隋开皇十八年（598年）改广陵为邗江县，得名于春秋吴王夫差开凿之邗沟（又名邗江）。大业元年改江阳县。南唐复置广陵县。宋神宗熙宁五年并入江都县。1956年从江都县析置邗江县。2000年12月21日，国务院批准同意撤销邗江县，设立扬州市邗江区，以原邗江县的行政区域为邗江区的行政区域，区人民政府驻蒋王镇【2001年1月12日，江苏省政府《关于撤销邗江县设立扬州市邗江区的通知》（苏政发[2001]7号）批复同意撤销邗江县设立扬州市邗江区】。
1996年，邗江县面积838平方千米，人口56.4万人。辖16个镇、10个乡：蒋王镇、公道镇、槐泗镇、瓜洲镇、方巷镇、杭集镇、李典镇、酒甸镇、施桥镇、头桥镇、沙头镇、汊河镇、扬寿镇、红桥镇、霍桥镇、黄珏镇、运西乡、杨庙乡、渔业乡、新坝乡、泰安乡、六圩乡、甘泉乡、赤岸乡、滨湖乡、八里乡。县政府驻蒋王镇。
1998年，撤销滨湖乡并入公道镇。？年，新坝撤乡设镇，泰安撤乡设镇，甘泉撤乡设镇，八里撤乡设镇。调整后，邗江县辖20个镇、5个乡。
2000年第五次人口普查，全区总人口545458人，其中：杨寿镇20532人，甘泉镇27134人，公道镇21168人，黄珏镇21601人，方巷镇22075人，酒甸镇23981人，槐泗镇22585人，太安镇19445人，蒋王镇46349人，汊河镇人，26085瓜洲镇17596人，施桥镇18994人，八里镇19310人，霍桥镇22995人，杭集镇40366人，李典镇18470人，沙头镇20047人，头桥镇23189人，红桥镇21377人，新坝镇19295人，杨庙乡23085人，赤岸乡13653人，运西乡20021人，六圩乡13748人，渔业乡2357人。
2001年5月9日，邗江区将25个乡镇调整为21个镇：撤销六圩乡，将其原辖区域并入施桥镇，镇政府驻施桥镇；撤销渔业乡，按属地就近原则，将原渔业乡所辖的沿湖村划入黄珏镇，将沿江村新坝部分划入新坝镇，将驻扬部分并入蒋王镇；撤销运西乡，将其原辖区域并入瓜洲镇，镇政府驻瓜洲镇，同时将原渔业乡所辖沿江村瓜洲渔业作业区划入瓜洲镇；撤销赤岸乡，将其原辖区域并入公道镇，镇政府驻公道镇；撤销杨庙乡，以其原辖区域设立杨庙镇，镇政府驻杨家庙。其他各镇区域和镇政府驻地不变。
2002年1月14日，扬州市人民政府《关于明确市开发区和广陵区、郊区、邗江区行政管理区域的通知》（扬府发[2002]7号）：根据省政府《关于同意调整扬州市市区部分行政区划的批复》（苏政复[2001]221号）文件精神，扬州市明确扬州经济开发区和广陵区、郊区、邗江区行政管理区域。将邗江区施桥镇、八里镇划归扬州经济开发区代管。邗江区行政管理区域范围为：外围东部以邵伯湖、高水河、芒稻河、夹江与江都市分界，西北部与高邮市毗邻，西部与仪征市交界，南部以长江与镇江交界；中部分别与广陵区、郊区和扬州经济开发区毗邻。其行政管理区域756.94平方千米，人口49.43万人。
2002年末，邗江区面积824平方千米；辖1个街道、19个镇：邗上街道、瓜洲镇、李典镇、杭集镇、公道镇、头桥镇、汊河镇、方巷镇、槐泗镇、酒甸镇、蒋王镇、沙头镇、红桥镇、霍桥镇、杨寿镇、黄珏镇、新坝镇、甘泉镇、泰安镇、杨庙镇，共有28个居委会、164个村委会。
2003年，撤销蒋王镇，以其原辖区域分别设立蒋王街道办事处、邗上街道办事处；撤销汊河镇，以其原辖区域设立汊河街道办事处；甘泉镇与杨寿镇合并设立甘泉镇，镇政府驻甘泉；方巷镇与黄珏镇合并设立方巷镇，镇政府驻方巷；槐泗镇与酒甸镇合并设立槐泗镇，镇政府驻酒甸；头桥镇与红桥镇合并设立头桥镇，镇政府驻红桥；李典镇与新坝镇合并设立李典镇，镇政府驻李典；沙头镇与霍桥镇合并设立沙头镇，镇政府驻沙头。
2003年底，邗江区面积824平方千米；辖3个街道、11个镇：邗上街道、汊河街道、蒋王街道、瓜洲镇、李典镇、杭集镇、公道镇、头桥镇、槐泗镇、沙头镇、甘泉镇、泰安镇、方巷镇、杨庙镇，共有28个居委会、160个村委会。
2004年末，邗江区位于江苏省中部，环绕扬州市区，东与江都毗连，南濒长江，与镇江隔江相望，西与仪征接壤，北与高邮相接，面积824平方千米，总人口491372人，辖3个街道、11个镇。（以下数据来源《江苏省统计年鉴》，此处蒋王、汊河仍为镇，实际已经改设街道）蒋王镇19.80平方千米/23529人，汊河镇23.90平方千米/22843人，公道镇66.00平方千米/35611人，方巷镇75.54平方千米/46822人，槐泗镇60.85平方千米/45444人，瓜洲镇46.18平方千米/41950人，杭集镇34.64平方千米/47169人，李典镇57.29平方千米/39990人，沙头镇63.94平方千米/44533人，头桥镇38.40平方千米/44265人，甘泉镇76.80平方千米/47757人，泰安镇32.43平方千米/19026人，杨庙镇31.15平方千米/24024人。
2006年，邗江区设立新盛街道。2007年末，户籍人口531757人（包括新盛街道），常住人口54万人（根据邗江区2007年国民经济和社会发展统计公报）。
2008年5月18日，江苏省政府批复同意：（1）撤销扬州市邗江区甘泉镇，以所辖杨寿居委会和永和、爱国、宝女、新龙、东兴、方集、墩留7个村委会区域设立邗江区杨寿镇，镇政府驻杨寿；以所辖甘泉居委会和长塘、公路集、双山、老山、焦巷、五湖、双塘、姚湾、香巷9个村委会区域设立甘泉街道办事处，划归维扬区管辖。（2）将邗江区沙头镇的大众村委会、高桥村委会和中兴村委会的项一、项二组及霍桥居委会迎春河以北区域划归广陵区汤汪乡管辖。行政区划调整后，邗江区行政区域面积776平方千米，人口58.11万人，辖5个街道、13个镇。其中，杨寿镇行政区域面积39.3平方千米，人口2.1万人，辖1个居委会、7个村委会。沙头镇行政区域面积55.5平方千米，人口3.7万人，辖2个居委会、12个村委会。
2009年末，邗江区总面积703平方千米、总人口50.04万人。其中：公道镇106.05平方千米/35645人，方巷镇89.36平方千米/46462人，槐泗镇67.25平方千米/46516人，瓜洲镇48.59平方千米/41094人，杭集镇40.26平方千米/35207人，李典镇70.44平方千米/42972人，沙头镇56.06平方千米/37496人，头桥镇64.21平方千米/43040人，杨寿镇39.4平方千米/22388人，泰安镇32.09平方千米/21608人，杨庙镇31.02平方千米/22613人（《江苏省统计年鉴》）。
2010年，邗江区辖4个街道、11个镇：邗上街道、蒋王街道、汊河街道、新盛街道、公道镇、方巷镇、槐泗镇、瓜洲镇、杭集镇、李典镇、沙头镇、头桥镇、泰安镇、杨庙镇、杨寿镇。其中新盛街道委托新城西区管理。区政府驻邗上街道。
2011年，将邗江区的李典、头桥、沙头、杭集、泰安5个镇划归广陵区管辖；撤销维扬区，将原维扬区的行政区域并入邗江区。邗江区辖10个街道、10个镇、3个乡：邗上街道、蒋王街道、汊河街道、新盛街道、双桥街道、梅岭街道、甘泉街道、瘦西湖街道、扬子津街道、文汇街道、公道镇、方巷镇、槐泗镇、瓜洲镇、杨寿镇、杨庙镇、西湖镇、施桥镇、八里镇、朴席镇、平山乡、双桥乡、城北乡。区政府驻邗上街道。其中，新盛街道由新城西区管理，瘦西湖街道由瘦西湖新区管理；扬子津街道、文汇街道和施桥镇、八里镇、朴席镇由扬州市开发区管理。
2013年1月，根据扬州市委、市政府关于对蜀冈—瘦西湖风景名胜区代管区域扩容的决定，将邗江区平山乡（不含朱塘、荷叶、石油山庄社区）划归景区代管，平山乡位于维扬开发区区域内的朱塘、荷叶、石油山庄社区划归维扬开发区管委会代管；将邗江区城北乡（不含黄金、瓦窑村，竹西、安平社区）划归景区代管；将邗江区槐泗镇的槐二村（不含原唐沟村6个村民小组）、槐子村和槐泗社区划归平山乡代管（景区代管）。2014年2月15日，根据《扬州市人民政府关于设立竹西街道办事处》，邗江区竹西街道正式成立，下辖竹西社区、安平社区、瓦窑村、黄金村。
邗江区现辖11个街道、10个镇、3个乡：邗上街道、蒋王街道、汊河街道、新盛街道、双桥街道 、梅岭街道、甘泉街道、瘦西湖街道、扬子津街道、文汇街道、竹西街道（物流集聚区）、公道镇、方巷镇、槐泗镇、瓜洲镇、杨寿镇、杨庙镇、西湖镇、施桥镇、八里镇、朴席镇、平山乡、双桥乡、城北乡。其中，新盛街道由新城西区代管，瘦西湖街道、平山乡、城北乡由蜀冈—瘦西湖风景名胜区代管；扬子津街道、文汇街道、施桥镇、八里镇、朴席镇由扬州市开发区代管。区政府驻邗上街道。