清浦区的前身为原淮阴地区清江市的南部，属老城区。1983年建区，将城南公社改为城南乡，撤销郊区公社，成立清安乡，撤销闸口公社，成立闸口街道办事处，撤销清江公社，成立清江街道办事处和浦楼街道办事处，又将原属淮阴县的武墩公社、和平公社和原属淮安县（现为楚州区）的黄码公社、盐河公社一并纳入清浦区管辖。
1996年，清浦区面积293.5平方千米，人口27.9万人。辖3个街道、1个镇、5个乡：清江街道、 闸口街道、 浦楼街道、和平镇、黄码乡、城南乡、清安乡、武墩乡、盐河乡。区政府驻环城西路。
2000年9月，武墩乡、盐河乡撤乡建镇。区划调整后，清浦区辖3个街道、3个镇、3个乡。第五次人口普查，清浦区总人口306258人，其中：清江街道37780人，闸口街道21930人，浦楼街道44090人，和平镇30369人，武墩镇24543人，盐河镇34538人，清安乡35684人，城南乡33301人，黄码乡44023人。
2001年8月9日，《清浦区政府关于盐河镇村级行政区划调整的批复》（浦政发[2001]68号）：黄姚村与甘棚村合并，设立甘露村委会，村址设在原甘棚村村部；洪跳村与盐河村合并，设立盐河村委会，村址设在原洪跳村村部；新生村与渠北村合并，设立渠北村委会，村址设在原渠北村村部；张刘村与朱桥村合并，设立朱桥村委会，村址设在原朱桥村村部；大张村与宋潮村合并，设立宋潮村委会，村址设在原宋潮村村部；李元村与谢碾村合并，设立谢碾村委会，村址设在原谢碾村村部；大李村、西赵村与支河村合并，设立大李村委会，村址设在原支河村村部。2001年10月，撤销清安乡，成立清安街道办事处。
清浦老城区共有4个街道办事处，管辖人口14万余人，由于历史原因，4个街道管理区域不清、相互交叉情况比较突出。2004年10月，清浦区对4个街道办事处区划进行调整：（1）清江街道办事处辖区为：东至淮海南路，西至北京南路，北至里运河，南至解放西路；（2）闸口街道办事处辖区为：西至淮海南路，南北以解放东路和里运河之间为界的区域；（3）浦楼街道办事处辖区为：东至北京南路，南北以大运河和里运河之间为界；（4）清安街道办事处辖区为：西至北京南路，北至解放东西路与清江、闸口街道办事处搭界，南至大运河。这次区划调整共涉及4个街道33个社区（村）居委会中的13个社区居委会。全区仍辖4个街道（清江、清安、闸口、浦楼）、3个镇（武墩、和平、盐河）、2个乡（黄码、城南）。
2004年末，和平镇面积72.02平方千米，人口30504人。武墩镇面积45.58平方千米，人口25708人。盐河镇面积67.92平方千米，人口34546人。城南乡面积32.45平方千米，人口30414人。黄码乡面积60.18平方千米，人口43636人。（数据来源于《江苏省统计年鉴》）
2009年末，清浦区总面积296平方千米、总人口31.77万人。其中，和平镇面积72.02平方千米、人口31578人，武墩镇面积40.78平方千米、人口19083人，盐河镇面积32.83平方千米、人口20360人，城南乡面积28.25平方千米、人口29513人，黄码乡面积40.2平方千米、人口28594人。（数据来源于《江苏省统计年鉴》）