清咸丰二年（1852年）六月，湖北省石首县藕池江堤溃决，因频年失修，至咸丰十年，长江洪水泛滥，夹大量泥沙从原溃口倾泻南奔，直灌洞庭。同治末年（1874年前后），洞庭湖北部淤积若干洲渚，其中乌嘴和北洲南岸新淤一个狭长的湖洲，因地处北洲之南，当地群众称之为“南洲”。尔后洲渚淤积连片，形成百里沃野，泛称“南洲”。随着南洲的形成，各地居民纷迁麋集，围堤开荒，世代相息。是时分属华容、岳阳、汉寿、沅江、安乡、常德六县管辖。
光绪二十一年（1895年），湖南巡抚吴大澄奏本清廷获准，划割六县交界之地，在境内乌嘴设置“南洲直隶厅抚民府”，光绪二十三年（1897年）迁置九都（今南洲镇）。民国二年（1913年）十月，湖南都督府下令撤销南洲厅，改称南洲县；次年六月八日又根据内务部复电转令，将南洲县更名为南县。新中国建国之初，南县划归常德地区。1962年12月，改属益阳地区，1994年7月后属益阳市。
1996年，南县面积1075.2平方千米，人口约64.5万人。辖7个镇、13个乡：南洲镇、厂窖镇、三仙湖镇、华阁镇、茅草街镇、明山头镇、武圣宫镇、八百弓乡、三岔河乡、下柴市乡、中鱼口乡、乌嘴乡、北河口乡、沙港市乡、牧鹿湖乡、河口乡、荷花嘴乡、浪拔湖乡、麻河口乡、游港乡。县政府驻南洲镇。【注：益阳市辖大通湖、金盆、北洲子3个农场、大通湖渔场和南湾湖军垦农场的北半部位于县境内】
2000年第五次人口普查，南县常住总人口703823人，其中（8个镇、12个乡），南洲镇94062人，华阁镇42013人，明山头镇40076人，青树嘴镇40728人，三仙湖镇27300人，茅草街镇18261人，厂窖镇35389人，武圣宫镇28307人，河口乡24692人，乌嘴乡39632人，八百弓乡34444人，中鱼口乡28151人，浪拔湖乡23466人，荷花嘴乡20979人，游港乡21393人，下柴市乡19642人，三岔河乡18096人，麻河口乡25950人，北河口乡26334人，牧鹿湖乡23707人，大通湖农场37957人，北洲子农场14912人，金盆农场18332人。
2004年，南县辖12个镇、11个乡：南洲镇、茅草街镇、三仙湖镇、武圣宫镇、明山头镇、厂窖镇、华阁镇、青树嘴镇、麻河口镇、河坝镇、金盆镇、北洲子镇、乌嘴乡、河口乡、八百弓乡、荷花嘴乡、中鱼口乡、游港乡、下柴市乡、三岔河乡、浪拔湖乡、牧鹿湖乡、北河口乡。
2005年，经省民政厅（湘民行发[2005]35号）批准，南县将20个乡镇调整为12个乡镇（9个镇、3个乡）【注：不包括河坝镇、金盆镇、北洲子镇】，分别为华阁镇、明山头镇、乌咀乡、青树嘴镇、茅草街镇、三仙湖镇、中鱼口乡、南洲镇、浪拔湖乡、麻河口镇、武圣宫镇和厂窖镇。将荷花嘴乡和南洲镇成建制合并，设立新的南洲镇，镇人民政府驻新颜（原荷花嘴乡人民政府驻地）；将河口乡和华阁镇成建制合并，设立新的华阁镇，镇人民政府驻复兴港（原华阁镇人民政府驻地）；将八百弓乡、三岔河乡和茅草街镇成建制合并，设立新的茅草街镇，镇人民政府驻茅草街（原茅草街镇人民政府驻地）；将下柴市乡和三仙湖镇成建制合并，设立新的三仙湖镇，镇人民政府驻陈子湖（原三仙湖镇人民政府驻地）；将游港乡和中鱼口乡成建制合并，设立新的中鱼口乡，乡人民政府驻班嘴；将北河口乡和麻河口镇成建制合并，设立新的麻河口镇，镇人民政府驻麻河口（原麻河口镇人民政府驻地）；将浪拔湖乡和牧鹿湖乡成建制合并，设立新的浪拔湖乡，乡人民政府驻浪拔湖（原浪拔湖乡人民政府驻地）。
2005年末，南县辖12个镇、3个乡：明山头镇、青树嘴镇、厂窖镇、武圣宫镇、河坝镇、金盆镇、北洲子镇、南洲镇、华阁镇、茅草街镇、三仙湖镇、麻河口镇、乌嘴乡、中鱼口乡、浪拔湖乡。县政府驻南洲镇。
2010年，经省政府批准，撤销浪拔湖乡，设立浪拔湖镇。浪拔湖镇以原浪拔湖乡的行政区域为该镇的行政区域，辖2个社区、24个行政村，总面积95.95平方千米，总人口5.34万人，镇政府驻浪拔湖（即原浪拔湖乡政府驻地）。
2010年第六次人口普查，南县常住总人口725288人，其中，明山头镇32058人，青树嘴镇35060人，厂窖镇33558人，武圣宫镇27183人，河坝镇38898人，金盆镇18828人，北洲子镇14774人，南洲镇154068人，华阁镇66708人，茅草街镇59680人，三仙湖镇45094人，麻河口镇45753人，千山红镇24889人，浪拔湖镇42569人，乌嘴乡36236人，中鱼口乡46451人，沙堡洲街道2334人，南湾湖街道1147人。
2013年，省民政厅（湘民行发[2013]11号）批复同意：一、撤销大通湖渔场及沙堡洲办事处。二、将南县河坝镇的新秀、老河口、新山、铭新4个建制村成建制划出，与原大通湖渔场及沙堡洲办事处的管辖范围合并，设立沙堡洲镇。调整后，全县辖14个镇、2个乡：明山头镇、青树嘴镇、厂窖镇、武圣宫镇、河坝镇、金盆镇、北洲子镇、南洲镇、华阁镇、茅草街镇、三仙湖镇、麻河口镇、浪拔湖镇、沙堡洲镇、乌嘴乡、中鱼口乡。
2015年11月26日，省民政厅（湘民行发[2015]93号）批复同意：沙堡洲镇与河坝镇成建制合并设立河坝镇，并将大通湖渔场的行政职能剥离并入河坝镇，保留大通湖渔场企业性质，实现政企分开。调整后，全县辖13个镇、2个乡：明山头镇、青树嘴镇、厂窖镇、武圣宫镇、河坝镇、金盆镇、北洲子镇、南洲镇、华阁镇、茅草街镇、三仙湖镇、麻河口镇、浪拔湖镇、乌嘴乡、中鱼口乡。总面积1346.62平方千米，总人口82万人。