清置芷江县，芷江所经，“两岸多生杜蘅白芷，故名。”一说因芷水为名。西汉置无阳县。三国吴改置舞阳县，唐先天二年（713年）置潭阳县。元属沅州路，为路治。明洪武九年（1376年）属辰州府。清乾隆元年（1736年）置芷江县，1914—1922年属辰沅道，为道治，1937年属第七行政督察区，1940年属第十行政督察区。
1949年属会同专区（后改芷江专区），专员公置与县同治，1952年属黔阳专区。1968年属黔阳地区，1981年属怀化地区。1986年9月22日，国务院批准（国函[1986]124号），撤销芷江县，设立芷江侗族自治县（县级），以原芷江县的行政区域为芷江侗族自治县的行政区域。
1996年，芷江县面积2099平方千米，人口约33.9万人，其中侗族人口占48.4%。辖4个镇、25个乡（其中3个民族乡）：芷江镇、新店坪镇、碧涌镇、罗旧镇、公坪土家族乡、艾头坪乡、水宽乡、岩桥乡、麻缨塘乡、木叶溪乡、五郎溪乡、土桥乡、杨公庙乡、大洪山侗族乡、上坪乡、大树坳乡、冷水溪乡、罗岩乡、晓坪乡、洞下场乡、梨溪口侗族乡、禾梨坳乡、垅坪乡、楠木坪乡、竹坪铺乡、板山乡、牛牯坪乡、罗卜田乡、大垅乡。县政府驻芷江镇。
2000年第五次人口普查，芷江侗族自治县常住总人口334229人，其中，芷江镇32910人，罗旧镇15542人，新店坪镇17933人，碧涌镇13660人，公坪镇8319人，牛牯坪乡6545人，艾头坪乡7954人，岩桥乡20297人，水宽乡10313人，垅坪乡26049人，木叶溪乡7496人，五郎溪乡4074人，麻缨塘乡14464人，竹坪铺乡10265人，土桥乡16363人，杨公庙乡8771人，大树坳乡8992人，上坪乡10805人，大洪山乡5259人，梨溪口乡10534人，洞下场乡8842人，大垅乡5652人，板山乡4252人，罗岩乡5116人，禾梨坳乡9536人，冷水溪乡11808人，楠木坪乡13718人，晓坪乡10260人，罗卜田乡8500人。
2004年，芷江侗族自治县辖5个镇、23个乡：芷江镇、罗旧镇、新店坪镇、碧涌镇、公坪镇、牛牯坪乡、艾头坪乡、岩桥乡、水宽乡、木叶溪乡、五郎溪乡、麻缨塘乡、竹坪铺乡、土桥乡、上坪乡、大树坳乡、大洪山乡、杨公庙乡、梨溪口乡、洞下场乡、罗岩乡、板山乡、大龙乡、禾梨坳乡、冷水溪乡、楠木坪乡、晓坪乡、萝卜田乡。
2010年第六次人口普查，芷江侗族自治县常住总人口339161人，其中，芷江镇78451人，罗旧镇14979人，新店坪镇17195人，碧涌镇13496人，公坪镇8106人，牛牯坪乡6901人，艾头坪乡7194人，岩桥乡20753人，水宽乡9663人，木叶溪乡7058人，五郎溪乡4136人，麻缨塘乡13579人，竹坪铺乡9539人，土桥乡14365人，上坪乡10198人，大树勒乡8638人，大洪山乡4912人，杨公庙乡8125人，梨溪口乡9081人，洞下场乡8604人，罗岩乡3151人，板山乡4343人，大垅乡6096人，梨坳乡9339人，冷水溪乡11605人，楠木坪乡11698人，晓坪乡9581人，罗卜田乡8375人。
2015年11月25日，省民政厅（湘民行发[2015]77号）批复同意：上坪乡、大洪山乡、新店坪镇共2乡1镇成建制合并设立新店坪镇。罗岩乡、板山乡、大垅乡、碧涌镇共3乡1镇成建制合并设立碧涌镇。土桥乡、杨公庙乡成建制合并设立土桥镇。木叶溪乡、五郎溪乡成建制合并设立三道坑镇。岩桥乡、楠木坪乡撤乡建镇。麻缨塘乡、竹坪铺乡、艾头坪乡、芷江镇共3乡1镇成建制合并设立芷江镇。调整后，全县辖9个镇、9个乡：芷江镇、罗旧镇、新店坪镇、碧涌镇、公坪镇、土桥镇、三道坑镇、岩桥镇、楠木坪镇、牛牯坪乡、水宽乡、大树坳乡、梨溪口乡、洞下场乡、禾梨坳乡、冷水溪乡、晓坪乡、萝卜田乡。总面积2099平方千米，总人口38.26万人。