝元年（968）西平县废，并为宁县。建炎四年（1130）改为义宁军。元大德五年（1301）改称宁州。清嘉庆三年(1798)改为义宁州。1912年改义宁州为义宁县。1914年改为修水县，因修水得名，属浔阳道。1926年直隶江西省，1932年属第二行政区，1935年属第一行政区，1942年属第二行政区。1949年6月16日解放，初属袁州专区，1949年底属九江专区。现为九江市辖县。
解放初，辖2区，34乡，313保，3791甲，有54347户、358428人。1957年前为10区，267乡。1958年公社化，分6区，46公社，475个生产大队，4187个生产队。1960年撤区并社，为17个直属社和1镇、4场。翌年复10区，59社（含3个直属社），1镇，2场。1964年并为8个区，57社（含4个直属社）。1966年并为53社（含3个直属社）。1968年再次撤区并社，为27个县直社和1镇，1场。1972年复8区，50社（含2个直属社），1镇。……
1987年3月30日，设置九都乡建制，管辖黄坳林场的区域，驻地黄坳街。程坊乡分设程坊、崇河两乡（赣府厅字[1987]158号批复）。1987年7月22日，复原乡分设复原、雅洋乡建制，复原乡辖马门嘴、坑口、五峰、湖洲、七里墩五个行政村，驻坑口；雅洋乡辖枫林、双港口、雅洋、界牌、中坪五个行政村，驻雅洋坪（赣府厅字[1987]337号批复）。1992年5月6日，撤销太阳升乡，设立太阳升镇（赣民字[1992]74号批复）。1993年1月3日，撤销渣津乡、山口乡、白岭乡、黄沙港乡、古市乡、朱溪乡、马坳乡、溪口乡，设立渣津镇、山口镇、白岭镇、黄沙港镇、古市镇、朱溪镇、马坳镇、溪口镇（赣民字[1993]3号批复）。1995年3月10日，撤销清水岩乡、黄沙桥乡、上奉乡、何市乡，设立四都镇、黄沙桥镇、上奉镇、何市镇；撤销崇河乡建制，将其所辖区域并入程坊乡，乡政府驻地下北岭（赣民字[1995]35号批复）。
1995年12月12日，江西省民政厅（赣民字[1995]269号）批复：（一）同意修水县撤销合并以下乡镇：1、撤销朱溪镇、沙湾乡，设立大桥镇，驻朱溪厂。2、撤销司前乡，划归渣津镇，驻渣津。3、撤销上庄乡，划归溪口镇，驻溪口。4、撤销东津乡，划归马坳镇，驻马坳。5、撤销汤桥乡、黄沙桥镇，设立黄沙镇，驻黄沙桥。6、撤销中塅乡，划归水源乡，驻圣学屋。7、撤销白桥乡，划归黄龙乡，驻白桥。8、撤销月塘乡、画坪乡，划归古市镇，驻古市。9、撤销靖林乡，划归东港乡，驻东渡港。10、撤销杨津乡，划归大椿乡，驻大港。11、撤销桃坪乡，划归山口镇，驻山口新街。12、撤销赤江乡，划归征村乡，驻塅上。13、撤销塘排乡、九都乡，设立黄坳乡，驻塘排。14、撤销雅洋乡，划归复原乡，驻雅洋坪。15、撤销宁州乡、桃里乡，划归义宁镇，驻南崖。16、将东港乡的骆驼坪、万家山、齐源三个行政村划归程坊乡管辖。（二）同意撤乡设撤销同前乡镇：1、撤销全丰乡，设立全丰镇。2、撤销港口乡，设立港口镇。3、撤销杭口乡，设立杭口镇。（三）同意乡镇更名：1、太阳升镇更名为三都镇。2、黄沙港镇更名为黄港镇。3、汤桥乡、黄沙桥镇合并后更名为黄沙镇。4、塘排乡、九都乡合并后更名黄坳乡。至此，全县辖17个镇、19个乡：义宁镇、溪口镇、港口镇、白岭镇、全丰镇、古市镇、马坳镇、杭口镇、渣津镇、大桥镇、黄港镇、黄沙镇、何市镇、上奉镇、山口镇、三都镇、四都镇、复原乡、漫江乡、征村乡、黄坳乡、余塅乡、上衫乡、水源乡、东港乡、石坳乡、竹坪乡、庙岭乡、程坊乡、上杭乡、西港乡、新湾乡、黄龙乡、路口乡、大椿乡、布甲乡。总面积4503平方千米。总人口约73万人。县政府驻义宁镇。
1999年3月4日，撤销西港乡，设立西港镇（赣民字[1999]50号批复）。至此，全县辖18个镇、18个乡。
2000年第五次人口普查，修水县常住总人口745976人，其中，义宁镇82942人、三都镇27695人、全丰镇27315人、白岭镇32788人、古市镇36964人、大桥镇33627人、渣津镇41930人、杭口镇16493人、马坳镇36734人、氍口镇32637人、港口镇21472人、上奉镇14843人、何市镇20657人、黄港镇19441人、黄沙镇21190人、山口镇20054人、四都镇24142人、西港镇21480人、路口乡15236人、黄龙乡18101人、上衫乡14981人、余段乡4704人、水源乡11928人、石坳乡14099人、东港乡12682人、上杭乡16384人、程坊乡4891人、新湾乡11548人、布甲乡9173人、大椿乡18997人、庙岭乡8861人、竹坪乡7370人、征村乡14053人、漫江乡8719人、复原乡6521人、黄坳乡15324人。
2002年末，全县辖18个镇、18个乡，12个居委会、446个行政村。2003年末，全县总人口76万人。
2008年，三都镇更名为太阳升镇。2010年1月22日，《江西省民政厅关于同意修水县有关行政区划调整的批复》（赣民字〔2010〕13号）：经省人民政府批准，同意撤销程坊乡，成建制并入马坳镇；同意将义宁镇分设为义宁镇、宁州镇。至此，全县辖19个镇、17个乡。
2010年第六次人口普查，修水县常住总人口739986人，其中，义宁镇109983人，白岭镇30713人，全丰镇26384人，古市镇35095人，大桥镇33696人，渣津镇43462人，马坳镇32577人，杭口镇15924人，港口镇20297人，溪口镇27167人，西港镇21136人，山口镇15851人，黄沙镇18219人，黄港镇14674人，何市镇18498人，上奉镇14661人，四都镇20687人，太阳升镇27851人，宁州镇19865人，路口乡14328人，黄龙乡16590人，上衫乡12455人，余段乡4139人，水源乡11442人，石坳乡14443人，东港乡11349人，上杭乡16273人，新湾乡9845人，布甲乡8494人，漫江乡8084人，复原乡4043人，竹坪乡8117人，征村乡13107人，庙岭乡8966人，黄坳乡14899人，大椿乡16672人。