西汉设盐渎县。东晋改盐城县。1983年设立盐城市郊区。1996年改为盐都县。2004年改为盐城市盐都区（国务院2003年12月批准）。
1983年1月18日，国务院批准：撤销盐城县，设立盐城市（地级）；2月12日，江苏省政府批准设立盐城市城区、郊区。1996年7月19月，国务院批准（国函[1996]56号）：（1）撤销盐城市郊区，设立盐都县。盐都县辖原郊区的楼王、尚庄、秦南、龙冈、潘黄、大冈、步凤、北龙港、义丰、鞍湖、伍佑11个镇和中兴、学富、冈中、大纵湖、北蒋、葛武、便仓、郭猛、马沟9个乡，其中伍佑镇的行政区域为三墩村以南部分（不含三墩村）。盐都县人民政府驻潘黄镇。（2）将原郊区的南洋、青墩、新兴、永丰、张庄5个乡镇和伍佑镇的三墩村及其以北部分划归盐城市城区管辖。
1997年，盐都县辖14个镇、6个乡：楼王镇、尚庄镇、秦南镇、龙冈镇、潘黄镇、大冈镇、伍估镇、步凤镇、北龙港镇、义丰镇、中兴镇、鞍湖镇、葛武镇、郭猛镇、学富乡、冈中乡、大纵湖乡、北蒋乡、便仓乡、马沟乡。
2000年第五次人口普查，盐都县（辖19个镇、1个乡）总人口850519人，其中：大纵湖镇30084人，北龙港镇36142人，楼王镇42884人，学富镇31567人，义丰镇38004人，尚庄镇38910葛武镇28804人，北蒋镇31951人，秦南镇61162人，中兴镇29115人，鞍湖镇31181人，龙冈镇49879人，潘黄镇51281人，马沟镇35307人，郭猛镇57942人，大冈镇53110人，便仓镇38201人，伍佑镇44585人，步凤镇72362人，冈中乡33493人，盐都新区10139人，果树良种场4416人。
2003年，将伍佑镇伍康、益丰、伍冈3个村划归潘黄镇管辖。12月18日，国务院批准（国函[2003]130号）：撤销盐都县，设立盐城市盐都区，以原盐都县潘黄、大纵湖、北龙港、楼王、学富、义丰、尚庄、葛武、北蒋、秦南、龙冈、郭猛、大冈13个镇的行政区域为盐都区的行政区域。区人民政府驻潘黄镇。原盐都县的便仓、伍佑、步凤3个镇划归盐城市亭湖区管辖。调整前，原盐都县（Yandu Xian）面积1294平方千米，人口86万（2001年），代码320928，辖14个镇、6个乡。
2004年末，大纵湖镇面积74.70平方千米，人口30256人。北龙港镇面积81.00平方千米，人口35649人。楼王镇面积69.30平方千米，人口41691人。学富镇面积42.24平方千米，人口29562人。义丰镇面积63.20平方千米，人口39625人。尚庄镇面积58.36平方千米，人口39377人。葛武镇面积45.00平方千米，人口29556人。北蒋镇面积50.00平方千米，人口32920人。秦南镇面积116.17平方千米，人口87870人。龙冈镇面积93.39平方千米，人口83226人。潘黄镇面积59.65平方千米，人口64688人。郭猛镇面积77.35平方千米，人口57368人。大冈镇面积130.81平方千米，人口87580人。（数据来源于《江苏省统计年鉴》）
2006年，盐都区辖13个镇：大纵湖镇、北龙港镇、楼王镇、学富镇、义丰镇、尚庄镇、葛武镇、北蒋镇、秦南镇、龙冈镇、潘黄镇、郭猛镇、大冈镇；新区管委会。
2007年，将亭湖区张庄街道划归盐都区管辖。调整后，盐都区面积1038.7平方千米，人口73.01万人，辖2个街道、13个镇：新都街道、张庄街道、大纵湖镇、北龙港镇、楼王镇、学富镇、义丰镇、尚庄镇、葛武镇、北蒋镇、秦南镇、龙冈镇、潘黄镇、郭猛镇、大冈镇；新区管委会。区政府驻潘黄镇。
2009年末，盐都区总面积1047平方千米、总人口75.23万人。其中：张庄镇面积78.82平方千米、人口30141人，大纵湖镇面积74.7平方千米、人口30002人，北龙港镇面积81平方千米、人口34756人，楼王镇面积69.3平方千米、人口39236人，学富镇面积42.24平方千米、人口29638人，义丰镇面积63.2平方千米、人口40555人，尚庄镇面积58.36平方千米、人口38037人，葛武镇面积45平方千米、人口29753人，北蒋镇面积50平方千米、人口32517人，秦南镇面积118平方千米、人口84629人，龙冈镇面积93.39平方千米、人口76764人，潘黄镇面积30平方千米、人口40813人，郭猛镇面积62.42平方千米、人口47658人，大冈镇面积130.81平方千米、人口84888人。（数据来源于《江苏省统计年鉴》）
2010年，撤销义丰镇、大纵湖镇，合并设立大纵湖镇；撤销北龙港镇、楼王镇，合并设立楼王镇；撤销葛武镇、尚庄镇，合并设立尚庄镇；撤销秦南镇、北蒋镇，合并设立秦南镇，将原秦南镇部分行政区域划归学富镇管辖；撤销潘黄镇，设立潘黄街道、盐龙街道；将龙冈镇的丁晏居委会，郭猛镇的乔庄、黄刘2个居委会和吴徐、大李2个村委会划归盐龙街道。行政区划调整后，全区辖4个街道、8个镇：新都街道、张庄街道、潘黄街道、盐龙街道、大纵湖镇、楼王镇、学富镇、尚庄镇、秦南镇、龙冈镇、郭猛镇、大冈镇；新区管委会。