隋置扬州。古越之一部称扬越。据《尔雅》：越，扬也。注谓发扬也。又其性轻扬也。李巡曰：江南其气燥劲。厥性轻扬。据《太康地纪》：“以扬州渐太阳位。天气奋扬。履正含文。故取名焉。”春秋战国时期，为邗国地，称邗。秦、汉时称广陵、江都。北周时置吴州。隋开皇九年（589年）始称扬州。辛亥革命置江都县，先属淮扬道，后直属江苏省。1949年设扬州市。
1949年，扬州专区辖扬州市和宝应、高邮、兴化、溱潼、江都、仪征、六合县等1市7县。1950年2月6日，扬州专区并入泰州专区，下辖泰州、扬州两市及泰县、泰兴、靖江、兴化、高邮、宝应、仪征、六合、江都9县；5月12日扬州市改为扬州县；8月8日撤销扬州县建制，成立扬州市，归苏北人民行政公署直辖。
1953年1月1日，江苏省人民政府成立，设扬州专区。原由苏北人民行政公署直辖的扬州市，和原属皖北滁县专区的江浦县划入扬州专区。泰州专区在划出如皋、海安2县给南通专区，划出东台、台北（今大丰）2县给盐城专区以后与扬州专区合并。扬州专区辖扬州市、泰州市和泰兴、泰县、江都、仪征、六合、高邮、宝应、兴化、靖江、江浦2市10县，专署驻扬州市。1954年，扬州、泰州2市改为省辖市。
1956年3月，由江都县部分地区设置邗江县（驻扬州市）；仪征、六合、江浦3县划归镇江专区，后复划回扬州专区；原属镇江专区的扬中县划入扬州专区，后复划回镇江专区。扬州专区辖11县。1958年，原由省直辖的扬州市划归扬州专署领导；撤销邗江县，并入扬州市；撤销泰州市和泰县，合并设立泰州县；将江浦、六合2县交由南京市领导。1960年4月，以宝应县的宝应湖西地区设立金湖县（驻黎城镇）。扬州专区辖1市9县。
1962年，原由南京市领导的六合、江浦2县划入扬州专区；撤销泰州县，恢复泰州市和泰县；扬州市原邗江县辖区，复置邗江县；以兴化县的塘港河以东地区，设立兴东县（驻戴窑镇）。1964年，撤销兴东县，并入兴化县。1966年，仪征、金湖、江浦、六合4县划归六合专区。扬州专区辖2市8县。1970年，扬州专区改称扬州地区，专署驻扬州市，辖扬州、泰州2市及宝应、兴化、高邮、泰兴、泰县、靖江、江都、邗江8县。1971年，原属六合地区的仪征、六合2县划入扬州地区。1975年，六合县划归南京市领导。
1983年，撤销扬州地区和扬州市，设立地级扬州市。原扬州地区的泰州市和江都、邗江、泰县、高邮、靖江、宝应、泰兴、兴化、仪征9个县划归扬州市管辖。扬州市设广陵区和郊区。扬州市共辖1市9县2区。1986年4月，撤销仪征县，设立仪征市。1987年12月，撤销兴化县，设立兴化市。1991年4月，撤销高邮县，设立高邮市。1992年9月，撤销泰兴县，设立泰兴市。1993年8月，撤销靖江县，设立靖江市。1994年4月，撤销江都县，设立江都市。1994年7月，撤销泰县，设立姜堰市。1996年8月，泰州市升格为地级市，将扬州市代管的泰兴、姜堰、靖江、兴化4市划由泰州市代管。
1996年，扬州市面积6681.4平方千米，人口435.1万人，辖广陵、郊区2区和宝应、邗江2县，代管高邮、仪征、江都3个县级市，市政府驻广陵区。2000年第五次全国人口普查，扬州市总人口4588554人，其中：广陵区527038人，郊区184955人，宝应县869972人，邗江县545458人，仪征市610356人，高邮市797752人，江都市1053023人。
2000年12月21日，国务院批准：撤销邗江县，设立扬州市邗江区，以原邗江县的行政区域为邗江区的行政区域。区人民政府驻蒋王镇。2002年11月11日，民政部批准（民函[2002]182号）：扬州市郊区更名为维扬区。扬州市共辖4县（市）3区。
2002年1月14日，扬州市政府下文明确扬州经济开发区和广陵区、郊区、邗江区行政管理区域：将邗江区施桥镇、八里镇划归扬州经济开发区代管，其代管区域72.06平方千米，人口9.95万人；将郊区湾头镇划归广陵区代管，广陵区行政管理区域67平方千米，人口29.36万人，郊区行政管理区域81平方千米，人口19.74万人；邗江区行政管理区域756.94平方千米，人口49.43万人。
2002年末，扬州市总面积6634平方千米，辖9个街道、89个镇、8个乡，323个居委会、1249个村委会。3个市辖区总面积980平方千米，其中建成区面积53.50平方千米；辖9个街道、23个镇、4个乡，107个居委会、228个村委会。 广陵区面积65平方千米；辖4个街道、1个镇、1个乡，43个居委会、21个村委会。 邗江区面积824平方千米；辖1个街道、19个镇，28个居委会、164个村委会。 维扬区面积78平方千米；辖2个街道、1个镇、3个乡，18个居委会、24个村委会。 宝应县位于总面积1461平方千米，其中建成区面积13.09平方千米；辖15个镇、1个乡，53个居委会、235个村委会。 仪征市面积901平方千米，其中建成区面积24.30平方千米；辖9个镇、2个乡，59个居委会、193个村委会。 高邮市面积1962平方千米，其中建成区面积11.00平方千米；辖19个镇、1个乡，52个居委会、283个村委会。 江都市面积1330平方千米，其中建成区面积18.15平方千米；辖23个镇，52个居委会、310个村委会。（数据根据《扬州市统计年鉴》）
2003年，扬州市总面积6634平方千米，辖11个街道、81个镇、7个乡，308个居委会、1251个村委会。3个市辖区总面积980平方千米，其中建成区面积58.31平方千米；辖11个街道、15个镇、4个乡，108个居委会、246个村委会。 广陵区面积65平方千米；辖4个街道、1个镇、1个乡，46个居委会、21个村委会。 邗江区面积824平方千米；辖3个街道、11个镇，28个居委会、160个村委会。 维扬区面积78平方千米；辖2个街道、1个镇、3个乡，18个居委会、19个村委会。 经济开发区辖2个街道、2个镇：扬子津街道、文汇街街道、八里镇、施桥镇。 宝应县位于总面积1461平方千米，其中建成区面积13.09平方千米；辖15个镇，51个居委会、234个村委会。 仪征市面积901平方千米，其中建成区面积26.28平方千米；辖9个镇、2个乡，44个居委会、186个村委会。 高邮市面积1962平方千米，其中建成区面积16.50平方千米；辖19个镇、1个乡，52个居委会、282个村委会。 江都市面积1330平方千米，其中建成区面积20平方千米；辖23个镇，53个居委会、303个村委会。（数据根据《扬州市统计年鉴》）
2008年6月，撤销邗江区甘泉镇，以所辖杨寿社区和永和等7个村区域设立邗江区杨寿镇，镇政府驻杨寿；以所辖甘泉社区和长塘等9个村区域设立甘泉街道，划归维扬区管辖。将邗江区沙头镇的大众村、高桥村，中兴村的项一、项二组，霍桥社区迎春河以北区域划归广陵区汤汪乡管辖。将仪征市的朴席镇（不含沿江村及土桥村的沿江高等级公路以南区域）划归市经济开发区代管。调整后的邗江区、广陵区、维扬区和开发区区域面积分别为776平方千米、77.5平方千米、126.5平方千米和122.92平方千米，人口分别为58.11万人、30.95万人、29.83万人和13.63万人。
2011年11月13日，扬州市召开全市调整部分行政区划动员大会。经国务院、江苏省政府批准，扬州市调整部分行政区划：一、撤销县级江都市，设立扬州市江都区，以原江都市行政区域为江都区行政区域；二、将扬州市邗江区的李典、头桥、沙头、杭集、泰安5个镇并入扬州市广陵区；三、撤销扬州市维扬区，将原维扬区的行政区域与划出5个镇的邗江区合并。行政区划调整后，扬州市区面积由1024平方千米扩大到2310平方千米，市区户籍人口由122.4万人增加至229.1万人。至此，扬州市辖广陵、邗江、江都3个市辖区和宝应县，代管仪征、高邮2个县级市。