宁安，原名“宁古塔”。清初流人方拱乾撰《绝域纪略》载：“相传当年曾有六人坐于阜，满呼六为宁公、坐为特，故曰宁公特，一讹为宁公台，再讹为宁古塔矣。”新编《宁安县志》称：“‘宁古’为满语，汉译为‘六’或‘六个’，‘塔’是满语‘特’的讹音，汉译为‘居址’，合译‘六居址’，是指当时宁古塔地面上的六个大部落而言。”
宁古塔是满族的祖居地之一。汉晋为北沃沮之地，南北朝属勿吉，隋初称靺鞨。公元698年（唐圣历元年），粟末靺鞨首领大祚荣据东牟山（今吉林省敦化市境内），建立震国，仍称靺鞨，史称“旧国”。713年（唐开元元年），唐朝玄宗皇帝册封大祚荣为左骁卫大将军、渤海郡王（遂去靺鞨号），以其辖区置忽汗州，授其都督实职，亦称“渤海都督”。755年（唐天宝十四年），渤海三世王大钦茂从“旧国”迁都于上京龙泉府（忽汗城，今渤海镇），历时171年。辽属东京道，金属胡里改路，元属辽阳行省开元路，明属奴儿干都司阿速河卫。
清初，1653年6月（清顺治十年五月），设置宁古塔昂邦章京。1662年（清康熙元年），将宁古塔昂邦章京改为“镇守宁古塔等处地方将军”。将军衙门始驻宁古塔旧城（今海林市旧街乡古城村），后因水患和为抗击沙俄用兵需要，1666年（清康熙五年），于牡丹江边觉罗城西南5里处修筑新城（今宁安镇）。新城告竣后，将军衙门从旧城迁至宁古塔新城，是清代边外七大重镇之一。1676年（清康熙十五年），宁古塔将军衙门移驻吉林乌拉城，留协领萨布素镇守宁古塔地方。1678年（清康熙十七年），萨布素升任宁古塔副都统，宁古塔正式设副都统衙门。1727年1月（清雍正四年十二月），于宁古塔设置泰宁县，隶属奉天府，专理汉人民事，与专理满人旗务的副都统同城治事；因距奉天府甚远，领属不便，1729年5月（清雍正七年四月）裁撤泰宁县。
1903年1月11日（清光绪二十八年十二月十三日）奏准，于宁古塔副都统辖区的三岔口（今东宁县三岔口镇）设置绥芬厅，同年3月（清光绪二十九年二月）委官试署。1909年6月2日（清宣统元年四月十五日），将绥芬厅升改为绥芬府，移驻宁古塔城。隶属吉林省东南路道。与此同时，裁撤宁古塔副都统。1910年5月（清宣统二年四月），以府治移驻宁古塔城，就宁古塔取义，改为宁安府。中华民国成立后，1913年3月，将宁安府改为宁安县。1914年6月，隶属吉林省延吉道。1929年2月，撤销道的建制，改由吉林省直辖。是时，全县总人口17万余人，为一等县。东北沦陷后，初隶吉林省，1934年12月划归滨江省，1937年7月划归新设之牡丹江省管辖。
1945年“九三”抗日战争胜利后，1946年4月，宁安县隶属绥宁省管辖。同年8月，将县境北部的新安镇、海林、横道河子等地区划出，设置新海县（县址海林街）。同年10月，撤销绥宁省，改隶牡丹江专区。1947年5月，将世环镇、镜泊、沙兰等地区划出，设置镜泊县（县址世环镇）。同年10月，隶属牡丹江省。1948年7月，撤销牡丹江省，划归松江省管辖。同年10月，撤销镜泊县，并入宁安县。1954年8月，松、黑两省合并后，由黑龙江省直辖。1956年3月，设立牡丹江专区，将宁安县划归牡丹江专区管辖，同时将原海林县西部地区划归宁安县管辖。1960年1月至1962年9月，曾将宁安县划归牡丹江市领导。1962年10月，将原海林县并入宁安县和林口县的行政区域划出，恢复海林县。1983年9月3日，国务院批准，撤销牡丹江地区，实行地市合并，宁安县再度划归牡丹江市领导。
镜泊湖是国家重点名胜风景自然保护区之一。为了加强自然保护区的管理，1986年7月1日，国务院批准，将宁安县西南部镜泊湖地区（包括镜泊乡、杏山乡、沙兰镇山区的小北湖林场和尔站地区、渤海镇的1个街道及8个村）划出，设置镜泊湖市（县级），市政府驻渤海镇。由牡丹江市代管。但因某些意见不一致，市的建制未正式设立。1987年11月27日，国务院根据黑龙江省人民政府的请求，同意撤销镜泊湖市的建制，原拟划归镜泊湖市管辖的行政区域仍归宁安县管辖。
1992年末，宁安县位于黑龙江省东南部，张广才岭和老爷岭之间的牡丹江上游谷地。东邻穆棱县，东南与吉林省汪清县接壤，西南与吉林省敦化市毗连，西与海林市以分水岭分界，北抵牡丹江市。县境南北长约100千米，东西宽约140千米，总面积7856平方千米。总人口43.5万人，其中非农业人口14.7万人。满、朝鲜、回、蒙古等少数民族人口约占总人口19%，其中满族和朝鲜族分别占总人口的8.8%和7.8%。辖19个乡镇，其中建制镇6个、朝鲜民族乡3个。县政府驻地宁安镇。（以上摘自《黑龙江省志·地名录》，有改动）
1993年2月12日，民政部批复（民行批[1993]9号）撤销宁安县，设立宁安市。
2000年，宁安市辖7个镇、12个乡：渤海镇、宁安镇、东京城镇、石岩镇、沙兰镇、海浪镇、兰岗镇、镜泊乡、马河乡、江东乡、范家乡、宁西乡、平安乡、兴华乡、三陵乡、杏山乡、卧龙朝鲜族乡、城东朝鲜族满族乡、江南朝鲜族满族乡。
2000年第五次人口普查，宁安市常住总人口437328人，其中，宁安镇75064人，东京城镇19639人，渤海镇23793人，石岩镇19322人，沙兰镇30285人，海浪镇25467人，兰岗镇13677人，范家乡18267人，江东乡8114人，江南朝鲜族满族乡27063人，宁西乡14584人，平安乡9630人，兴华乡6108人，卧龙朝鲜族乡21581人，城东朝鲜族满族乡20325人，马河乡21021人，杏山乡13927人，镜泊乡26581人，三陵乡13825人，东京城林业局23020人，宁安农场6035人。
2010年第六次人口普查，宁安市常住总人口437452人，其中，城区街道73892人，宁安镇28118人，东京城镇43371人，渤海镇36258人，石岩镇29288人，沙兰镇26502人，海浪镇39600人，兰岗镇14756人，江南朝鲜族满族乡30882人，卧龙朝鲜族乡17336人，马河乡17085人，镜泊乡16630人，三陵乡21283人，东京城林业局36268人，宁安农场6183人。
2010年9月2日，《黑龙江省民政厅关于调整牡丹江市部分行政区划的批复》（黑民区[2010]102号）：经省政府同意，将宁安市宁安镇富民村、双龙村、桥头村划归牡丹江市西安区温春镇管辖。2011年7月14日，《黑龙江省民政厅关于将宁安市江南朝鲜族满族乡部分村划归宁安镇管辖的批复》：同意将宁安市江南朝鲜族满族乡张家村、镇江村、江南村、新安村、小唐村、黄旗村、明星村划归宁安市宁安镇管辖。至此，宁安市辖7个镇、5个乡（其中2个民族乡）：宁安镇、东京城镇、渤海镇、石岩镇、沙兰镇、海浪镇、兰岗镇、江南朝鲜族满族乡、卧龙朝鲜族乡、马河乡、镜泊乡、三陵乡。