春秋战国先属越，继属楚。秦置娄县，属会稽郡。梁大同二年（1536）设昆山县，元代元贞元年（1295）升昆山州，明复为县，清雍正二年（1724）分设昆山、新阳两县。1912年合并为昆山县。1989年7月27日，国务院批准撤销昆山县，设立昆山市。为江苏省辖县级市，苏州市代管。
1996年，昆山市面积921.3平方千米，人口约58.3万人。辖20个镇：玉山镇、城北镇、石牌镇、巴城镇、陆杨镇、周市镇、新镇、正仪镇、兵希镇、蓬朗镇、陆家镇、花桥镇、南港镇、张浦镇、千灯镇、石浦镇、大市镇、锦溪镇、淀山湖镇、周庄镇。市府驻玉山镇。
2000年第五次人口普查，全市总人口750074人，其中（15个镇）：玉山镇290785人、正仪镇32686人、巴城镇23197人、石牌镇21007人、陆杨镇14763人、周市镇37026人、逢朗镇25748人、陆家镇48719人、石浦镇19265人、淀山湖镇26763人、张浦镇70125人、周庄镇24510人、千灯镇28714人、锦溪镇44644人、花桥镇42122人。2001年末，全市户籍人口为60万人。
2003年，乡镇由原来的15个撤并为10个：撤销原玉山镇、正仪镇、陆杨镇建制，将原玉山镇行政区域和原正仪镇娄江河以南区域（马庄、群星、景村、南星渎、燕桥浜、姜巷、大众7个村）、原陆杨镇杨林河以南、皇仓泾河以西区域（唐龙、新江、新生3个村）合并，设立新的玉山镇，镇政府驻地设在玉山镇亭林路1号；撤销原花桥镇、蓬朗镇建制，将原两镇区域合并，设立新的花桥镇，镇政府驻地设在花桥集镇；撤销原周市镇建制，将原周市镇行政区域和原陆杨镇东北部区域（许家、超英、小泾、陆桥、横溇、新瑭6个村以及陆杨社区）合并，设立新的周市镇，镇政府驻地设在周市集镇；撤销原巴城镇、石牌镇建制，将原两镇行政区域和原正仪镇娄江河以北区域（绰墩山、正仪、荣亭、阳澄湖、通澄、黄泥山、正仪渔业7个村及银杏、蔷薇、芙蓉、农场、并蒂莲5个社区）合并，设立新的巴城镇，镇政府驻地设在巴城集镇；撤销原千灯镇、石浦镇建制，将原两镇行政区域合并，设立新的千灯镇，镇政府驻地设在千灯集镇。淀山湖、锦溪、周庄三镇现有建制不变。调整后，昆山市辖10个镇：玉山镇、周庄镇、周市镇、锦溪镇、巴城镇、花桥镇、陆家镇、张浦镇、千灯镇、淀山湖镇。
2004年末，昆山市总人口63.72万人。辖10个镇。玉山镇面积118.00平方千米，人口135334人。巴城镇面积155.21平方千米，人口86086人。周市镇面积81.56平方千米，人口79217人。陆家镇面积35.80平方千米，人口83908人。花桥镇面积50.00平方千米，人口68104人。淀山湖镇面积54.00平方千米，人口36346人。张浦镇面积116.27平方千米，人口100367人。周庄镇面积36.05平方千米，人口32002人。千灯镇面积83.94平方千米，人口94392人。锦溪镇面积90.69平方千米，人口58246人。（数据来源于《江苏省统计年鉴》）
2009年，省政府批准同意将张浦镇的施家泾、盛家埭2个行政村划归千灯镇管辖。2009年末，昆山市总面积865平方千米、总人口23.36万户、69.99万人。其中：玉山镇面积118平方千米、人口183157人，巴城镇面积157平方千米、人口102256人，周市镇面积81.56平方千米、人口148294人，陆家镇面积35.58平方千米、人口90999人，花桥镇面积50平方千米、人口106723人，淀山湖镇面积65.84平方千米、人口50969人，张浦镇面积108.49平方千米、人口139166人，周庄镇面积36.05平方千米、人口30367人，千灯镇面积77.62平方千米、人口116128人，锦溪镇面积90.69平方千米、人口63321人。（数据来源于《江苏省统计年鉴》）