周为海阳地，属扬州。汉属海陵县。东晋义熙七年（411年）置如皋县。据《太平寰宇记》：“县西北五十步，有如皋港(今秀水港)，港侧有如皋村。”因以名县。取《荀子·大略篇》：“望其圹皋如也”之义为名。隋时并入海陵县。后复置如皋县。1940年冬黄桥决战后，新四军苏北指挥部第三纵队挺进通（南通）、如（如皋）、海（海门）、启（启东），同时将原如皋县分设如西县和如皋县（如皋东乡）。1945年秋，如西县复名为如皋县；如皋县易名如东县。1991年如皋撤县设市。
经过1995、2000、2001年三次乡镇行政区划调整，乡镇总数由原来的53个调整合并为23个。
1996年，如皋市面积1477平方千米，人口145万人。辖14镇36乡：如城镇、磨头镇、石庄镇、林梓镇、长江镇、搬经镇、丁堰镇、白蒲镇、东陈镇、袁桥镇、吴窑镇、下原镇、丁北镇、江安镇、雪岸乡、勇敢乡、新民乡、奚斜乡、营防乡、新姚乡、丁堰乡、夏堡乡、长庄乡、柴湾乡、邓园乡、场北乡、葛市乡、何庄乡、 长青沙乡、高明乡、高井乡、车马湖乡、常青乡、大明乡、场南乡、郭园乡、城西乡、戴庄乡、马塘乡、江防乡、九华乡、建设乡、龙舌乡、花园乡、桃园乡、黄市乡、石北乡、胜利乡、南凌乡、加力乡。市政府驻如城镇。
2000年第五次人口普查，如皋市总人口1362533人，其中（20个镇、6个乡）：如城镇184977人，柴湾镇50554人，雪岸镇35601人，东陈镇48137人，丁堰镇55230人，白蒲镇80436人，林梓镇43741人，下原镇59832人，九华镇69651人，郭园镇54053人，石庄镇61840人，长江镇52712人，吴窑镇58717人，江安镇52102人，高明镇48796人，常青镇44847人，搬经镇54591人，磨头镇53560人，桃园镇43806人，袁桥镇49408人，建设乡24413人，长青沙乡7501人，黄市乡31844人，夏堡乡27352人，场北乡22246人，大明乡24196人，如皋经济开发区22390人。
2004年末，如皋市总人口142.61万人。辖23个镇。如城镇面积98.41平方千米，人口183756人。柴湾镇面积66.04平方千米，人口52316人。雪岸镇面积50.84平方千米，人口36765人。东陈镇面积64.18平方千米，人口48222人。丁堰镇面积70.48平方千米，人口55445人。白蒲镇面积85.40平方千米，人口82407人。林梓镇面积59.49平方千米，人口45623人。下原镇面积70.76平方千米，人口61259人。九华镇面积73.99平方千米，人口76243人。郭园镇面积53.48平方千米，人口56768人。石庄镇面积61.06平方千米，人口66361人。长江镇面积64.23平方千米，人口69238人。吴窑镇面积64.36平方千米，人口64415人。江安镇面积54.48平方千米，人口57696人。高明镇面积66.57平方千米，人口54368人。常青镇面积59.00平方千米，人口48161人。搬经镇面积69.60平方千米，人口57647人。磨头镇面积103.15平方千米，人口82648人。桃园镇面积58.40平方千米，人口46281人。袁桥镇面积65.81平方千米，人口49472人。皋南镇面积61.28平方千米，人口48585人。黄市镇面积32.08平方千米，人口34392人。（数据来源于《江苏省统计年鉴》）
2005年，皋南镇与如城镇、夏堡镇与搬经镇、黄市镇与江安镇合并，组成新的如城镇、搬经镇、江安镇。调整后，如皋市辖20个镇。2008年6月，江苏省政府批准同意将九华镇的长江村委会划归长江镇管辖；调整后，九华镇行政区域面积71.35平方千米，人口6.77万人，辖5个居委会、14个村委会；长江镇行政区域面积66.87平方千米，人口6.65万人，辖12个居委会、6个村委会。
2009年末，如皋市总面积1492平方千米，总人口45.46万户140.72万人。其中：如城镇面积140.69平方千米、人口188974人，柴湾镇面积91.85平方千米、人口119478人，雪岸镇面积50.84平方千米、人口34669人，东陈镇面积61.48平方千米、人口46203人，丁堰镇面积70.48平方千米、人口53066人，白蒲镇面积85.4平方千米、人口78398人，林梓镇面积59.49平方千米、人口44306人，下原镇面积70.76平方千米、人口59950人，九华镇面积69.61平方千米、人口69888人，郭元镇面积53.48平方千米、人口55730人，石庄镇面积61.06平方千米、人口62980人，长江镇面积68.61平方千米、人口78314人，吴窑镇面积64.36平方千米、人口63788人，江安镇面积86.55平方千米、人口90736人，高明镇面积66.57平方千米、人口53536人，常青镇面积59平方千米、人口48258人，搬经镇面积105.09平方千米、人口85000人，磨头镇面积103.15平方千米、人口82211人，桃园镇面积58.4平方千米、人口45375人，袁桥镇面积65.81平方千米、人口46871人。夏堡镇面积40.99平方千米，人口29273人。（数据来源于《江苏省统计年鉴》）
2012年1月，江苏省政府批准同意将石庄镇场东居委会划归长江镇管辖；调整后，石庄镇行政区域面积61.81平方千米，人口6.28万人，辖9个居委会、7个村委会；长江镇行政区域面积72.57平方千米，人口8.07万人，辖19个居委会。