从贞观五年（公元631年）开设琼州府，直至清代，琼山县都为琼州府的所在地。由此得名“府城”。“琼山”一名的由来，据《方与纪要》载“府南十里有琼山，土石多白，似玉而润，县以此名。”就是说，因境内白石都的地方有一座白石头琼山，而县名取为“琼山”。
1994年4月8日，经国务院批准，撤销琼山县，设立琼山市（县级市）。琼山市地处海南岛北部，南渡江下游，地理坐标为东经110°11′-110°41′，北纬19°32′-20°05′。北与海口市交界，东邻文昌市，西与澄迈县接壤，南与定安县毗邻，东北部临琼州海峡。东西宽62千米，南北最大纵距60千米，陆地面积2068.40平方千米。辖24镇、2乡，即府城镇、云龙镇、永兴镇、红旗镇、三门坡镇、大坡镇、谭文镇、甲子镇、十字路镇、新坡镇、演丰镇、演海镇、三江镇、大致坡镇、咸来镇、旧州镇、东山镇、遵谭镇、龙桥镇、龙塘镇、灵山镇、东营镇、美安镇、石山镇、美仁坡乡、新民乡。共有3个居委会，229个村委会（2000年；1995年为226个村委会，1998年为228个村委会），2103个自然村。境内有红明、东昌、桂林洋、三江4个国有农场。行政区划代码469004。市政府驻府城镇。府城镇与海口市连成一片，构成“一城两市”的格局。
1995年底，琼山市总人口61.95万人。其中，非农业人口11.70万人，农业人口50.25万人；市镇人口10.58万人，农村人口51.37万人。
1996年底，琼山市总人口63.3万人。江东新市区建设起步：江东新市区位于灵山、东营镇境内，规划面积64.16平方千米，常住人口35—40万人，将建成现代化和开放型的滨海花园城市，成为琼山市新的政治、经济、文化、交通和产业中心（此为当时资料）。
1997年底，总人口64.19万人。1998年底，总人口65.38万人。1999年底，总人口66.21万人。2000年底，总人口68.85万人。
2000年第五次人口普查，全市总人口678149人，其中： 府城镇 144045人， 灵山镇 48936人， 东营镇 12574人， 演丰镇 16577人， 演海镇 3215人， 三江镇 12459人， 大致坡镇 15720人， 咸来镇 7885人， 云龙镇 15994人， 红旗镇 22897人， 三门坡镇 9516人， 潭文镇 11421人， 甲子镇 18471人， 大坡镇 10576人， 旧州镇 22646人， 龙塘镇 30934人， 龙桥镇 15945人， 十字路镇 22528人， 新坡镇 29374人， 石山镇 19883人， 美安镇 11764人， 永兴镇 26731人， 遵潭镇 20676人， 东山镇 51524人， 新民乡 6248人， 美仁坡乡 7873人， 国营桂林洋农场19675人， 国营三江农场9348人， 国营红明农场16467人， 国营东昌农场10692人， 岭脚热带作物场1451人， 长昌煤矿 4104人。
2001年底，总人口69.42万人（公安户籍人口数：总户数175012户、总人口694187人；其中非农业人口158112人）。
2002年，东营镇、灵山镇合并，设立灵山镇；演海镇、演丰镇合并，设立美兰镇；咸来镇、大致坡镇合并，设立大致坡镇；三门坡镇、谭文镇合并，设立三门坡镇；新民乡、甲子镇便并，设立甲子镇；美仁坡乡、十字路镇合并，设立龙泉镇；美安镇、石山镇合并，设立石山镇。
2002年10月16日，国务院批准（国函[2002]92号）：撤销琼山市和海口市秀英区、新华区、振东区，以原琼山市和海口市原秀英区、新华区、振东区的行政区划设立海口市秀英区、龙华区、琼山区、美兰区。琼山区辖原琼山市的府城镇（薛村、大样村除外）、龙塘镇、云龙镇、红旗镇、旧州镇、三门坡镇、甲子镇、大坡镇和海口市原振东区的国兴街道以及蓝天街道的米铺居委会、道客居委会，区政府驻建国路。
2002年底，琼山区面积939.9平方千米。人口36万人。辖8个乡镇，1个街道办事处，18个居委会，72个村委会。
2003年底，琼山区面积939.9平方千米。常住人口39.28万人，户籍人口34.58万人。辖8个乡镇、1个街道办事处、72个村委会、18个居委会。
2004年底，琼山区面积953.3平方千米。户籍人口32.68万人，其中非农业人口14.33万人。辖8个乡镇、1个街道办事处、18个居委会、72个村委会。
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