春秋战国时期，此地先后属吴、越。秦时建东阳县，属东海郡。汉为东阳、平安、射阳三县地，先后属临淮、广陵郡。隋初置安宜县。唐上元三年农历四月十六日（762年5月14日）因真如献宝，肃宗传旨上元三年改为宝应元年，安宜县更名为宝应县。南宋期间，先后升为宝应州、宝应军，领宝应、盐城、山阳、淮阴等县。
明隶高邮州。清属扬州府。民国期间先后属淮扬道、淮阴行政督察区。县境解放时，属苏皖边区第二行政区。中华人民共和国建立初，先后属苏北行政公署扬州、泰州专区。1953年1月宝应隶属江苏省扬州专区。1960年初，析宝应湖以西置金湖县。1983年3月，隶属扬州市。
1996年，宝应县面积1467.5平方千米，人口91万人。辖13镇17乡：城镇、子婴河镇、天平镇、射阳湖镇、山阳镇、小官庄镇、夏集镇、望直港镇、鲁垛镇、西安丰镇、氾水镇、曹甸镇、广洋湖镇、黄浦乡、石桥乡、黄塍乡、城郊乡、氾光湖乡、长沟乡、郭桥乡、芦村乡、韦镇乡、下舍乡、柳堡乡、小尹庄乡、水泗乡、泾河乡、中港乡、 獐狮荡乡、沿河乡。县政府驻城镇。
2000年，宝应县进行乡镇行政区划调整：撤销中港乡，将其原辖区域并入安宜镇；撤销天平镇，将其原辖区域并入射阳湖镇；撤销子婴河镇、郭桥乡，将这两个乡镇的原辖区域并入夏集镇；撤销廷柏镇（即小尹庄乡）、芦村乡、柳堡乡，将这三个乡镇的原辖区域合并，设立柳堡镇；撤销氾光湖乡、石桥乡、韦镇乡，将这三个乡的原辖区域并入氾水镇；撤销獐狮荡乡，将其原辖区域并入望直港镇；撤销下舍乡，将其原辖区域并入曹甸镇；撤销长沟乡，将其原辖区域并入山阳镇；撤销黄浦乡，将其原辖区域并入泾河乡。调整后辖14个镇、2个乡。
2000年第五次人口普查，全县总人口869972人，其中：安宜镇171789人，氾水镇77769人，夏集镇58721人，柳堡镇51202人，射阳湖镇54942人，广洋湖镇31601人，鲁垛镇34014人，小官庄镇29223人，望直港镇56440人，曹甸镇63782人，西安丰镇33630人，山阳镇55526人，黄塍镇26092人，泾河乡57492人，水泗乡32204人，沿河乡35545人。
2001年，江苏省民政厅（苏民区[2001]61号）批准同意撤销泾河乡，以原辖区域设立泾河镇，实行镇管村的体制（2002年扬府复[2002]6号文件和2002年1月17日宝应县人民政府宝政发[2002]6号文件批复同意）。
2002年，宝应县总面积1461平方千米，其中建成区面积13.09平方千米；辖15个镇、1个乡：安宜镇、范水镇、山阳镇、曹甸镇、鲁垛镇、西安丰镇、望直港镇、小官庄镇、夏集镇、射阳湖镇、广洋湖镇、柳堡镇、黄塍镇、泾河镇、沿河镇、水泗乡，共有53个居委会、235个村委会。
2003年10月，射阳湖镇与水泗乡合并设立新的射阳湖镇。合并后，射阳湖镇面积194平方千米，人口9.35万人，辖33个行政村、3个居委会，镇政府驻桥南村。2003年底，宝应县总面积1461平方千米，其中建成区面积13.09平方千米；辖15个镇：安宜镇、范水镇、夏集镇、柳堡镇、射阳湖镇、广洋湖镇、鲁垛镇、小官庄镇、望直港镇、曹甸镇、西安丰镇、山阳镇、黄塍镇、泾河镇、沿河镇，共有51个居委会、234个村委会。
2004年底，宝应县总人口91.99万人，辖15个镇：安宜镇93.91平方千米/93000人，范水镇167.55平方千米/84058人，夏集镇122.00平方千米/61074人，柳堡镇167.34平方千米/54028人，射阳湖镇面积181.50平方千米/92899人，广洋湖镇面积90.20平方千米/37935人，鲁垛镇61.30平方千米/34809人，小官庄镇面积46.00平方千米/30774人，望直港镇面积90.00平方千米/59843人，曹甸镇100.00平方千米/70984人，西安丰镇面积58.54平方千米/36742人，山阳镇123.43平方千米/57786人，黄塍镇42.00平方千米/28323人，泾河镇83.17平方千米/60790人，沿河镇47.44平方千米/39302人。（数据来源于《江苏省统计年鉴》）
2005年10月，经江苏省政府批复同意（苏政复[2005]89号文件），沿河镇与安宜镇合并设立新的安宜镇，镇政府驻安宜。行政区划调整后，新的安宜镇行政区域面积153平方千米，人口19.95万人，辖21个居委会、21个村委会。至此，宝应县辖14个镇：安宜镇、范水镇、夏集镇、柳堡镇、射阳湖镇、广洋湖镇、鲁垛镇、小官庄镇、望直港镇、曹甸镇、西安丰镇、山阳镇、黄塍镇、泾河镇。
2009年末，宝应县总面积1461平方千米、总人口29.98万户、91.61万人。其中：安宜镇141.35平方千米/126000人，范水镇167.55平方千米/90151人，夏集镇122平方千米/63000人，柳堡镇167.34平方千米/51787人，射阳湖镇181.5平方千米/90220人，广洋湖镇90.2平方千米/36706人，鲁垛镇61.3平方千米/33339人，小官庄镇46平方千米/30736人，望直港镇90平方千米/60645人，曹甸镇100平方千米/61671人，西安丰镇58.39平方千米/35588人，山阳镇122.77平方千米/55011人，黄塍镇42平方千米/27275人，泾河镇83.17平方千米/59536人。（数据来源于《江苏省统计年鉴》）
2012年4月11日，宝应县政府宝政发[2012]79号文件：经省、市批准，同意范水镇恢复原名氾水镇。经县政府研究决定，从2012年5月1日起，正式启用氾水镇名称。