清属吉林将军伯都讷副都统辖地，副都统驻伯都讷城。伯都讷城是清初“边外”（柳条边）七大军事重镇之一。康熙二十一年（1682年），设立伯都讷站，是宁古塔将军境内西部通往齐齐哈尔城的重要通道。康熙三十二年（1693年），在伯都讷驿站南20里处建新城，名伯都讷新城（今扶余镇），添设伯都讷副都统专城驻防。嘉庆十六年（1811年），设置伯都讷厅，驻伯都讷新城，同时设分防巡检一员，驻孤榆树屯（今榆树市），隶属伯都讷厅。
光绪三十二年正月二十二日（1906年2月15日），伯都讷厅升改新城府，驻新城，与伯都讷副都统同城；孤榆树屯巡检改设榆树县，由新城府领。翌年4月，裁将军，改隶吉林行省西北路道。宣统元年四月十五日（1909年6月2日）批准，裁撤伯都讷副都统。中华民国成立后，1913年3月，改为新城县。隶属吉林省西北路道。1914年2月，因与河北、山东等省新城县重名，奉令改称扶余县。同年6月，西北路道改称滨江道，隶属滨江道。1929年2月，废止道制，由吉林省直辖。东北沦陷后，隶属吉林省管辖。
1945年“九三”抗日战争胜利后，初隶吉江行政区，1946年5月划归嫩江省管辖。1949年5月，划归吉林省管辖。1956年隶属公主岭专区，1958年10月改隶白城专区。1987年12月撤县改扶余市（县级），隶白城地区。1991年成立前扶经济开发管理区，扶余市由开发区代管。1992年6月6日，国务院批准（国函[1992]60号）：撤销扶余市，设立松原市（地级）和扶余区。同时撤销前扶经济开发管理区。
松原市扶余区的行政区域是：原扶余市的行政区域；前郭尔罗斯蒙古族自治县前郭镇的团结、繁荣、建设、原江、松江、铁西、民主街道办事处；胜利街道办事处的胜安、胜民、胜合、胜庆、胜丰5个居委会；育才街道办事处的民景、民建两个居委会；毛都站镇；镇郊乡的贺尔其勒村、西郊村、单家围子村、于家围子村、孙喜窝堡村、郭新窝堡村、倪家窑村、后瓦房村、卡拉房子；前瓦房村的郭尔罗斯大街以南至孙喜窝堡村界，凯旋街以东至吉拉吐乡界部分；达里巴乡的努很格勒和额莫勒村，区人民政府驻文化街。其中，江南部分原属前郭县的城区部分改为3个街道，镇郊乡更名为兴原乡，毛都站镇暂由前郭县代管。
1995年7月20日，国务院《关于同意吉林省设立扶余县和松原市扶余区更名为宁江区的批复》（国函[1995]68号）：设立扶余县，辖扶余区的部分行政区域，县人民政府驻三岔河镇；松原市扶余区更名为宁江区。9月14日，吉林省政府下发《关于恢复设立扶余县和松原市扶余区更名为宁江区的通知》（吉政函[1995]140号）。12月12日，松原市宁江区正式挂牌成立。原扶余区东部的27个乡镇（场）归扶余县辖；宁江区辖原扶余区西部的大洼、善友、风华、毛都站镇、新城、朝阳、伯都、新民8个乡镇及城区3个街道，兴原乡由市经济开发区代管。是年，全区总人口50.8万人，其中城区人口30.2万人。
1996年，宁江区面积1228.6平方千米，人口45.7万人（《政区大典》数据）。辖10个街道、2个镇、7个乡：文化街道、临江街道、工农街道、团结街道、民主街道、前进街道、和平街道、石化街道、沿江街道、繁荣街道、大洼镇、毛都站镇、朝阳乡、新城乡、兴原乡、善友乡、伯都乡、风华乡、新民乡。区政府驻文化街道。
1998年10月，由临江街道析设新区街道，由繁荣街道析设建设街道；10月22日，新区、建设、繁荣3个街道办事处正式挂牌成立。？年设立铁西街道。1999年11月18日，经省民政厅批准，风华、善友2乡撤乡设镇。2000年1月1日，经省政府、市政府批准，原由前郭县代管的毛都站镇正式划归宁江区。至此，宁江区辖13个街道、4个镇、5个乡。
2000年第五次人口普查，全区总人口538469人，其中：团结街道17510人、文化街道30068人、民主街道23135人、临江街道21354人、新区街道14292人、前进街道24841人、和平街道44408人、工农街道20951人、沿江街道37042人、铁西街道27416人、繁荣街道34335人、建设街道23296人、石化街道13790人、大洼镇20681人、风华镇14524人、善友镇20712人、毛都站镇26652人、新城乡32459人、朝阳乡19439人、伯都乡12949人、新民乡12690人、兴原乡41944人、华侨农场3981人。
2001年，全区总面积1269平方千米，总人口508084人。2003年，宁江区面积1313平方千米，其中城区面积69.4平方千米；总人口51.5万人，其中农业人口19.8万人，占人口总数的38.5％（数据来源于《吉林年鉴2003》）；辖13个街道、4个镇、5个乡：临江街道、工农街道、团结街道、民主街道、文化街道、前进街道、和平街道、石化街道、沿江街道、繁荣街道、铁西街道、建设街道、新区街道、大洼镇、毛都站镇、善友镇、风华镇、新城乡、兴原乡、朝阳乡、伯都乡、新民乡。
2005年9月，撤销风华镇、朝阳乡，并入大洼镇；撤销新民乡，并入伯都乡。全区辖13个街道、3个镇、3个乡：团结街道、文化街道、民主街道、临江街道、新区街道、前进街道、和平街道、工农街道、沿江街道、铁西街道、繁荣街道、建设街道、石化街道、大洼镇、善友镇、毛都站镇、新城乡、伯都乡、兴原乡。共有51个社区、93个行政村。
2007年7月16日，民政部下发《关于吉林省调整松原市宁江区与前郭尔罗斯蒙古族自治县行政区划的批复》（民函[2008]213号），经国务院批准，同意对松原市宁江区与前郭尔罗斯蒙古族自治县行政区划进行调整：（一）将前郭尔罗斯蒙古族自治县吉拉吐乡七家子村所属的哈达山抽水站主干渠以南、国道G302以东区域，咚勒赫村所属的国道G302以东区域；王府站镇一部落村；达里巴乡达里巴村所属的国道G302以东区域划归松原市宁江区管辖。（二）将松原市宁江区兴原乡孙喜窝堡村和前瓦房村所属的国道G302东北侧区域划归前郭尔罗斯蒙古族自治县管辖。
2008年9月1日，伯都讷、长宁、滨江、镜湖4个街道办事处正式揭牌成立。至此，全区辖17个街道、3个镇、3个乡：团结街道、文化街道、民主街道、临江街道、新区街道、前进街道、和平街道、工农街道、沿江街道、铁西街道、繁荣街道、建设街道、石化街道、伯都讷街道、长宁街道、滨江街道、镜湖街道、大洼镇、善友镇、毛都站镇、新城乡、兴原乡（松原经济技术开发区代管）、伯都乡。