境内袁赣两水在萧滩镇合流后一段，波流澄澈，名为“清江”立县后即以水名县。樟树市以樟树镇（江西四大古镇之一）为名，以树命名樟树得名。自西周至春秋战国先后属吴、越、楚。秦建新淦县，县治淦阳即今樟树镇（樟树镇1988年撤销），樟树地属新淦。自汉高祖六年（前201年），樟树地分属新淦、建成、宜春三县。至东汉中平二年，析宜春置汉平县，县治在今樟树西南境的吴平圩，樟树地分属新淦、建成、汉平。三国时，孙吴改汉平为吴平。
隋开皇九年（589年），省新渝入吴平；开皇十一年，省吴平入宜春；开皇十八年，复分宜春置新渝。唐武德五年（622年），改建成为高安。同年，以今樟树西南境太平圩为县治，置始平县，武德七年废，入新渝县。这段时间，樟树地属新淦、建成（今高安市）的部分无重大变化，属于宜春的部分则先后分划为汉平、吴平、始平、新渝等县。五代南唐昇元二年（938年）八月，析高安的建安乡、修德乡，新淦的崇学乡，置清江县，治所萧滩镇（宋改临江镇），属镇南军节度使。保大十年（952年），高安县升为筠州，清江县改隶筠州。
北宋淳化三年（992年），割清江、新淦、新喻三县置临江军，清江为倚郭望县。治平三年（1066年），割新淦茂才乡、新喻思贤乡入清江县，县境由三乡增至五乡。元至元十四年（1277年），临江军改临江路，清江为上县。明洪武二年（1369年），改临江路为临江府，辖清江、新淦、新喻三县。清代府县隶属仍沿明制。民国二年至民国十四年，属庐陵道；民国十五年至二十年，直属省；民国二十一年至民国三十八年，先后属第一、二行政督察区。1930年10月至11月，在临江镇建立清江县苏维埃政府，属湘鄂赣边境特委领导。
1949年6月19日，在樟树镇建立清江县人民政府，同年7月15日迁临江镇，1950年3月27日迁回樟树镇，属南昌分区专员公署。1959年1月1日，改属宜春专区1978年改称宜春地区）。1987年12月清江县实行省计划单列。1988年10月13日，民政部（民批[1988]41号）批复，经国务院批准，同意撤销清江县，设立樟树市（县级），以原清江县的行政区域为樟树市的行政区域；12月，樟树市正式挂牌成立，由宜春地区代管。2000年5月22日，改由宜春市代管。
1985年3月15日，设置阁（閤）山镇（赣府厅字[1985]158号）。1985年4月21日，设置黄土岗、永泰、经楼镇（赣府厅字[1985]236号）。1985年6月21日，撤销临江乡建制，将临江乡所属各村划归临江镇管辖（赣府厅字[1985]332号）。1987年，樟树市城区面积12.6平方千米，其中建成区面积9.6平方千米；城区人口9.7万人。1989年1月13日，撤销樟树镇，设立淦阳、鹿江、吴家巷、薛溪四个办事处（赣民字[1989]10号批复）。1989年1月17日，山前乡的堆上、路口、麾塘、湛溪、白路、沽塘、举塘、上京八个行政村划出，设置湛溪乡（赣民字[1989]11号批复）。
1996年3月19日，撤销店下乡、昌傅乡，设立店下镇、昌傅镇（赣民字[1996]50号批复）。1996年12月20日，撤销张家山乡，设立张家山镇（赣民字[1996]287号批复）。至此，全市面积1286平方千米，人口约51.6万人，辖4个街道、7个镇、10个乡：鹿江街道、淦阳街道、吴家巷街道、薛溪街道、临江镇、黄土岗镇、经楼镇、永泰镇、昌傅镇、张家山镇、店下镇、中洲乡、义成乡、山前乡、湛溪乡、洲上乡、刘公庙乡、洋湖乡、大桥乡、观上乡、阁山乡。市政府驻城区药都南大道19号。
1999年5月31日，撤销閤山乡，设立閤山镇。閤山镇管辖原閤山乡与从店下镇划入的关坊、芗溪、韶塘、孙家行政村的行政区域范围（赣民字[1999]126号批复）。2000年2月25日，撤销刘公庙乡、观上乡，设立刘公庙镇、观上镇。观上镇政府驻地迁至潭埠街（赣民字[2000]37号批复）。至此，全市辖4个街道、10个镇、7个乡。