两汉至北魏期间，是濊貊族建立的部落国家夫余（扶余）领土的一部分。唐初属河北道营州都督招抚的室韦达姤部，宝应元年（762）以后属渤海夫余府。辽初属达鲁古部，清宁四年（1058）属宁江州混同县，治所在今伯都境。1115年金太祖完颜阿骨打在此起兵反辽。元代属辽阳行中书省开元路，是肇州通泰宁交通线上的驿站。明初属兀良哈三卫蒙古族居地。永乐六年（1408）以后，属奴尔干都司撒叉河卫（三岔河卫，今松原市宁江区伯都乡伯都西北30千米处）。
清天命元年（1616）设伯都讷站。康熙三十一年（1692）移吉林副都统于此，称伯都讷副都统，隶宁古塔将军。嘉庆十五年（1810年）置伯都讷厅，辖境大致为今松原市宁江区江北地区、扶余县、榆树市三县（市、区）。光绪三十二年（1906年），撤伯都讷厅，设新城府，与榆树分治，以汇塘沟、珠尔山为界，其东属榆树地，其西属新城府，辖境包括现在的扶余县和松原市宁江区江北地区。民国二年（1913）改称新城县。民国三年（1914）改称扶余县。
1945年，东北光复；11月，东北人民自治军嫩江纵队白山支队进驻扶余，划归吉合区行政委员会长春地区管辖；12月，划归吉林省直辖。1946年1月，划归吉江行政区管辖；3月，成立扶余县民主政府，属西满局吉江行政区；6月改属嫩江省第四专署。1947年2月，划归黑嫩省第四专区管辖；10月，划归嫩江省管辖。1949年4月21日，经东北政委会决定，扶余县由嫩江省划归吉林省；同年成立扶余县人民政府，1956年改称扶余县人民委员会。
1956年7月3日，国务院[国内字117号]文件批准，设立怀德专区，将扶余县由省直辖县划归怀德专区管辖（10月6日，更名为公主岭专区）。1958年10月23日，撤销公主岭专区，将扶余县划归白城专区管辖（1971年白城专区改称白城地区）。1968年，撤销扶余县人民委员会，成立扶余县革命委员会。1980年，撤销扶余县革命委员会，成立扶余县人民政府。
1987年10月，国务院批准撤销扶余县建立扶余市（县级）；11月19日，吉林省人民政府（吉政函[1987]162号）文件通知：经国务院批准，撤销扶余县，设立扶余市（县级），以原扶余县的行政区域为扶余市的行政区域；扶余市划归白城地区管辖。1991年4月，成立前扶经济开发管理区，扶余市改属前扶经济开发管理区。1992年6月6日改扶余市为松原市扶余区。1995年7月20日，国务院（国函[1995]68号）文件批复同意恢复扶余县，并将扶余区更名为宁江区。新设立的扶余县辖扶余区的长春岭、五家站、三岔河、三井子、增盛、弓棚子、蔡家沟、陶赖昭8个镇和永平、社里、四马架等18个乡，县政府驻三岔河镇。
2013年1月24日，经国务院批准，撤销扶余县，设立扶余市（县级），由吉林省直辖，松原市代管。
1946年4月，全县划为8个区：城关区（城乡）；二区（八家子、大洼、伯都村）；三区（长春岭、发德、伊家店、九间村）；四区（蒋家、增盛、三井子村）；五区（五家站、新站、万发村）；六区（弓棚子、榆树沟、大沟村）；七区（三岔河街、新城和珠山村）；八区（陶赖昭、三家村）。1947年，全县辖城区、朝阳、四马架、万发、三岔河、八家子、蔡家沟、陶赖昭、三井子、大林子、弓棚子、长春岭、五家站、力峰14个区。1948年，增设增盛、榆树沟2个区。
1949年，增设伊家店、石头城子区。1950年，建伊家店国营农场；扶余县辖18个区，217个村。1956年3月，合并为扶余、三岔河、大洼、长春岭、三井子、五家站、弓棚子、石头城子、陶赖昭9个区，计81个乡9镇。1957年12月，划为扶余、三岔河、长春岭、五家站4个镇，八家子、伯都、大洼、联盟、团结、革命、永平、平川、四马架、五大、三井子、长久等30个乡，含223个高级农业生产合作社，1个国营农场。
1958年9月20日，调整为扶余、三岔河、长春岭等15个公社。1960年12月，扶余县辖6个镇、15个公社，228个生产大队。1962年，增加伯都、善友、徐家店、新立、新站、新安镇、大三家子、七家子、大洼、三义、石桥、伊家店、肖家、新城局、社里15个公社。1964年，增加新兴、新民两个公社。1964年3月，扶余县调整为5个镇、15个公社，228个生产大队。 1966年1月，扶余县调整为5个镇、30个公社，367个生产大队。1971年初，扶余县辖30个公社、5个镇、16个街道，432个生产大队，2643个生产小队。 1981年，增加二龙山、拉林两个公社。
1983年9月，将公社改为乡；乡下辖村、社。全县辖5个镇（扶余、长春岭、陶赖昭、五家站等）、32个乡，468个村，1182个自然屯，3332个农业生产合作社；2处国营农场、5处国营林场、1处国营畜牧场、4处国营渔场、2处良种场。1985年12月，扶余县辖9个镇、28个乡，467个村。1987年，全县辖9镇、26乡和两个国营农场，共有22个街道、474个村。