肇东市名称，设治伊始，因其地位居肇州之东，故取名“肇东”。清代，系郭尔罗斯后旗游牧地。清光绪年间出放蒙荒，垦民渐稠。1906年2月1日（清光绪三十二年正月初八日），黑龙江将军奏准，设置肇州厅的同时，于昌五城（今昌五镇）设肇东分防经历。翌年委任官员，至1908年（清光绪三十四年）肇东分防经历正式到任。中华民国成立后，1912年11月5日，裁撤肇东分防经历，改设肇东设治局。设治员贺良楫奉命于11月30日前往“昌五”，12月4日开办，启用关防。1914年7月1日，奉令将设治局改设肇东县，县公署驻昌五城。隶属龙江道。1929年2月，裁撤道制，由黑龙江省直辖。时为二等县。
东北沦陷后，初隶黑龙江省，1934年12月改隶滨江省。1935年9月，将县境西南部的第三区大部（今四站、西八里、涝洲、德昌、五里明乡镇一带）划归郭尔罗斯后旗管辖。1937年12月3日，伪县公署由昌五城迁至满沟站（原名甜草岗，今肇东站），满沟成为县城，后称“满沟街”。为与县名统一，1940年5月1日，将满沟街改称肇东街。1945年“九三”抗日战争胜利后，同年12月，划归哈西专区管辖。专员公署驻肇东县城。1946年3月，划归吉江行政区。同年4月，将郭尔罗斯后旗的八里、四兴（今四站镇）、向阳、三星、同仁村和呼兰县的乐安、安居、长发、万宝村划归新设置的乐安县管辖；5月，撤销吉江行政区，划归嫩江省；7月，撤销乐安县，并入肇东县。
1947年2月至9月，隶属黑嫩联合省第四专区管辖。黑嫩联合省分设后，肇东县隶属嫩江省。1949年5月，嫩、黑两省合并为黑龙江省，隶属黑龙江省管辖。1954年8月，松、黑两省合并后，由黑龙江省直辖。1958年8月，划归哈尔滨市领导。1960年1月，将万宝公社划归哈尔滨市。同年5月，将肇东县划归松花江专区管辖。1965年6月，松花江专区更名为绥化专区，肇东县隶属绥化专区。1986年9月8日，国务院批准，撤销肇东县，设立肇东市（县级），以原肇东县的行政区域为肇东市的行政区域，隶属绥化地区管辖。
1992年末，肇东市位于黑龙江省中西部，松嫩平原东部。东与兰西县、呼兰县和哈尔滨市为邻，南与双城市以松花江为界，西与肇源县、肇州县接壤，北与安达市毗连。全市总面积4338平方千米，建成区面积20平方千米。总人口80.4万人，其中非农业人口18.8万人；少数民族有满、蒙古、回、达斡尔、朝鲜族等。辖10镇、16乡。市政府驻地肇东镇。（以上摘自《黑龙江省志·地名录》，有改动）
2000年第五次人口普查，全市总人口832657人，其中：肇东镇174525人，尚家镇39364人，姜家镇27838人，里木店镇22623人，五站镇29943人，四站镇26583人，涝洲镇16619人，五里明镇32429人，昌五镇38047人，宋站镇39258人，新城乡19102人，海城乡23007人，先进乡17615人，太平乡22945人，民主乡17170人，黎明乡24088人，东发乡31303人，合居乡18797人，西八里乡24998人，德昌乡31042人，洪河乡26089人，跃进乡29295人，向阳乡27705人，安民乡24179人，宣化乡26355人，明久乡21738人。