1996年4月22日，国务院批准（国函[1996]29号）同意调整长沙市行政区划；行政区划调整后，雨花区辖原南区的左家塘、候家塘、井湾子、圭塘、南大路5个街道办事处，原郊区的的黎托、洞井、雨花亭3个乡，区人民政府驻人民路4号。
1996年6月19日，长沙市人民政府《关于调整市辖区行政区划的通知》：雨花区辖原南区左家塘、候家塘、井湾子、圭搪4个街道办事处，原郊区黎托、洞井、雨花亭3个乡（不含石人、新开、渔场3个村）和马王堆乡的五一、火焰、友谊、高桥4个村。区人民政府驻人民路4号。行政区域四至范围：东面以黎托乡与长沙县聚梨镇、黄兴镇、跳马乡乡界为界；南面以洞井乡与长沙县跳马乡、暮云镇乡界为界，西面以芙蓉路（识字岭起）至新中路、韶山路、中意路至洞井乡与大托乡乡界为界，与天心区接壤；北面以人民路（识字岭起）至花桥及浏阳河为界，与芙蓉区毗邻。
2000年第五次人口普查，雨花区常住总人口502388人，其中（7个街道、1个镇、1个乡），侯家塘街道53679人，左家塘街道102766人，奎塘街道34345人，砂子塘街道57762人，东塘街道42690人，雨花亭街道111933人，高桥街道38576人，洞井镇32373人，黎托乡28264人。
2005年底，雨花区辖8个街道、1个镇、1个乡：侯家塘街道、左家塘街道、圭塘街道、砂子塘街道、东塘街道、雨花亭街道、高桥街道、井湾子街道、洞井镇、黎托乡。区政府驻人民路4号。
2010年，经省民政厅和长沙市政府批准，雨花区撤销洞井镇、黎托乡，设立洞井街道、黎托街道。12月31日，洞井、黎托2个街道办事处正式挂牌成立。至此，雨花区辖9个街道：侯家塘街道、左家塘街道、圭塘街道、砂子塘街道、东塘街道、雨花亭街道、高桥街道、洞井街道、黎托街道。
2010年第六次人口普查，雨花区常住总人口724048人，其中，侯家塘街道64034人，左家塘街道128641人，圭塘街道54729人，砂子塘街道58575人，东塘街道37103人，雨花亭街道170243人，高桥街道72591人，洞井镇73415人，黎托乡64717人。
2011年，将洞井街道析置为洞井、同升两个街道，将黎托街道析置为黎托、东山两个街道；同时启用原与雨花亭街道合署办公的井湾子街道，将雨花亭街道拆分为雨花亭、井湾子两个街道（2012年元旦，三个新成立的街道办事处挂牌成立）。
2011年末，雨花区辖12个街道：侯家塘街道、左家塘街道、圭塘街道、砂子塘街道、东塘街道、雨花亭街道、高桥街道、洞井街道、黎托街道、井湾子街道、同升街道、东山街道。区政府驻圭塘街道万家丽路。
2015年，省民政厅（湘民行发[2015]1号）批复同意将长沙县跳马镇调入到长沙市雨花区。调整后，雨花区辖雨花亭、左家塘、侯家塘、东塘、砂子塘、高桥、圭塘、井湾子、洞井、黎托、同升、东山12个街道和跳马1个镇。总面积304.9平方千米，总人口76.47万人，区政府驻地不变（圭塘街道）。1月14日，长沙市政府下发通知，将长沙县的跳马镇正式划入长沙市雨花区。