讷河市，以讷谟尔河得名。清初分属齐齐哈尔、墨尔根副都统辖区，为布特哈总管所属游牧区。1691年（康熙三十年），由布特哈总管管理该处八旗事宜。1894年（光绪二十年），布特哈总管改设副都统，布特哈副都统衙门由江西伊倭齐移驻博尔多站（今讷河镇郊长青村）。1906年2月15日（光绪三十二年正月二十二日），黑龙江将军衙门饬扎，裁撤布特哈副都统，以嫩江为界划分为东、西两路布特哈，布特哈东路总管管辖今讷河、克山、德都、克东4县，并于博尔多站东北1千米处建立街基筑城。
由于讷谟尔河南北两段荒地均已丈放，经布特哈东路总管兼讷谟尔河垦务行局总理福龄的呈请，1907年12月14日（光绪三十三年十一月初十日）批准，设立讷谟尔河荒段巡防局，并于翌年4月27日（农历三月二十七日）启用关防。1910年9月1日（宣统二年七月二十八日），黑龙江巡抚奏准，于东布特哈总管辖境设置讷河直隶厅，隶属黑龙江行省。直隶厅同知钟毓在同年11月6日（农历十月初五日）于省城启用关防，11月17日（农历十月十六日）到任视事。与此同时，裁撤东布特哈总管和巡防局。
1913年（民国二年）1月28日，按照“划一现行各县地方行政官厅组织令”，将讷河厅改为讷河县。1914年8月，将讷河县划归龙江道管辖。1915年3月，将讷河县东部地区划出设置克山设治局。1929年2月，裁撤道区建制后，改由省直辖。东北沦陷后，初隶黑龙江省，1934年12月划归龙江省管辖。1945年“九三”抗日战争胜利后，隶属嫩江省管辖。1949年5月，黑、嫩两省合并后，划归黑龙江省管辖。1954年8月设立嫩江专区后，归嫩江专区管辖。1960年5月至1961年10月，嫩江专区曾一度撤销时，划归齐齐哈尔市领导。1985年1月1日，正式撤销嫩江地区，划归齐齐哈尔市领导。1992年9月2日，国务院批准，撤销讷河县，设立讷河市（县级），改由省直辖，省政府确定由齐齐哈尔市代管。
1992年末，讷河市位于小兴安岭西麓，松嫩平原北端，北与嫩江县为邻，东与德都县、克山县接壤，南与依安县、富裕县毗连，西以嫩江与甘南县、内蒙古自治区莫力达瓦达斡尔族自治旗分界。全境形若桑叶，南北长100余千米，东西宽80余千米，总面积6674.3平方千米。总人口68.9万人，其中非农业人口11.4万人；满、朝鲜、蒙古、回、达斡尔、鄂温克等少数民族人口2万余人。辖6镇、17乡。市政府驻地讷河镇。（以上摘自《黑龙江省志·地名录》，有改动）
2000年第五次人口普查，全县总人口672295人，其中：讷河镇90480人，拉哈镇37218人，二克浅镇34582人，学田镇33605人，龙河镇29447人，讷南镇32611人，六合镇27396人，长发镇25815人，通南镇38633人，同义镇35320人，九井镇35002人，老莱镇50733人，清和乡14810人，孔国乡20070人，进化乡18434人，友好乡17341人，巨和乡16118人，全胜乡13525人，团结乡21652人，和盛乡25748人，同心乡17267人，永丰乡17422人，兴旺鄂温克族乡11734人，老莱监狱7332人。
2003年，撤销清和乡，将其行政区域划归学田镇管辖，镇政府驻国兴村；撤销巨和乡，将其行政区域划归同心乡管辖，乡政府驻同心村（黑民区[2003]108号）。调整后，讷河市辖12个镇、8个乡：讷河镇、拉哈镇、龙河镇、讷南镇、通南镇、老莱镇、二克浅镇、学田镇、太和镇、长发镇、同义镇、九井镇、清和乡、孔国乡、进化乡、友好乡、巨和乡、全胜乡、团结乡、和盛乡。
2005年3月29日，黑龙江省民政厅（黑民区[2005]29号）批复，同意讷河市撤销永丰乡，将其行政区划归讷河镇管辖，镇人民政府驻讷河镇育才街；撤销进化乡，将其行政区域划归孔国乡管辖，孔国乡人民政府驻孔国村；撤销友好乡，将其行政区域划归龙河镇管辖，龙河镇人民政府驻龙河村；撤销团结乡，将其行政区域划归兴旺鄂温克族乡管辖，兴旺鄂温克族乡人民政府驻团结村。行政区划调整后，讷河市由所辖12镇8乡变为12镇4乡。
2008年3月27日，黑龙江省民政厅批复，同意撤销讷河市所辖的讷河镇，改设通江、雨亭两个街道办事处。同时，对部分行政区划作相应调整。调整后，讷河市辖2个街道、11个镇、4个乡（其中1个民族乡）：雨亭街道、通江街道、讷河镇、拉哈镇、二克浅镇、学田镇、龙河镇、讷南镇、六合镇、长发镇、通南镇、同义镇、九井镇、老莱镇、孔国乡、和盛乡、同心乡、兴旺鄂温克族乡。市政府驻通江街道。