苏仙区以“天下第十八福地—苏仙岭风景区”的“苏仙”冠名。秦置郴县，因郴水为名。隋为郴州。1913年改为郴县。1958年划城关镇、许家洞乡等地设立郴州市。
1984年4月，改公社为乡，大队为村，生产队为村民组；同年，将安和乡归归郴州市管辖。1985年，高码乡和桥口乡的白溪、下渡两个村划归资兴市管辖。1987年1月，划芙蓉乡的大塘、宽洞、渣梨洞、西江4个村设立大塘瑶族乡。
1994年12月17日，国务院批准（国函[1994]136号）同意撤销郴州地区、县级郴州市和郴县，设立郴州市（地级）。郴州市新设北湖区和苏仙区。苏仙区辖原郴州市的苏仙、南塔2个街道办事处和许家洞镇，原郴县的栖凤渡、白露塘、硚口、良田4个镇新和五里碑、马头岭、塘溪、大奎上、坳上、廖家湾、岗脚、邓家塘、太坪、荷叶坪、廖王坪11个乡，区人民政府驻桔井路。1995年，增设白鹿洞镇。【注：北湖区辖原郴州市的人民路、北湖、下湄桥3个街道办事处和郴江、市郊、安和3个乡，原郴县的华塘镇和鲁塘、同和、保和、小溪、南溪、芙蓉、大塘、月峰、永春、江口10个乡】
1996年，苏仙区面积1374.4平方千米，人口约32.7万人。辖2个街道、7个镇、10个乡：苏仙岭街道、南塔街道、白鹿洞镇、良田镇、坳上镇、白露塘镇、桥口镇、许家洞镇、栖凤渡镇、廖家湾乡、邓家塘乡、大奎上乡、塘溪乡、五里牌乡、太平乡、廖王坪乡、岗脚乡、马头岭乡、荷叶坪乡。区府驻橘井路。
2000年第五次人口普查，苏仙区常住总人口340537人，其中，苏仙岭街道68376人，南塔街道26720人，桥口镇18400人，白露塘镇19322人，良田镇20733人，栖枫渡镇19427人，坳上镇18758人，许家洞镇8746人，白鹿洞镇16762人，岗脚乡8063人，廖王坪乡10545人，马头岭乡9505人，荷叶坪乡9449人，五里牌乡19195人，太平乡10896人，邓家塘乡7021人，廖家湾乡11445人，大奎上乡7844人，塘溪乡9119人，柿竹园8719人，七一一矿7676人，街洞煤矿3816人。
2002年5月，撤销五里牌乡，设立五里牌镇。2002年8月，全区辖2个街道、8个镇、9个乡，19个社区、24个居委会（包括6个单位家属委员会）、170个行政村。
2009年，根据郴州市委办、市政府办《关于郴州有色金属产业园区（郴州出口加工区）托管苏仙区白露塘镇的通知》（郴办字[2009]75号）文件精神，在苏仙区建制不变的前提下，由郴州有色金属产业园区（郴州出口加工区）成建制托管苏仙区白露塘镇，其中上白水村、下白水村和观山洞村纳入苏仙区白鹿洞镇管理。2010年，湖南省民政厅下发文件批复：经省政府同意，将白露塘镇上白水村、下白水村和观山洞村划归苏仙区白鹿洞镇管理。
2010年第六次人口普查，苏仙区常住总人口402750人，其中，苏仙岭街道100910人，南塔街道29468人，桥口镇17693人，白露塘镇36672人，良田镇27806人，栖凤渡镇26713人，坳上镇20019人，许家洞镇13476人，白鹿洞镇23885人，五里牌镇20942人，岗脚乡7499人，廖王坪乡10682人，马头岭乡9193人，荷叶坪乡9454人，塘溪乡9493人，太平乡10969人，邓家塘乡8270人，廖家湾乡11196人，大奎上乡8410人。
2012年，省民政厅（湘民行发[2012]17号）批复同意：一、将太平乡、五里牌镇成建制合并，设立五里牌镇。二、将廖王坪乡、岗脚乡、栖凤渡镇成建制合并，设立栖凤渡镇。三、将邓家塘乡、廖家湾乡、良田镇成建制合并，设立良田镇。四、将荷叶坪乡、马头岭乡成建制合并，设立马头岭乡。五、撤销白鹿洞镇，设立白鹿洞街道、王仙岭街道、卜里坪街道、观山洞街道。调整许家洞镇的部分行政区划以及苏仙岭街道、南塔街道的管辖范围。
2012年，撤销塘溪乡、大奎上乡，设立望仙镇、五盖山镇。2015年11月26日，省民政厅（湘民行发[2015]83号）批复同意：望仙镇、桥口镇成建制合并设立飞天山镇。许家洞镇、马头岭乡成建制合并设立许家洞镇。调整后，全区辖6个街道、8个镇：苏仙岭街道、南塔街道、白鹿洞街道、王仙岭街道、卜里坪街道、观山洞街道、白露塘镇、良田镇、栖凤渡镇、坳上镇、许家洞镇、五里牌镇、五盖山镇、飞天山镇。总面积1342平方千米，总人口37.1万人。