夏、商、周为古扬州域，春秋战国为楚、吴地，属番邑。秦属九江郡番县。汉高祖元年（公元前206年）属九江国九江郡番县，四年（公元前203年）属淮南国番县。六年（公元前201年），析番县地置枭阝阳县，治所四望山（即今周溪乡泗山境内），属淮南国豫章郡。文帝前元六年（公元前174年）属淮南郡，十二年（公元前168年）复隶淮南国。武帝元朔六年（公元前123年）隶九江郡。平帝元始元年（公元1年）隶扬州刺史部豫章郡。建安十五年（210年），枭阳县隶鄱阳郡。
晋大康十年（289年）隶扬州鄱阳郡，元康元年（291年）隶江州鄱阳郡，永安元年（304年）改隶江州浔阳郡。南朝宋永初二年（421年），因彭蠡湖盆地发生多次沉降运动，湖水南侵，枭阳县地大部分沦入湖中，废枭阳县，境域入彭泽县，隶江州。齐永明元年（483年）复隶江州浔阳郡。梁天监元年（502年）隶江州太原郡。陈永定元年（557年）改隶江州豫章郡。天嘉元年（560年）复隶江州浔阳郡。隋开皇三年（583年）彭泽县易名龙城县，隶江州。十八年（598年）复名彭泽县。大业三年（607年），州废，隶九江郡。
唐武德五年（622年）割鄱阳湖雁子桥之南境置都昌县。因“地有都村，南接南昌，西望建昌”故名。据《今县释名》：“唐置，地名都村，远与建昌相望，近与南昌相接，故名都昌。”设临时治所于王市（今北炎乡洞门口），隶江南道都督府浩州。开元二十一年（733年）隶江南西道江州。大历元年（766年）隶江南道饶州。大历年间（766－779年），治所徒迁彭蠡湖东，即今治地。宋开宝八年（975年）隶江东路建康军饶州。太平兴国七年（982年）隶江东路饶州。天禧四年（1020年）隶江南东路南康军。建炎四年（1130年）隶江南路南康军。绍兴元年（1131年）隶江南西路南康军。
元至元元年（1264年）隶扬州行省江西元帅府南康军，十四年（1277年）隶江淮行省江西道南康路，二十三年（1288年）隶江西行省南康路。至正二十一年（1361年）隶江西行省西宁路，二十二年（1362年）隶江西行省南康府。明洪武九年（1376年）隶江西承宣布政使司九江道南康府。清顺治二年（1645年）隶江西省九江道南康府。康熙九年（1670年）隶饶九南道南康府。雍正九年（1731年）隶广饶九南兵备道南康府。
民国初年，废府制。民国3年（1914年），隶江西省浔阳道。民国15年，废道，隶省直辖。民国21年，隶第三行政区。民国24年，隶第五行政区。1939年维新、苏旧、左蠡等乡沦为日占区。1942-1945年县政府曾迁卢家（今阳峰乡驻地）等。1949年5月12日，都昌县解放，隶江西省鄱阳专区；7月改隶九江专区（1970年改称九江地区）。1983年，地市合并，隶九江市。
1987年3月30日，设置新妙乡（赣府厅字[1987]158号批复）。1992年5月6日，撤销周溪乡、三汊港乡、中港乡，设立周溪镇、三汊港镇、中馆镇（赣民字[1992]74号批复）。1993年1月3日，撤销徐埠乡、南峰乡、土塘乡、张岭乡，设立徐埠镇、南峰镇、土塘镇、蔡岭镇（赣民字[1993]3号批复）。1995年3月10日，撤销大港乡、左里乡、万户乡、大沙乡，设立大港镇、左里镇、万户镇、大沙镇（赣民字[1995]35号批复）。
1996年，全县面积1988平方千米，人口约64万人。辖12个镇、18个乡：都昌镇、周溪镇、三汊港镇、中馆镇、大沙镇、万户镇、南峰镇、土塘镇、大港镇、蔡岭镇、徐埠镇、左里镇、和合乡、阳峰乡、西源乡、芗溪乡、狮山乡、杭桥乡、化民乡、鸣山乡、盐田乡、北炎乡、春桥乡、苏山乡、多宝乡、汪墩乡、七角乡、北山乡、大树乡、新妙乡。县政府驻都昌镇。
1999年12月6日，撤销新妙乡，将大桥行政村的新力村划归左里镇，紫腾行政村的新洲、新光村划归苏山乡，石树、大桥（不含新力）、高垅、重兴、紫腾（不含新洲、新光）行政村划归汪墩乡（赣民字[1999]261号批复）。至此，全县辖12个镇、17个乡。
2000年第五次人口普查，都昌县常住总人口671906人，其中，都昌镇61660人、周溪镇41186人、三汊港镇26647人、中馆镇19964人、大沙镇28382人、万户镇27993人、南峰镇20049人、土塘镇19288人、大港镇11350人、蔡岭镇19389人、徐埠镇29891人、左里镇22696人、和合乡24592人、阳峰乡27225人、西源乡25011人、芸溪乡23355人、狮山乡16692人、杭桥乡13375人、化民乡17569人、鸣山乡20916人、盐田乡10573人、北炎乡14076人、春桥乡16239人、苏山乡20884人、多宝乡16838人、汪墩乡30691人、七角乡10097人、北山乡26078人、大树乡29200人。
2002年1月11日，撤销北炎乡，划归蔡岭镇；撤销盐田乡，划归大港镇；撤销七角乡，划归汪墩乡；撤销杭桥乡、化民乡，划归土塘镇（赣民字[2002]10号批复）。2002年末，都昌县辖12个镇、12个乡，18个居委会、326个行政村。2003年末，全县总人口72.1万人。
2010年第六次人口普查，都昌县常住总人口716370人，其中，都昌镇103154人，周溪镇43849人，三汊港镇30890人，中馆镇21601人，大沙镇30926人，万户镇26607人，南峰镇18043人，土塘镇47266人，大港镇22871人，蔡岭镇34060人，徐埠镇29746人，左里镇23815人，和合乡22521人，阳峰乡27358人，西源乡20569人，芗溪乡21862人，狮山乡15942人，鸣山乡21614人，春桥乡14706人，苏山乡20459人，多宝乡16650人，汪墩乡42097人，北山乡27443人，大树乡31407人，江西省对外经济技术合作蔡岭示范区112人，都昌县良种场802人。