南宋咸淳九年（1273）于清河口设清河军，清河县附郭。咸淳十年于大清口（今袁集乡桂塘）筑清河县城。元至元十五年（1278）裁清河军，存清河县。泰定元年（1324年）因黄河决口，大清口县城被毁，县城迁到甘罗城。天历元年（1328）又迁小清口西北（今码头镇旧县）。明崇祯元年（1628）县治迁回甘罗城。清顺治三年（1646年）再次迁县治于小清口西北。清乾隆二十七年（1762），位于小清口的清河县城坏，以山阳县的清江浦为清河县治；同时，将清江浦周围原属山阳县的10余乡（等地）划归清河县。
1914年因与河北省清河县混同，复称淮阴县。1945年曾建清江市，1948年复称淮阴县。1948年12月，淮阴城解放，城区清江与淮安组成两淮市（农村仍为淮阴县）。1949年3月撤销两淮市，清江复为淮阴县城。1951年春，县城清江划出设立清江市，淮阴县政府迁至王营镇。1958年8月，市、县合并为淮阴市，市政府设立在清江西大街。1964年11月市、县分治。1972年，淮阴县政府复迁至王营镇营西路73号。
2000年12月21日，国务院批准：淮阴市更名为淮安市；同时撤销淮阴县，设立淮安市淮阴区，以原淮阴县的行政区域为淮阴区的行政区域，区政府驻王营镇。2001年2月正式实施。
1949年10月，官荡区划入涟水县。1952年，成立蒋坝区。1954年8月，撤销宋集区划归文科区，撤销蒋坝区保留蒋坝镇。1956年2月，撤销张集、丁集、新渡、城南、顺河、吴集、盱宝、高涧8个区，新增棉花、陈集、双沟3个区；同年，顺河、高涧、盱宝及蒋坝镇划归洪泽县。1957年11月，撤销8个区级机构，62个小乡合并为22个大乡。1958年9月，乡改称公社。
1958年8月，淮阴县与清江市合并成立淮阴市，下设清江、文科、汤集、公墓、加英、渔沟、志举、五里、丁集、三树、袁集、蒋集、海明、同袍、王兴、武墩、高堰、赵集、陈集、吴集、新渡、码头、钵池、王营等公社。
1964年，市、县分设。淮阴县下设小营、杨庄、城南、赵集、陈集、吴集、高堰、码头、和平、武墩、钵池、新渡、王兴、棉花、张集、刘老庄、古寨、徐溜、五里、丁集、袁集、渔沟、三树、蒋集、汤集、北吴集、韩圩、宋集28个公社和果林场。
1972年，省政府批准将城南、钵池划给清江市。1983年，将和平、武墩划给清浦区。1983年9月，省政府批准新增韩桥、凌桥、大兴、韩庄4个乡。1987年3月，经省批准，码头、渔沟两乡撤乡设镇。
至此，淮阴县辖王营、码头、渔沟3个镇和高堰、赵集、韩桥、南吴集、南陈集、杨庄、袁集、丁集、五里、刘老庄、古寨、徐溜、韩庄、西宋集、汤集、北吴集、韩圩、蒋集、凌桥、三树、老张集、大兴庄、王兴、新渡、棉花庄、小营26个乡及乡级果林场。
1996年，淮阴县面积1264.1平方千米，人口79.3万人。辖4个镇、24个乡：王营镇、码头镇、渔沟镇、赵集镇、汤集乡、徐溜乡、三树乡、新渡乡、王兴乡、南吴集乡、南陈集乡、五里乡、蒋集乡、韩庄乡、韩圩乡、西宋集乡、刘老庄乡、凌桥乡、高堰乡、韩桥乡、古寨乡、老张集乡、棉花庄乡、北吴集乡、丁集乡、大兴庄乡、袁集乡、杨庄乡；以及3个场（圃）。县政府驻王营镇。
2000年2月，撤销杨庄（并入凌桥、王营）、大兴庄（并入棉花庄）、汤集（并入西宋集乡）、蒋集（并入三树）、韩圩（并入渔沟）、高堰（并入赵集）、韩庄（并入徐溜）7个乡和果林杨、开发区。区划调整后，全县辖13个镇、8个乡：王营镇、赵集镇、吴城镇、南陈集镇、码头镇、王兴镇、棉花庄镇、丁集镇、五里镇、徐溜镇、渔沟镇、吴集镇、西宋集镇、韩桥乡、新渡乡、老张集乡、凌桥乡、袁集乡、刘老庄乡、古寨乡、三树乡。
2000年第五次人口普查，淮阴县总人口838184人，其中：王营镇145518人，赵集镇39263人，南陈集镇59594人，码头镇25217人，棉花庄镇50246人，丁集镇31657人，徐溜镇35519人，渔沟镇55120人，南吴集镇31678人，王兴镇32494人，五里镇27933人，北吴集镇33822人，西宋集镇46892人，韩桥乡30855人，新渡乡26256人，老张集乡27726人，凌桥乡29929人，袁集乡25809人，刘老庄乡24698人，古寨乡21249人，三树乡36709人。
2004年末，全区辖13个镇、8个乡。王营镇61.39平方千米/161399人，赵集镇98.25平方千米/41585人，吴城镇53.12平方千米/32737人，南陈集镇134.68平方千米/62769人，码头镇32.80平方千米/24609人，王兴镇58.00平方千米/33809人，棉花庄镇70.78平方千米/52734人，丁集镇40.30平方千米/32140人，五里镇51.00平方千米/29670人，徐溜镇64.30平方千米/35552人，渔沟镇88.40平方千米/52296人，吴集镇57.00平方千米/33210人，西宋集镇73.90平方千米/50333人，韩桥乡120.70平方千米/32385人，新渡乡46.50平方千米/23963人，老张集乡50.88平方千米/27789人，凌桥乡68.56平方千米/30075人，袁集乡39.40平方千米/26526人，刘老庄乡41.20平方千米/24853人，古寨乡44.90平方千米/21300人，三树乡78.98平方千米/39716人。（数据来源于《江苏省统计年鉴》）
随着经济开发区的建设和发展，先后将王营镇、新渡乡、棉花庄镇的部分村划归开发区管理。2005年，经省政府批准，正式成立淮阴经济开发区。2006年，撤销三树乡，设立三树镇。调整后，全区辖14个镇、7个乡：王营镇、赵集镇、吴城镇、南陈集镇、码头镇、王兴镇、棉花庄镇、丁集镇、五里镇、徐溜镇、渔沟镇、吴集镇、西宋集镇、三树镇、韩桥乡、新渡乡、老张集乡、凌桥乡、袁集乡、刘老庄乡、古寨乡；淮阴工业园。区政府驻王营镇。
2009年末，淮阴区总面积1264平方千米、总人口90.00万人。其中，王营镇面积61.39平方千米、人口157475人，赵集镇面积98.25平方千米、人口38156人，吴城镇面积53.12平方千米、人口33142人，南陈集镇面积134.68平方千米、人口55418人，码头镇面积42平方千米、人口24681人，王兴镇面积61平方千米、人口34504人，棉花庄镇面积70.78平方千米、人口43088人，丁集镇面积40.3平方千米、人口33259人，五里镇面积51平方千米、人口29648人，徐溜镇面积64.3平方千米、人口39106人，渔沟镇面积97平方千米、人口56615人，吴集镇面积57平方千米、人口35961人，西宋集镇面积73.9平方千米、人口51000人，三树镇面积79.68平方千米、人口39935人，韩桥乡面积54平方千米、人口32969人，新渡乡面积46.5平方千米、人口26718人，老张集乡面积50.88平方千米、人口28429人，凌桥乡面积68.56平方千米、人口29813人，袁集乡面积39.4平方千米、人口23746人，刘老庄乡面积32.79平方千米、人口25484人，古寨乡面积38.85平方千米、人口20665人。（数据来源于《江苏省统计年鉴》）