1997年，经省人民政府批准，将姜堰市的寺巷、鲍徐、塘湾、白马、野徐5个乡镇和泰州市的口岸、刁铺、永安洲、田河、许庄5个乡镇划归海陵区管辖。同年8月20日，国务院批准设立泰州市高港区（国函[1997]77号）。高港区管辖从海陵区划出的口岸、刁铺、许庄、田河、永安洲、白马、野徐7个乡镇，区政府驻口岸镇。
2003年高港区行政区划 口岸镇（居委会：口东、口南、口西、育才、龙窝、振兴；村委会：引江、新明、东南、龙口、城南、城东、王营、大石、徐桥、郎庄、雅儒、吴楼、戴集、集成、徐庄、张马、田河、口岸、蔡滩、朱营） 刁铺镇（居委会：通泰、关桥、环溪、三星；村委会：刁铺、观五、官河、万庄、大丰、界牌、屠桥、二桥、官沟、周梓、老庄、唐家、三旗营、马厂、曹官营、许庄） 永安洲镇（居委会：兴洲；村委会：福沙、新街、永兴、兴隆、建安、永胜、上桥、中心） 白马镇（居委会：金马、白马；村委会：陈家、陆家、岱白、黄河、前进、朱穆） 野徐镇（居委会：城中；村委会：解家、褚雅、陈家庄、殷蒋、永丰、新联、仲联） （根据《江苏省2003年底村及村以上代码》整理）
2004年底，高港区辖5个镇。口岸镇面积70.660平方千米，人口65904人。刁铺镇面积55.101平方千米，人口57705人。永安洲镇面积51.220平方千米，人口25937人。白马镇面积25.000平方千米，人口22983人。野徐镇面积19.970平方千米，人口21366人。（数据来源《江苏省统计年鉴》）
2006年，泰州调整市区部分行政区划，其中高港区：撤销口岸镇，以其原辖区域设立口岸街道办事处，辖6个居委会、25个村委会。撤销刁铺镇，原辖区域调整后，设立刁铺街道办事处，辖3个居委会、8个村委会；设立许庄街道办事处，辖1个居委会、8个村委会。原柴墟街道办事处和环溪街道办事处相应撤销。
2009年，将泰兴市胡庄镇划归泰州市高港区管辖；将泰兴市宣堡镇的赵王、乔杨、明河、钱赵、管营、孔桥、蔡庄等7个村委会划归泰州市高港区许庄街道管理；将泰兴市第二捕捞公司管理的区域划归泰州市高港区永安洲镇管辖；将姜堰市大泗镇划归高港区管辖。行政区划调整后，高港区行政区域面积335.14平方千米，人口31.14万人，辖3个街道、5个镇：口岸街道、刁铺街道、许庄街道、永安洲镇、白马镇、野徐镇、胡庄镇、大泗镇。区政府驻口岸街道。
2009年末，高港区总面积335平方千米、总人口26.14万人。其中：永安洲镇面积52.91平方千米、人口28749人，白马镇面积24.02平方千米、人口21999人，胡庄镇面积49.38平方千米、人口47067人，大泗镇面积30平方千米、人口30043人，野徐镇面积22.67平方千米、人口22055人。（数据来源《江苏省统计年鉴》）
2010年6月16日，经省、市政府批复同意，滨江工业园办事处改设为沿江街道办事处。由泰州市经济开发区管理。区划范围不变，面积10.66平方千米，人口1.45万人，管理高港社区和高港、滨江、杨湾、常福、故土5个村。至此，全区辖4个街道、5个镇：口岸街道、刁铺街道、许庄街道、沿江街道、永安洲镇、白马镇、野徐镇、胡庄镇、大泗镇。
2011年末，将胡庄镇杨营村划归大泗镇管辖。调整后，胡庄镇行政区域面积45.19平方千米，人口4.59万人，辖2个居委会、13个行政村。