1961年5月14日将4个公社调整为9个，撤销管理区，设生产大队：长白镇公社辖12个生产大队、4个街道和1个直属队；半截沟公社辖5个生产大队、2个直属队；龙岗公社辖5个生产大队、2个直属队；十四道沟公社辖6个生产大队、2个直属队；十三道沟公社辖5个生产大队；十二道沟公社辖10个生产大队、3个直属队；十一道沟公社辖5个生产大队、2个直属队；八道沟公社辖10个生产大队、2个直属队；大顶子公社（后改为新房子公社）辖6个生产大队、5个直属队。
1962年至1964年，中、朝两国重新划定国界，将原县境内临近长白山天池的一段地方划归朝鲜民主主义人民共和国；国界从天池南缘开始向南，陆地部分设有1号、2号、3号界桩，再南行以鸭绿江为界；江中沙洲、岛屿与自治县有关的共有105个，其中属于中国的有45个。
1965年2月，长白镇公社分为长白镇人民委员会和马鹿沟公社。1964年增设宝泉山公社。1971年12月，长白县辖11个公社，69个生产大队。1980年初，长白朝鲜族自治县辖10个公社、1个镇，79个生产大队，184个生产小队；9月，长白镇公社更名为长白镇人民政府。
1983年8月，全县10个公社改称为乡；生产大队、直属队改为村和自然村。1984年12月（一说1985年2月），撤销八道沟乡、十四道沟乡，设立八道沟镇、十四道沟镇。1986年7月10日，将半截沟乡更名为金华乡。1992年1月，马鹿沟乡改为镇。1992年11月，宝泉山乡和新房子乡改为镇。
1995年12月，长白朝鲜族自治县面积2498平方千米，人口约8.6万人，朝鲜族占17%。辖6个镇、5个乡：长白镇、十四道沟镇、八道沟镇、马鹿沟镇、新房子镇、宝泉山镇、龙岗乡、金华乡、十三道沟乡、 十二道沟乡、十一道沟乡。共有8个居委会、89个村委会。县政府驻长白镇。
2000年第五次人口普查，全县总人口84667人，其中：长白镇30790人、八道沟镇7384人、十四道沟镇5556人、马鹿沟镇9480人、宝泉山镇6066人、新房子镇7822人、龙岗乡2674人、金华乡3492人、十三道沟乡4181人、十二道沟乡4937人、十一道沟乡2285人。
2001年10月26日，经省政府批准，吉林省民政厅下发吉民行批[2001]15号文件，将长白朝鲜族自治县部分乡镇行政区划调整如下：（1）撤销龙岗乡，将其所辖行政区域划归马鹿沟镇管辖。（2）撤销十一道沟镇，将其所辖行政区域划归八道沟镇管辖。乡镇合并后（2001年9月已实施），镇政府驻地不变。至此，长白朝鲜族自治县辖6个镇、3个乡：长白镇、十四道沟镇、八道沟镇、马鹿沟镇、新房子镇、宝泉山镇、金华乡、十三道沟乡、十二道沟乡。
2002年末，全县总人口8.5万人，其中朝鲜族人口1.3万人，占人口总数的15.1％，非农业人口3.9万人。2003年底，长白朝鲜族自治县面积2497平方千米，总人口8.5万人，其中少数民族人口1.4万人，占人口总数的17%，辖6个镇、3个乡，共有77个行政村。
2005年2月5日，经省政府批准，吉林省民政厅下发吉民行批[2005]3号文件同意撤销十三道沟乡，将其所辖行政区域划归十二道沟乡管辖（2004年12月已实施）。至2005年末，全县居民30592户、83390人，其中朝鲜族人口14136人。辖6个镇、2个乡：长白镇、八道沟镇、十四道沟镇、马鹿沟镇、宝泉山镇、新房子镇、金华乡、十二道沟乡。共有4个社区、77个行政村，50个自然村。