东宁，清末设治，以其地居宁古塔东部而得名。清代属宁古塔副都统辖区。光绪七年（1881年），宁古塔副都统派员于三岔口地方设招垦局，招民垦荒。光绪十五年（1889年），将招垦局改为招垦总局。光绪二十八年十二月十三日（1903年1月11日），清廷批准，撤销招垦总局，于三岔口地方设置绥芬厅。宣统元年四月十五日（1909年6月2日）批准，将绥芬厅升改绥芬府，移驻宁古塔城，另于三岔口设置东宁厅，隶属吉林省东南路道。
1913年3月，将东宁厅改为东宁县，1914年6月隶属吉林省延吉道。1929年2月，撤销道区，由吉林省直辖。时为三等县，全县总人口3.3万人。东北沦陷后，初隶吉林省，1934年12月改隶滨江省，1937年7月划归新设之牡丹江省管辖。1939年6月1日，将东宁县北部和穆棱县细鳞河地区划出，设置绥阳县（县政府驻绥阳镇），同时将东宁县城移至小城子，改为东宁街。1943年10月后，先后改隶东满总省和东满省。1945年“九三”抗日战争胜利后，初隶绥宁省，后改隶牡丹江专区，再改隶牡丹江省。1948年7月，划归松江省管辖。同年10月4日，松江省政府决定，撤销绥阳县，并入东宁县，县政府移驻绥芬河镇。
绥阳县，清末属绥芬厅“讲礼社”管辖范围，中华民国初期隶属东宁县第六区管辖。东北沦陷后，归东宁县第四区管辖，后划归小绥芬河保。1938年伪东宁县公署于小绥芬河北岸设立办事处，地当“小绥芬河之阳”，遂命名绥阳办事处。1939年6月1日，伪满决定，划出东宁县北部和穆棱县细鳞河地区，设置绥阳县，伪县公署驻绥阳街，隶属牡丹江省管辖。1945年“九三”抗日战争胜利后，始隶绥宁省管辖，后隶牡丹江专区及牡丹江省。1948年7月，撤销牡丹江省，改隶松江省管辖。1948年10月4日，松江省政府发布通令，决定撤销绥阳县，并入东宁县。
1952年4月28日，松江省政府批准，将东宁县政府迁回东宁镇。1954年8月，松、黑两省合并后，划归黑龙江省管辖。1956年3月，划归新设立的牡丹江专区（1967年改为牡丹江地区）。1975年8月15日，国务院批准，将绥芬河镇划出改设绥芬河市（县级）。1983年9月3日，撤销牡丹江地区，改由牡丹江市领导。
1992年末，东宁县位于黑龙江省东南部。黑龙江省边境县之一。东与俄罗斯分界，国界线长179千米；南、西南与吉林省珲春市、汪清县接壤；西、北与穆棱县毗连，绥芬河市夹在东北境中部。全境南北长156千米，东西宽75.5千米，总面积7529平方千米。总人口20.2万人，其中非农业人口8.36万人；少数民族人口1.33万人，主要是朝鲜族和苗族。辖6镇、4乡。县政府驻地东宁镇。（以上摘自《黑龙江省志·地名录》，有改动）
2000年第五次人口普查，东宁县常住总人口207012人，其中，东宁镇65050人，三岔口镇16851人，大肚川镇22067人，老黑山镇14409人，道河镇9114人，绥阳镇24192人，金厂乡9814人，细鳞河乡8477人，黄泥河乡1202人，南天门乡10570人，绥阳林业局25266人。
2010年第六次人口普查，东宁县常住总人口200716人，其中，东宁镇87488人，三岔口镇13482人，大肚川镇17390人，老黑山镇14707人，道河镇14762人，绥阳镇28626人，绥阳林业局24261人。
2015年，经国务院批准，民政部（民函[2015]361号）批复同意撤销东宁县，设立县级东宁市，以原东宁县的行政区域为东宁市的行政区域，东宁市人民政府驻东宁镇通政路1号。东宁市由黑龙江省直辖，牡丹江市代管。