新浦得名于清嘉庆三年，因其在板浦、卞家浦形成以后，故名新浦。民国十四年，陇海铁路修到大浦港，新浦商业日趋兴旺，名副其实之商埠。民国二十七年后，日本侵略军两次轰炸海州，海州城几成废墟，许多居民搬迁至新浦，人口骤增，居民达5万。1961年更名为连云港市，新浦区是市政府所在地。
2000年第五次人口普查，新浦区（辖8个街道）总人口260628人，其中：浦东街道22229人，浦西街道19451人，市东街道23139人，新东街道59864人，新南街道44469人，路南街道34531人，新海街道40431人，临洪街道16514人。
2001年10月1日，国务院批准，撤销云台区，将云台区的南城镇、花果山乡、云台乡和猴嘴街道划归新浦区管辖。
2004年末，南城镇面积3.80平方千米，人口7765人。云台乡面积58.12平方千米，人口32971人。花果山乡面积33.30平方千米，人口15014人。（数据来源于《江苏省统计年鉴》，缺街道数据）
2005年，将新浦区猴嘴街道及其辖区范围内的海域和滩涂划归连云区管辖。行政区划调整后，新浦区行政区域面积214.1平方千米，人口30万人，辖6个街道、1个镇、2个乡。【江苏省政府《关于同意调整连云港市区部分行政区划的批复》（苏政复[2005]20号）和连云港市政府《关于将新浦区猴嘴街道办事处划归连云区管辖的通知》（连政发[2005]76号 4月26日）】
2005年，根据江苏省政府《关于同意调整连云港市部分行政区划的批复》（苏政复[2005]37号）和连云港市政府《关于将灌云县宁海乡划归新浦区管辖的通知》（连政发[2005]111号），将灌云县宁海乡整建制划归新浦区管辖。行政区划调整后，新浦区行政区域面积259.54平方千米，人口32.45万人，辖6个街道、1个镇、3个乡：浦东街道、浦西街道、新东街道、新南街道、路南街道、新海街道、南城镇、云台乡、花果山乡、宁海乡。境内还有云台农场、南云台林场。
2008年，将东海县浦南镇划归连云港市新浦区管辖，并将江苏省国营岗埠农场划入新浦区行政区域（2007年末江苏省政府批准）。行政区划调整后，新浦区行政区域面积461.1平方千米，人口43.9万人，辖6个街道、2个镇、3个乡。
2009年，将新浦区宁海乡划归海州区管辖。行政区划调整后，新浦区行政区域面积415.19平方千米，人口43.78万人，辖2个镇、2个乡、6个街道。
2009年末，新浦区总面积462平方千米、总人口45.03万人。辖6个街道、2个镇、2个乡：浦东街道、浦西街道、新东街道、新南街道、路南街道、新海街道、南城镇、浦南镇、云台乡、花果山乡；云台农场、南云台林场、岗埠农场。区政府驻民主路343号。其中，南城镇面积3.8平方千米、人口7690人，浦南镇面积108.5平方千米、人口48325人，云台乡面积58.12平方千米、人口30017人，花果山乡面积33.3平方千米、人口16463人。（数据来源于《江苏省统计年鉴》）
2010年第六次人口普查，新浦区常住总人口587380人，其中：浦东街道62543人，浦西街道58226人，新东街道107350人，新南街道82793人，路南街道60833人，新海街道61177人，南城镇6996人，浦南镇48774人，云台乡28603人，花果山乡31437人，云台农场4971人，南云台林场4219人，岗埠农场21864人，新浦经济开发区7594人。
2013年1月6日，省政府批准撤销花果山乡、南城镇、云台乡，设立花果山街道、南城街道、云台街道（苏政复[2013]5号）。花果山街道办事处驻大村居委会花果山北路26号，面积33.3平方千米，人口1.8万人，管理1个居委会、7个村委会；南城街道办事处驻凤凰居委会新大街156号，面积3.8平方千米，人口7299人，管理3个居委会；云台街道办事处驻凌州居委会云善路1号，面积68.12平方千米，人口3.1万人，管理1个居委会、9个村委会。