汉置当阳县。唐贞元二十一年（805年）置荆门县，属江陵府。宋建荆门军，元为荆门州。明洪武九年（1376）降为荆门县，属荆州府，十三年（1380）复为荆门州，嘉靖十一年（1532）属承天府。清为荆门直隶州。1912年降州为县，属襄阳道，1932年属第七行政督察区，1936年属第四行政督察区。
1949年荆门县属荆州专区。1960年以江陵县的沙洋镇设立沙洋市，属荆州专区。1961年撤销沙洋市，改为沙洋镇，划归荆门县领导。1970年属荆州地区。1979年析荆门县城关镇及近郊置荆门市，属荆州地区。1983年8月19日，国务院批准荆门市升为地级市；撤销荆门县，将荆门县的行政区域并入荆门市。1985年，设立荆门市东宝区、沙洋区。
1992年5月20日，民政部批准（民行批[1992]48号）撤销钟祥县，设立钟祥市。1996年12月2日，国务院批准（国函[1996]111号）将荆州市管辖的京山县划归荆门市管辖和将荆州市代管的钟祥市划归荆门市代管。1998年12月9日，国务院批准撤销荆门市沙洋区，设立沙洋县，县政府驻地为沙洋镇。
2000年第五次全国人口普查，荆门市总人口2970848人。其中：东宝区 583373人，京山县696008人，沙洋县669469人，钟祥市1021998人。2001年3月17日，国务院批准（国函[2001]25号）设立荆门市掇刀区，将荆门市东宝区的何场乡、麻城镇、团林铺镇、掇刀石街道和白庙街道划归掇刀区管辖，区政府驻深圳大道。
2001年3月，经省民政厅批准：京山县撤销杨锋镇划归永隆镇管辖，撤销马店镇划归罗店镇管辖；沙洋县撤销草场乡划归五里镇管辖，撤销蛟尾镇划归后港镇管辖，撤销蔡庙乡划归曾集镇管辖，烟垢镇改名为高阳镇；钟祥市撤销中山镇划归洋梓镇管辖，撤销潞市镇划归丰乐镇管辖，撤销贺集乡划归石牌镇管辖，撤销罗集镇划归旧口镇管辖，撤销磷矿街办设立磷矿镇，撤销转斗镇和胡集街办设立胡集镇；东宝区撤销安团乡划归漳河镇管辖，撤销姚河乡划归栗溪镇管辖，撤销何场乡，将原从烟墩镇划入的9个村划归漳河镇管辖，原从团林铺镇划入的15个村划归团林铺镇管辖。
2001年6月，全市面积12404平方千米，占全省国土面积6.67%，辖4个街道、49个镇、4个乡，1536个村委会，10906个村民小组。其中：京山县辖新市、永兴、曹武、罗店、宋河、坪坝、三阳、绿林、孙桥、永隆、雁门口、钱场、石龙、杨集14个镇；面积3284平方千米，占全市国土面积26.48%。沙洋县辖沙洋、五里铺、十里铺、纪山、拾回桥、后港、毛李、官当、李市、马良、高阳、沈集、曾集13个镇；面积1999平方千米，占全市国土面积16.12%。钟祥市辖郢中、洋梓、长寿、丰乐、胡集、双河、磷矿、文集、冷水、石牌、旧口、柴湖、长滩、东桥、客店、张集16个镇和九里回族乡；面积4488平方千米，占全市国土面积36.18%。东宝区辖栗溪、马河、子陵铺、漳河4个镇，仙居、石桥驿、牌楼3个乡和龙泉、泉口2个街道办事处；面积1528平方千米，占全市国土面积12.32%。掇刀区辖团林铺、麻城2个镇，掇刀、白庙2个街道办事处；面积643平方千米，占全市国土面积5.18%。屈家岭管理区面积220平方千米，占全市国土面积1.77%；沙洋监狱管理局面积242平方千米，占全市国土面积1.95%。
2003年末，全市总人口300.6万人。2004年末，全市总面积12045平方千米，总人口2848410人，辖辖2个市辖区、2个县，代管1个县级市，共有5个街道、50个镇、2个乡，153个居委会、1501个村委会。